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Yorodumi- PDB-6bur: Crystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella therm... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bur | |||||||||
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Title | Crystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella thermoacetica complexed with barbituric acid | |||||||||
Components | Cyanuric acid amidohydrolase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Cyanuric acid hydrolase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information cyanuric acid amidohydrolase / cyanuric acid amidohydrolase activity / atrazine catabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Moorella thermoacetica ATCC 39073 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.18 Å | |||||||||
Authors | Shi, K. / Aihara, H. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Plos One / Year: 2019 Title: Crystal structures of Moorella thermoacetica cyanuric acid hydrolase reveal conformational flexibility and asymmetry important for catalysis. Authors: Shi, K. / Cho, S. / Aukema, K.G. / Lee, T. / Bera, A.K. / Seffernick, J.L. / Wackett, L.P. / Aihara, H. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6bur.cif.gz | 558.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6bur.ent.gz | 462.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6bur.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6bur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6bur | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6bumC 6bunC 6buoC 6bupC 6buqC 6cwjC 6dhjC 4nq3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38484.652 Da / Num. of mol.: 4 Fragment: Q103A, E104A, K107A, L279I, K280R, F281S, E288D, L290M, A291D, K292R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Moorella thermoacetica ATCC 39073 (bacteria) Strain: ATCC 39073 / JCM 9320 / Gene: Moth_2120 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q2RGM7, cyanuric acid amidohydrolase #2: Chemical | ChemComp-BR8 / #3: Chemical | ChemComp-MLI / | #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 20%PEG3350, 100mM |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 6, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.18→89.12 Å / Num. obs: 75417 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 4.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 12.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.18→2.22 Å / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.941 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4434 / CC1/2: 0.536 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4NQ3 Resolution: 2.18→39.723 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.49 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.18→39.723 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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