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- PDB-5hs6: Human 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 14 in complex with... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hs6 | |||||||||
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Title | Human 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 14 in complex with Estrone | |||||||||
![]() | 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14 | |||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() Estrogen biosynthesis / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity / steroid catabolic process / identical protein binding / ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bertoletti, N. / Marchais-Oberwinkler, S. / Heine, A. / Klebe, G. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: New Insights into Human 17 beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 14: First Crystal Structures in Complex with a Steroidal Ligand and with a Potent Nonsteroidal Inhibitor. Authors: Bertoletti, N. / Braun, F. / Lepage, M. / Moller, G. / Adamski, J. / Heine, A. / Klebe, G. / Marchais-Oberwinkler, S. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 108.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 88 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 779.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 779.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5icmC ![]() 5icsC ![]() 5js6C ![]() 5jsfC ![]() 5en4S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 28682.740 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9BPX1, ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-NAD / ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-J3Z / (![]() |
#4: Chemical | ChemComp-NA / |
#5: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.49 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: CHES 0.1M, tri-sodium citrate 1M / PH range: 7.0-8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 5, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.02→50 Å / Num. obs: 18613 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 7.52 % / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 15.86 |
Reflection shell | Resolution: 2.02→2.14 Å / Redundancy: 7.57 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 98.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5EN4 Resolution: 2.02→46.106 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.97
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.02→46.106 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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