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万見
- PDB-5huj: Crystal Structure of NadE from Streptococcus pyogenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5huj
タイトルCrystal Structure of NadE from Streptococcus pyogenes
要素NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NH(3)-dependent NAD(+) synthetase / NAD(+) synthetase / NAD/GMP synthase / NAD synthase / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M49 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Booth, W.T. / Chruszcz, M.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Streptococcus pyogenes quinolinate-salvage pathway-structural and functional studies of quinolinate phosphoribosyl transferase and NH3 -dependent NAD(+) synthetase.
著者: Booth, W.T. / Morris, T.L. / Mysona, D.P. / Shah, M.J. / Taylor, L.K. / Karlin, T.W. / Clary, K. / Majorek, K.A. / Offermann, L.R. / Chruszcz, M.
履歴
登録2016年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
B: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7903
ポリマ－67,7552
非ポリマー351
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area21340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.786, 92.964, 128.355
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 9 - 282 / Label seq-ID: 34 - 307

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 NH(3)-dependent NAD(+) synthetase


分子量: 33877.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M49 (strain NZ131) (化膿レンサ球菌)
株: NZ131 / 遺伝子: nadE, Spy49_1281c / プラスミド: pjExpress411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3BZ89, NAD+ synthase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, 20% PEG 4000, 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月29日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 32708 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HUH

5huh


解像度: 2.1→39.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 8.281 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21068 1632 5 %RANDOM
Rwork0.15618 ---
obs0.1589 31017 91.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.058 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å2-0 Å20 Å2
2--1 Å2-0 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→39.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4019 0 1 334 4354
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0194089
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.024027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8771.9575517
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.46939230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6575516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.86324.945182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.82515726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7591519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02923
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9382.3132076
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9382.3132075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0063.4362585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0063.4372586
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7182.6432013
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7182.6432013
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3293.8392931
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.94719.1424827
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.87618.7854720
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 32240 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 114 -
Rwork0.204 2216 -
obs--89.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4914-0.016-1.86350.427-0.34272.74120.1143-0.02350.06830.0956-0.0832-0.0004-0.31110.0569-0.03110.12430.0074-0.00780.0483-0.01090.0928-25.41122.953-25.315
20.47640.06170.27321.15080.61420.4501-0.00230.0710.0136-0.00430.0158-0.0473-0.00080.0477-0.01350.06040.00080.00830.0760.0130.0636-9.91912.414-35.346
30.19640.13370.41992.09940.00910.93660.06120.01210.0282-0.2127-0.11250.04220.16510.04610.05130.0820.00770.03190.0778-0.03160.0866-12.6091.152-38.966
40.189-0.08190.03160.4541-0.28380.42480.00330.03550.0079-0.02980.0236-0.01110.0482-0.0231-0.02690.0708-0.00240.00480.0559-0.01930.0538-21.0821.778-30.741
51.0017-0.12760.31390.0339-0.07630.83190.08350.0121-0.04540.008-0.02050.01770.0175-0.0029-0.0630.04060-0.00260.0689-0.00420.0735-32.411.214-17.782
60.71160.3358-0.05240.62590.3080.71020.0848-0.2041-0.00750.0669-0.0750.02430.041-0.0034-0.00990.0409-0.0371-0.01180.11380.02760.0268-15.481-0.391.282
73.0917-2.3999-4.15512.08032.65677.4306-0.1364-0.24280.0430.07170.1869-0.06280.4940.1825-0.05050.1499-0.0749-0.01510.08830.04210.0829-21.687-14.037-4.459
86.0827-1.9892-1.01053.1032-0.43822.95560.0151-0.0052-0.05150.0297-0.1862-0.3890.44910.0180.17110.1623-0.0051-0.00130.0690.09610.1486-11.789-18.532-1.509
90.28240.0269-0.04330.08580.03080.86170.0413-0.0952-0.1065-0.0224-0.0713-0.0380.08670.0850.030.08070.0033-0.01310.0980.04140.0918-10.15-7.002-12.494
101.2756-0.25570.93730.1797-0.45241.33920.0676-0.11720.015-0.0001-0.0488-0.0091-0.0170.0339-0.01880.0411-0.0297-0.00580.10490.01230.07330.847.251-10.393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2A35 - 78
3X-RAY DIFFRACTION3A79 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4A100 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5A215 - 282
6X-RAY DIFFRACTION6B9 - 76
7X-RAY DIFFRACTION7B77 - 95
8X-RAY DIFFRACTION8B96 - 113
9X-RAY DIFFRACTION9B114 - 213
10X-RAY DIFFRACTION10B214 - 282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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