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- PDB-5hr9: The crystal structure of Se-AsfvPolX(L52/163M mutant) in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hr9
タイトルThe crystal structure of Se-AsfvPolX(L52/163M mutant) in complex with 1nt-gap DNA1
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3')
  • DNA polymerase beta-like protein
キーワードTRANSFERASE/DNA / ASFV / PolX / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via nonhomologous end joining / virion component / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb ...Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Repair DNA polymerase X / Repair DNA polymerase X
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chen, Y.Q. / Zhang, J. / Gan, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Fundation of China31370728 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of Se-AsfvPolX(L52/163M mutant) in complex with 1nt-gap DNA1
著者: Chen, Y.Q. / Zhang, J. / Gan, J.H.
履歴
登録2016年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase beta-like protein
B: DNA polymerase beta-like protein
C: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3588
ポリマ－59,3588
非ポリマー00
水1,22568
1
A: DNA polymerase beta-like protein
C: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6794
ポリマ－29,6794
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase beta-like protein
F: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6794
ポリマ－29,6794
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.323, 82.240, 101.416
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase beta-like protein / PO174L


分子量: 20833.379 Da / 分子数: 2 / 変異: L52/163M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
遺伝子: O174L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0A1E3N6, UniProt: P42494*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*C)-3')


分子量: 4637.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3')


分子量: 2104.396 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 10% w/v PEG 3350, 0.2M L-Proline

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 30053 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 15.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.2→29.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 17.321 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.213 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25596 1609 5.1 %RANDOM
Rwork0.20648 ---
obs0.20906 30053 98.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.896 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.48 Å20 Å2-0 Å2
2---6.33 Å20 Å2
3---3.85 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→29.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2858 1174 0 68 4100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0174228
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2861.725931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.40838569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0575351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.27723.097113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.48615578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1531520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023814
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02930
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.47437938
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free63.466516
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.65157799
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 132 -
Rwork0.311 2128 -
obs--96.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5486-0.5829-0.24193.3499-0.14850.5397-0.0679-0.0514-0.05090.13380.11990.0283-0.0362-0.0002-0.0520.01610.03330.00820.23370.01270.009433.883827.912832.2211
20.5220.0804-0.56792.9948-0.14232.293-0.08690.0479-0.04540.03270.06760.0235-0.04760.04840.01930.0279-00.00980.2341-0.01450.005141.034846.800221.9898
31.88040.4430.05342.60560.49050.44830.08220.1206-0.0903-0.236-0.01540.0033-0.0005-0.0082-0.06670.04530.0178-0.01620.19830.01460.02032.593438.90118.167
40.7231-0.337-0.07111.75910.01022.1680.0125-0.0923-0.0733-0.0653-0.01890.0359-0.1384-0.07840.00640.0396-0.00720.00090.13560.00810.0076-2.908757.91629.0763
51.4055-2.983-0.81666.6051.97010.75130.00460.1039-0.1685-0.1315-0.21220.4934-0.03520.06480.20770.2245-0.0291-0.06070.3206-0.00490.087736.941316.65198.0428
60.4615-0.7760.3131.90950.17141.2072-0.0358-0.0784-0.0181-0.09170.2274-0.06070.0056-0.0452-0.19160.2541-0.0566-0.05340.3210.00830.041338.232729.921913.7674
70.31341.048-0.791512.93931.58264.0334-0.0487-0.0088-0.1209-0.7323-0.3794-0.04660.0251-0.09360.42810.2036-0.0086-0.04510.3517-0.01250.072642.65084.85641.3926
80.49181.7316-1.21926.4109-4.30453.1235-0.06930.13540.095-0.24940.20510.32920.2245-0.3572-0.13580.0998-0.08520.02860.31750.00010.10981.295729.231142.7505
91.0893-0.10570.09751.8041.10342.75280.0503-0.2541-0.05710.08310.03480.0280.1796-0.0337-0.08510.0846-0.0096-0.00110.21430.05180.02020.844141.153737.0757
101.4266-3.5159-1.71619.61975.71967.63320.01040.3181-0.00740.1495-0.19480.33280.4096-0.16950.18440.4660.0458-0.01220.62120.20360.2006-4.996618.491550.6533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2A106 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 105
4X-RAY DIFFRACTION4B106 - 174
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 15
6X-RAY DIFFRACTION6D1 - 7
7X-RAY DIFFRACTION7E9 - 15
8X-RAY DIFFRACTION8F1 - 15
9X-RAY DIFFRACTION9G1 - 7
10X-RAY DIFFRACTION10H9 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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