PDB-5hy4: Structure-function analysis of functionally diverse members of th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hy4

タイトル

Structure-function analysis of functionally diverse members of the cyclic amide hydrolase family of Toblerone fold enzymes

要素

Ring-opening amidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Toblerone fold / pyrimidine catabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミドに作用 / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides
類似検索 - 分子機能

生物種

Frankia sp. Eul1b (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Balotra, S. / Wilding, M. / Newman, J. / Scott, C.

引用

ジャーナル: Appl. Environ. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: High-Resolution X-Ray Structures of Two Functionally Distinct Members of the Cyclic Amide Hydrolase Family of Toblerone Fold Enzymes.
著者: Peat, T.S. / Balotra, S. / Wilding, M. / Hartley, C.J. / Newman, J. / Scott, C.

履歴

登録	2016年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年4月26日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hy4.cif.gz	496.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hy4.ent.gz	405 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hy4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/5hy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/5hy4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hweC 5hxuC 5hxzC 5hy0SC 5hy1C 5hy2C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hy0-d 6dhj-2 5hy2-1 4hm1-1 3gzx-1 1o7g-1 3mbh-d 3b9t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ring-opening amidohydrolase

B: Ring-opening amidohydrolase

C: Ring-opening amidohydrolase

D: Ring-opening amidohydrolase

E: Ring-opening amidohydrolase

F: Ring-opening amidohydrolase

G: Ring-opening amidohydrolase

H: Ring-opening amidohydrolase

337 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ring-opening amidohydrolase

B: Ring-opening amidohydrolase

C: Ring-opening amidohydrolase

D: Ring-opening amidohydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
168 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Ring-opening amidohydrolase

F: Ring-opening amidohydrolase

G: Ring-opening amidohydrolase

H: Ring-opening amidohydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
168 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.762, 105.799, 299.127
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	PRO	PRO	A	A	14 - 389	34 - 409
2	1	ARG	ARG	PRO	PRO	B	B	14 - 389	34 - 409
1	2	ARG	ARG	LEU	LEU	A	A	14 - 388	34 - 408
2	2	ARG	ARG	LEU	LEU	C	C	14 - 388	34 - 408
1	3	ARG	ARG	ARG	ARG	A	A	14 - 387	34 - 407
2	3	ARG	ARG	ARG	ARG	D	D	14 - 387	34 - 407
1	4	ARG	ARG	LEU	LEU	A	A	14 - 388	34 - 408
2	4	ARG	ARG	LEU	LEU	E	E	14 - 388	34 - 408
1	5	ARG	ARG	ALA	ALA	A	A	14 - 390	34 - 410
2	5	ARG	ARG	ALA	ALA	F	F	14 - 390	34 - 410
1	6	TYR	TYR	ARG	ARG	A	A	15 - 386	35 - 406
2	6	TYR	TYR	ARG	ARG	G	G	15 - 386	35 - 406
1	7	ARG	ARG	PRO	PRO	A	A	14 - 389	34 - 409
2	7	ARG	ARG	PRO	PRO	H	H	14 - 389	34 - 409
1	8	ARG	ARG	LEU	LEU	B	B	14 - 388	34 - 408
2	8	ARG	ARG	LEU	LEU	C	C	14 - 388	34 - 408
1	9	ARG	ARG	ARG	ARG	B	B	14 - 387	34 - 407
2	9	ARG	ARG	ARG	ARG	D	D	14 - 387	34 - 407
1	10	ARG	ARG	LEU	LEU	B	B	14 - 388	34 - 408
2	10	ARG	ARG	LEU	LEU	E	E	14 - 388	34 - 408
1	11	ARG	ARG	PRO	PRO	B	B	14 - 389	34 - 409
2	11	ARG	ARG	PRO	PRO	F	F	14 - 389	34 - 409
1	12	TYR	TYR	ARG	ARG	B	B	15 - 386	35 - 406
2	12	TYR	TYR	ARG	ARG	G	G	15 - 386	35 - 406
1	13	ARG	ARG	PRO	PRO	B	B	14 - 389	34 - 409
2	13	ARG	ARG	PRO	PRO	H	H	14 - 389	34 - 409
1	14	ARG	ARG	ARG	ARG	C	C	14 - 387	34 - 407
2	14	ARG	ARG	ARG	ARG	D	D	14 - 387	34 - 407
1	15	ARG	ARG	LEU	LEU	C	C	14 - 388	34 - 408
2	15	ARG	ARG	LEU	LEU	E	E	14 - 388	34 - 408
1	16	ARG	ARG	LEU	LEU	C	C	14 - 388	34 - 408
2	16	ARG	ARG	LEU	LEU	F	F	14 - 388	34 - 408
1	17	TYR	TYR	ARG	ARG	C	C	15 - 386	35 - 406
2	17	TYR	TYR	ARG	ARG	G	G	15 - 386	35 - 406
1	18	ARG	ARG	LEU	LEU	C	C	14 - 388	34 - 408
2	18	ARG	ARG	LEU	LEU	H	H	14 - 388	34 - 408
1	19	ARG	ARG	ARG	ARG	D	D	14 - 387	34 - 407
2	19	ARG	ARG	ARG	ARG	E	E	14 - 387	34 - 407
1	20	ARG	ARG	ARG	ARG	D	D	14 - 387	34 - 407
2	20	ARG	ARG	ARG	ARG	F	F	14 - 387	34 - 407
1	21	TYR	TYR	ARG	ARG	D	D	15 - 386	35 - 406
2	21	TYR	TYR	ARG	ARG	G	G	15 - 386	35 - 406
1	22	ARG	ARG	ARG	ARG	D	D	14 - 387	34 - 407
2	22	ARG	ARG	ARG	ARG	H	H	14 - 387	34 - 407
1	23	ARG	ARG	LEU	LEU	E	E	14 - 388	34 - 408
2	23	ARG	ARG	LEU	LEU	F	F	14 - 388	34 - 408
1	24	TYR	TYR	ARG	ARG	E	E	15 - 386	35 - 406
2	24	TYR	TYR	ARG	ARG	G	G	15 - 386	35 - 406
1	25	ARG	ARG	LEU	LEU	E	E	14 - 388	34 - 408
2	25	ARG	ARG	LEU	LEU	H	H	14 - 388	34 - 408
1	26	TYR	TYR	ARG	ARG	F	F	15 - 386	35 - 406
2	26	TYR	TYR	ARG	ARG	G	G	15 - 386	35 - 406
1	27	ARG	ARG	PRO	PRO	F	F	14 - 389	34 - 409
2	27	ARG	ARG	PRO	PRO	H	H	14 - 389	34 - 409
1	28	TYR	TYR	ARG	ARG	G	G	15 - 386	35 - 406
2	28	TYR	TYR	ARG	ARG	H	H	15 - 386	35 - 406

