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- PDB-5huf: The crystal structure of hemagglutinin from A/gyrfalcon/Washingto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5huf
タイトルThe crystal structure of hemagglutinin from A/gyrfalcon/Washington/41088-6/2014 influenza virus
要素
  • hemagglutinin HA1
  • hemagglutinin HA2
キーワードVIRAL PROTEIN / hemagglutinin / influenza virus / H5Nx
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Yang, H. / Carney, P.J. / Guo, Z. / Chang, J.C. / Stevens, J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Molecular Characterizations of Surface Proteins Hemagglutinin and Neuraminidase from Recent H5Nx Avian Influenza Viruses.
著者: Yang, H. / Carney, P.J. / Mishin, V.P. / Guo, Z. / Chang, J.C. / Wentworth, D.E. / Gubareva, L.V. / Stevens, J.
履歴
登録2016年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22016年6月8日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hemagglutinin HA1
B: hemagglutinin HA2
C: hemagglutinin HA1
D: hemagglutinin HA2
E: hemagglutinin HA1
F: hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,23818
ポリマ－175,8786
非ポリマー4,36012
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35550 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area63670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.328, 252.385, 70.623
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13B
23D
14B
24F
15C
25E
16D
26F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUPROPROAA-2 - 3213 - 326
21LEULEUPROPROCC-2 - 3213 - 326
12LEULEUPROPROAA-2 - 3213 - 326
22LEULEUPROPROEE-2 - 3213 - 326
13GLYGLYGLYGLYBB1 - 1761 - 176
23GLYGLYGLYGLYDD1 - 1761 - 176
14GLYGLYGLYGLYBB1 - 1761 - 176
24GLYGLYGLYGLYFF1 - 1761 - 176
15LEULEUPROPROCC-2 - 3213 - 326
25LEULEUPROPROEE-2 - 3213 - 326
16GLYGLYGLYGLYDD1 - 1761 - 176
26GLYGLYGLYGLYFF1 - 1761 - 176

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質 hemagglutinin HA1


分子量: 37787.930 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/gyrfalcon/Washington/41088-6/2014(H5N8)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/gyrfalcon/Washington/41088-6/2014(H5N8) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0C4X0C0
#2: タンパク質 hemagglutinin HA2


分子量: 20838.119 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/gyrfalcon/Washington/41088-6/2014(H5N8)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/gyrfalcon/Washington/41088-6/2014(H5N8) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0C4X0C0
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.1M Sodium Citrate: Citric acid, pH 5.5, 20% PEG (w/v) 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→50 Å / Num. obs: 53667 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 5.2 % / Net I/σ(I): 12.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化解像度: 2.81→49.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 39.756 / SU ML: 0.321 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.623 / ESU R Free: 0.363 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25627 2723 5.1 %RANDOM
Rwork0.22799 ---
obs0.22943 50896 96.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.72 Å20 Å20 Å2
2--1.93 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.81→49.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11934 0 285 0 12219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01912528
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0211544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.741.96616992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.995326532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.05951494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.71225.074609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.665152103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2521554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21863
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022895
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5774.5385994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5624.5385993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8976.7957482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.8976.7967483
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1035.0716534
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1015.0716534
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6667.4489511
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.79937.01113703
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.79937.01113703
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A197510.02
12C197510.02
21A197740.02
22E197740.02
31B91580.05
32D91580.05
41B91010.06
42F91010.06
51C197290.02
52E197290.02
61D91690.05
62F91690.05
LS精密化 シェル解像度: 2.806→2.879 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 181 -
Rwork0.376 3492 -
obs--90.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0548-0.1506-0.05710.65440.26210.31640.0402-0.0010.0205-0.00720.0397-0.1816-0.06440.0654-0.07990.1760.00670.07360.0571-0.0350.237541.899762.192419.5014
20.4503-0.913-0.41542.24320.9060.40270.04210.0411-0.0419-0.031-0.0755-0.0547-0.0324-0.04990.03340.27730.0607-0.01790.033-0.01680.211543.483511.7978-0.7078
30.0636-0.1102-0.01490.31680.09130.28620.08180.0457-0.0105-0.0968-0.05150.0026-0.073-0.0916-0.03030.24320.07420.00510.08290.00880.139110.463862.44065.8044
40.1988-0.4465-0.20481.9811.1040.670.15370.0493-0.1118-0.0772-0.1470.0798-0.0384-0.0954-0.00670.28290.0492-0.09490.0561-0.07640.216424.979912.7366-10.268
50.0962-0.1605-0.15810.35610.32770.5068-0.0372-0.0397-0.02770.07810.01830.02420.0475-0.05730.01890.20450.03870.00130.08330.02370.147315.410849.277637.1351
60.2031-0.3711-0.2771.38720.53420.4183-0.1198-0.0253-0.04980.02730.03610.13670.14360.01130.08380.33920.0256-0.00360.01680.0060.229426.6314.45239.0204
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 321
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 505
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 176
4X-RAY DIFFRACTION2B201 - 202
5X-RAY DIFFRACTION3C-2 - 321
6X-RAY DIFFRACTION3C501 - 505
7X-RAY DIFFRACTION4D1 - 176
8X-RAY DIFFRACTION4D201 - 202
9X-RAY DIFFRACTION5E-2 - 321
10X-RAY DIFFRACTION5E501 - 505
11X-RAY DIFFRACTION6F1 - 176
12X-RAY DIFFRACTION6F201 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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