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- PDB-5hu8: The crystal structure of hemagglutinin from A/Sichuan/26221/2014 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hu8
タイトルThe crystal structure of hemagglutinin from A/Sichuan/26221/2014 (H5N6) influenza virus
要素(hemagglutinin ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / hemagglutinin / influenza virus / H5N6
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin ...Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin HA2
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Yang, H. / Carney, P.J. / Guo, Z. / Chang, J.C. / Stevens, J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Molecular Characterizations of Surface Proteins Hemagglutinin and Neuraminidase from Recent H5Nx Avian Influenza Viruses.
著者: Yang, H. / Carney, P.J. / Mishin, V.P. / Guo, Z. / Chang, J.C. / Wentworth, D.E. / Gubareva, L.V. / Stevens, J.
履歴
登録2016年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22016年6月8日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: hemagglutinin HA1
C: hemagglutinin HA1
E: hemagglutinin HA1
B: hemagglutinin HA2
D: hemagglutinin HA2
F: hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,60515
ポリマ－176,1286
非ポリマー3,4779
水12,574698
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33750 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area61410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.505, 104.418, 215.692
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13C
23E
14B
24D
15B
25F
16D
26F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERASNASNAA0 - 3195 - 324
21SERSERASNASNCB0 - 3195 - 324
12SERSERASNASNAA0 - 3195 - 324
22SERSERASNASNEC0 - 3195 - 324
13SERSERASNASNCB0 - 3195 - 324
23SERSERASNASNEC0 - 3195 - 324
14GLYGLYILEILEBD12 - 17312 - 173
24GLYGLYILEILEDE12 - 17312 - 173
15GLYGLYILEILEBD12 - 17312 - 173
25GLYGLYILEILEFF12 - 17312 - 173
16GLYGLYILEILEDE12 - 17312 - 173
26GLYGLYILEILEFF12 - 17312 - 173

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 hemagglutinin HA1


分子量: 37828.008 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
株: A/Sichuan/26221/2014 (H5N6) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A182DWE0*PLUS
#2: タンパク質 hemagglutinin HA2


分子量: 20881.170 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A182DWE1*PLUS

-
糖 , 3種, 9分子

#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 698分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 698 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Imidazole, pH7, 22.5% PolyPure PEG 0.3-10KDa

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 74754 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 25.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.45→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 15.347 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.372 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2274 3763 5 %RANDOM
Rwork0.19118 ---
obs0.19303 70912 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.397 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20 Å20 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.45→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11598 0 228 698 12524
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01912123
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0211181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7131.95916452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.166325695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.95351440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.32825.149606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.151152064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8211554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022826
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9454.3215778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9424.325777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0186.477212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.0196.4717213
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9954.9816345
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9954.9826346
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.7197.2599241
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.50335.59213772
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.54435.41713451
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A194050.07
12C194050.07
21A194220.07
22E194220.07
31C193760.07
32E193760.07
41B82920.1
42D82920.1
51B83840.09
52F83840.09
61D83130.1
62F83130.1
LS精密化 シェル解像度: 2.451→2.515 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 236 -
Rwork0.312 4967 -
obs--95.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3884-0.04360.20520.13790.15520.39560.04450.0246-0.00140.02910.00390.01760.06530.0291-0.04830.0739-0.0161-0.01130.09980.01220.1088-19.896831.3088-48.0075
20.4581-0.10360.18760.0524-0.03440.3843-0.0144-0.05980.2071-0.00190.0182-0.0028-0.0559-0.0626-0.00380.06640.0247-0.00060.0279-0.01070.1949-28.729964.3588-44.409
30.3487-0.02640.0680.03530.01450.46650.03150.08670.1814-0.03330.0107-0.0522-0.0530.0939-0.04230.061-0.04480.03730.09810.03290.16360.766756.1254-59.9221
40.5149-0.08390.84540.0854-0.21221.5816-0.0127-0.07720.04720.00240.03960.01990.04740.0034-0.02690.060.0784-0.03650.2548-0.09860.06117.471140.1455-2.8537
50.4670.14260.63130.24080.48821.5290.0031-0.17690.11740.02760.1288-0.05310.07140.0805-0.1320.03130.0538-0.03150.2988-0.17740.18671.19660.0459-0.1327
60.55070.0540.3920.03290.11090.76080.0212-0.1420.1952-0.02160.0617-0.0076-0.02270.208-0.08290.0301-0.02990.00050.3306-0.22240.201818.93156.574-9.5159
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 600
2X-RAY DIFFRACTION2C0 - 600
3X-RAY DIFFRACTION3E0 - 600
4X-RAY DIFFRACTION4B12 - 173
5X-RAY DIFFRACTION5D12 - 173
6X-RAY DIFFRACTION6F12 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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