PDB-5hwe: high resolution structure of barbiturase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hwe

タイトル

high resolution structure of barbiturase

要素

Barbiturase

キーワード

HYDROLASE / Toblerone fold / pyrimidine catabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

barbiturase / barbiturase activity / uracil catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus erythropolis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Scott, C.

引用

ジャーナル: Appl. Environ. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: High-Resolution X-Ray Structures of Two Functionally Distinct Members of the Cyclic Amide Hydrolase Family of Toblerone Fold Enzymes.
著者: Peat, T.S. / Balotra, S. / Wilding, M. / Hartley, C.J. / Newman, J. / Scott, C.

履歴

登録	2016年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年4月26日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hwe.cif.gz	94.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hwe.ent.gz	68.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hwe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hwe_validation.pdf.gz	457.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hwe_full_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示
XML形式データ	5hwe_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	5hwe_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/5hwe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/5hwe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hxuC 5hxzC 5hy0C 5hy1C 5hy2C 5hy4C 4bvqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hy1-1 1ofe-1 6bum-d 6bun-d 6bur-d 6buo-d 3ahd-1 3ai7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Barbiturase

ヘテロ分子

41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Barbiturase

ヘテロ分子

A: Barbiturase

ヘテロ分子

A: Barbiturase

ヘテロ分子

A: Barbiturase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.341, 82.563, 114.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-742- HOH
2	1	A-744- HOH

#1: タンパク質	Barbiturase 分子量: 41188.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア) 遺伝子: bar / プラスミド: pET14b variant / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8RSQ2, barbiturase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MHA / (CARBAMOYLMETHYL-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ACETIC ACID / N-(2-ACETAMIDO)IMINODIACETIC ACID / ADA 分子量: 190.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₂O₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein at 16 mg/,mL in 50 mM ADA pH 6.5, 50 mM NaCl; reservoir of 2.45 M ammonium sulfate, 10% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.707→41.5 Å / Num. obs: 36498 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.707→1.74 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BVQ

4bvq

解像度: 1.71→41.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 2.17 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.101 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19447	1762	4.8 %	RANDOM
R_work	0.15078	-	-	-
obs	0.15289	34725	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.557 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.27 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→41.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2742	0	19	295	3056

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	2883
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2759
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.912	1.961	3933
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.106	3	6361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.647	5	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.552	24.407	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.224	15	470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.482	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3351
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	604
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.359	2.246	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.355	2.243	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.154	3.769	1924
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.155	3.773	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.686	2.826	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.688	2.827	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.275	4.523	2007
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.05	9.679	12941
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.051	9.678	12937
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.707→1.751 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	112	-
R_work	0.225	2522	-
obs	-	-	98.8 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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