PDB-5hul: Crystal Structure of NadC Deletion Mutant in Cubic Space Group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hul

タイトル

Crystal Structure of NadC Deletion Mutant in Cubic Space Group

要素

Quinolinate phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Quinolinate phosphoribosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

quinolinate catabolic process / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) activity / NAD+ biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes serotype M49 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.855 Å

データ登録者

Booth, W.T. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Streptococcus pyogenes quinolinate-salvage pathway-structural and functional studies of quinolinate phosphoribosyl transferase and NH3 -dependent NAD(+) synthetase.
著者: Booth, W.T. / Morris, T.L. / Mysona, D.P. / Shah, M.J. / Taylor, L.K. / Karlin, T.W. / Clary, K. / Majorek, K.A. / Offermann, L.R. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2016年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hul.cif.gz	443.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hul.ent.gz	370 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hul.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/5hul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/5hul	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5huhC 5hujC 5huoC 5hupC 4kwvS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5huo-2 5huo-1 5hup-1 5hup-2 5ayz-1 4kwv-d 5ayz-2 2jbm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Quinolinate phosphoribosyltransferase

B: Quinolinate phosphoribosyltransferase

C: Quinolinate phosphoribosyltransferase

D: Quinolinate phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

140 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Quinolinate phosphoribosyltransferase

B: Quinolinate phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Quinolinate phosphoribosyltransferase

B: Quinolinate phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Quinolinate phosphoribosyltransferase

B: Quinolinate phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
209 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Quinolinate phosphoribosyltransferase

D: Quinolinate phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

C: Quinolinate phosphoribosyltransferase

D: Quinolinate phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

C: Quinolinate phosphoribosyltransferase

D: Quinolinate phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
209 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	179.630, 179.630, 179.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	195
Space group name H-M	P23

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	ASP	ASP	A	A	5 - 288	30 - 313
2	1	SER	SER	ASP	ASP	B	B	5 - 288	30 - 313
1	2	THR	THR	LEU	LEU	A	A	6 - 287	31 - 312
2	2	THR	THR	LEU	LEU	C	C	6 - 287	31 - 312
1	3	SER	SER	ASP	ASP	A	A	5 - 288	30 - 313
2	3	SER	SER	ASP	ASP	D	D	5 - 288	30 - 313
1	4	THR	THR	ASP	ASP	B	B	6 - 288	31 - 313
2	4	THR	THR	ASP	ASP	C	C	6 - 288	31 - 313
1	5	SER	SER	ASP	ASP	B	B	5 - 288	30 - 313
2	5	SER	SER	ASP	ASP	D	D	5 - 288	30 - 313
1	6	THR	THR	LEU	LEU	C	C	6 - 287	31 - 312
2	6	THR	THR	LEU	LEU	D	D	6 - 287	31 - 312

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Quinolinate phosphoribosyltransferase 分子量: 34425.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M49 (strain NZ131) (化膿レンサ球菌) 株: NZ131 / 遺伝子: Spy49_0176 / プラスミド: pjExpress411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: A0A0H3BVM1, nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating)
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 1 M Ammonium Phosphate, 0.1 M Sodium citrate tribasic/ Citric acid, 0.2 M Sodium Chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.73
1	1	K, H, -L	2	0.27

反射

解像度: 2.85→40 Å / Num. obs: 44917 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.057 / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 24.1

反射シェル

解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.815 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KWV

4kwv

解像度: 2.855→39.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 23.922 / SU ML: 0.261 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20518	2270	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16991	-	-	-
obs	0.17169	42645	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 154.782 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-152.64 Å²	-103.21 Å²	-106.36 Å²
2-	-	48.02 Å²	-39.72 Å²
3-	-	-	104.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.855→39.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8573	0	95	3	8671

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	8770
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	8314
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.712	1.966	11888
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.87	3	19011
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.512	5	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.696	24.158	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.051	15	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.92	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	9976
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1982
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	11.337	13.361	4531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	11.336	13.36	4530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	13.839	20.089	5655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	13.838	20.091	5656
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.489	13.853	4239
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	12.148	13.804	4161
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	15.727	20.502	6119
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	17.455		9249
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	17.455		9250
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	32320	0.09
1	2	B	32320	0.09
2	1	A	31980	0.09
2	2	C	31980	0.09
3	1	A	32144	0.09
3	2	D	32144	0.09
4	1	B	32576	0.09
4	2	C	32576	0.09
5	1	B	32628	0.09
5	2	D	32628	0.09
6	1	C	31866	0.1
6	2	D	31866	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.855→2.929 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.457	159	-
R_work	0.373	3086	-
obs	-	-	99.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8664	-0.478	-0.9797	11.8702	-5.4356	3.3136	0.337	0.583	-0.3022	-0.3853	0.0729	1.4765	0.0477	-0.3725	-0.4098	0.5725	0.1032	0.0802	0.487	-0.0918	0.5079	48.462	46.836	30.95
2	0.9297	-0.3296	0.6288	0.7872	-0.4143	0.9585	-0.0334	0.2256	-0.1937	-0.091	-0.05	-0.0164	0.1098	0.1038	0.0834	0.1264	0.012	0.0251	0.0724	-0.0806	0.141	69.015	33.067	36.286
3	5.0148	-0.8866	-1.9521	0.6079	0.2088	0.8878	0.0329	-0.101	0.0566	-0.0102	0.0308	0.0565	0.0138	0.1692	-0.0637	0.2097	-0.0046	-0.0234	0.2203	-0.0098	0.1354	52.123	64.797	47.43
4	0.6506	0.1794	-0.4036	1.767	-1.0996	0.8247	0.0156	-0.0424	0.1079	-0.1171	0.2624	0.4078	0.0583	-0.1067	-0.2779	0.0116	-0.0321	-0.0307	0.1434	0.0485	0.134	29.894	68.284	57.104
5	2.1992	-1.1687	1.632	3.0957	-3.1558	6.0152	0.1878	0.1817	-0.3783	-0.1838	-0.0742	-0.2151	0.1094	0.6862	-0.1136	0.2146	0.0485	-0.0371	0.385	-0.0773	0.2285	129.158	32.986	46.631
6	1.813	-0.7505	0.8756	1.1598	-0.2803	0.9383	0.0581	0.3897	-0.282	-0.0433	0.0826	0.1989	0.1923	0.1776	-0.1407	0.163	-0.0216	-0.0267	0.157	-0.0345	0.0534	109.725	39.15	31.943
7	0.1555	-0.269	0.1448	0.4891	-0.4145	2.9113	-0.049	-0.0455	-0.0377	0.0919	0.0394	0.021	0.0952	-0.2275	0.0096	0.1186	-0.0272	-0.0543	0.2411	0.1012	0.1934	131.681	66.448	54.237
8	1.0193	1.3785	0.7123	2.0375	0.608	1.457	-0.3395	0.2195	-0.0419	-0.5026	0.4081	-0.0339	-0.1864	0.0717	-0.0686	0.1404	-0.1055	-0.0004	0.1898	0.0052	0.0113	123.395	70.363	31.602

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	41 - 288
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	6 - 38
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	40 - 288
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	6 - 40
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	41 - 288
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	5 - 39
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	40 - 288

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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