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Ring-opening amidohydrolase 分子量: 42103.465 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Frankia sp. Eul1b (バクテリア) / プラスミド: pET14b variant / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: E3JD18, cyanuric acid amidohydrolase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.55 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein was concentrated to 4.2 mg/mL; reservoir was 20% PEG 3350 and 0.2 M magnesium acetate at 8 C; drops were 150 nL protein plus 150 nL reservoir.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.56→46.7 Å / Num. obs: 95206 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.5 % / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.56→2.6 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HY0

5hy0

解像度: 2.56→46.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 12.599 / SU ML: 0.265 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.8 / ESU R Free: 0.322 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26343	4666	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22943	-	-	-
obs	0.2311	90462	99.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.899 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.58 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.56→46.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19446	0	0	256	19702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	19900
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.012	0.02	19148
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.522	1.957	27160
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.097	3	43860
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.244	5	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.808	23.971	700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.658	15	2862
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.431	15	126
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	3309
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	23098
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	4124
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.378	5.471	11111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.377	5.471	11110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.846	8.174	13852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.846	8.174	13853
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.923	5.609	8789
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.923	5.609	8790
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.243	8.342	13309
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.373	50.613	84898
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.375	50.63	84818
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	40028	0.09
1	2	B	40028	0.09
2	1	A	37114	0.11
2	2	C	37114	0.11
3	1	A	35864	0.1
3	2	D	35864	0.1
4	1	A	38500	0.09
4	2	E	38500	0.09
5	1	A	37508	0.1
5	2	F	37508	0.1
6	1	A	35174	0.13
6	2	G	35174	0.13
7	1	A	36544	0.08
7	2	H	36544	0.08
8	1	B	37222	0.11
8	2	C	37222	0.11
9	1	B	36036	0.1
9	2	D	36036	0.1
10	1	B	38426	0.09
10	2	E	38426	0.09
11	1	B	37476	0.11
11	2	F	37476	0.11
12	1	B	35142	0.13
12	2	G	35142	0.13
13	1	B	36910	0.08
13	2	H	36910	0.08
14	1	C	35344	0.1
14	2	D	35344	0.1
15	1	C	37546	0.1
15	2	E	37546	0.1
16	1	C	35834	0.12
16	2	F	35834	0.12
17	1	C	34064	0.12
17	2	G	34064	0.12
18	1	C	36108	0.1
18	2	H	36108	0.1
19	1	D	36058	0.09
19	2	E	36058	0.09
20	1	D	34602	0.11
20	2	F	34602	0.11
21	1	D	32930	0.13
21	2	G	32930	0.13
22	1	D	35394	0.09
22	2	H	35394	0.09
23	1	E	36848	0.1
23	2	F	36848	0.1
24	1	E	34578	0.12
24	2	G	34578	0.12
25	1	E	36782	0.08
25	2	H	36782	0.08
26	1	F	33176	0.14
26	2	G	33176	0.14
27	1	F	34678	0.1
27	2	H	34678	0.1
28	1	G	32648	0.12
28	2	H	32648	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.56→2.626 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	337	-
R_work	0.333	6593	-
obs	-	-	99.17 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)