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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hs6 | |||||||||
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タイトル | Human 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 14 in complex with Estrone | |||||||||
要素 | 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / 17bHSD14 / Estrone complex (エストロン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Estrogen biosynthesis / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / steroid catabolic process / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å | |||||||||
データ登録者 | Bertoletti, N. / Marchais-Oberwinkler, S. / Heine, A. / Klebe, G. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016 タイトル: New Insights into Human 17 beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 14: First Crystal Structures in Complex with a Steroidal Ligand and with a Potent Nonsteroidal Inhibitor. 著者: Bertoletti, N. / Braun, F. / Lepage, M. / Moller, G. / Adamski, J. / Heine, A. / Klebe, G. / Marchais-Oberwinkler, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hs6.cif.gz | 113.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5hs6.ent.gz | 86.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hs6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hs6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hs6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28682.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD17B14, DHRS10, SDR3, SDR47C1, UNQ502/PRO474 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS 参照: UniProt: Q9BPX1, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-J3Z / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.49 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: CHES 0.1M, tri-sodium citrate 1M / PH範囲: 7.0-8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 18613 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.52 % / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 15.86 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.14 Å / 冗長度: 7.57 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5EN4 解像度: 2.02→46.106 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.97
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→46.106 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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