PDB-5hpf: Crystal Structure of the Double Mutant of PobR Transcription Fact...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 5hpf

タイトル

Crystal Structure of the Double Mutant of PobR Transcription Factor Inducer Binding Domain from Acinetobacter

要素

p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription factor / ligand binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

3,4-dihydroxybenzoate metabolic process / catabolic process / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baylyi str. ADP1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.309 Å

データ登録者

Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrejczak, R. / Jha, R. / Strauss, C.E.M. / Joachimiak, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A microbial sensor for organophosphate hydrolysis exploiting an engineered specificity switch in a transcription factor.
著者: Jha, R.K. / Kern, T.L. / Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Strauss, C.E.

履歴

登録	2016年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2018年6月6日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年12月25日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hpf.cif.gz	227 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hpf.ent.gz	184.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hpf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/5hpf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/5hpf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5hpiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3b21-d 1ore-d 4hjv-2 3w30-1 3uwk-2 4qn8-2 4nyh-3 5a0x-2 3w42-2 2xs6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator

B: p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator

C: p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator

ヘテロ分子

60.8 kDa, 3 ポリマー
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1

A: p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.348, 111.348, 282.174
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator 分子量: 19956.459 Da / 分子数: 3 / 変異: delta-L141, L220V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baylyi str. ADP1 (バクテリア) 遺伝子: pobR, ACIAD1718 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: Q43992
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.48 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1 M sodium/potassium phosphate pH 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 37742 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 46.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.849 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2104: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
SBC-Collect		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.309→40.375 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.16 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2152	1874	4.97 %
R_work	0.1702	-	-
obs	0.1724	37742	95.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.309→40.375 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4128	0	57	118	4303

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4262
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.925	5814
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.163	2583
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	703
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	741

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3089-2.3714	0.2791	118	0.225	2548	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3714-2.4411	0.2729	119	0.1992	2782	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4411-2.5199	0.2158	148	0.1919	2772	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5199-2.61	0.2855	148	0.2113	2753	X-RAY DIFFRACTION	98
2.61-2.7144	0.2688	145	0.2068	2794	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7144-2.838	0.2832	148	0.2222	2759	X-RAY DIFFRACTION	97
2.838-2.9875	0.2434	138	0.2036	2774	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9875-3.1746	0.2514	149	0.1953	2768	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1746-3.4196	0.229	149	0.1839	2762	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4196-3.7635	0.2509	167	0.1649	2753	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7635-4.3076	0.1855	147	0.1428	2761	X-RAY DIFFRACTION	95
4.3076-5.425	0.1633	141	0.1321	2795	X-RAY DIFFRACTION	95
5.425-40.3811	0.1778	157	0.1611	2847	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.2545	-1.9486	-1.0458	8.9821	0.7053	8.8959	-0.1166	0.2501	-0.9215	0.6478	-0.1168	0.1298	1.0314	-0.062	0.2037	0.4442	-0.0499	-0.007	0.2952	0.0088	0.3881	10.885	-24.6194	55.8096
2	3.5055	2.1549	1.6542	4.7955	0.0348	1.0436	-0.1723	0.5299	-0.3528	-0.201	0.0107	-0.0895	0.2096	-0.0067	0.1321	0.3564	0.021	0.0463	0.37	0.0027	0.2637	11.5885	-21.5261	46.0789
3	5.765	1.0531	2.0783	5.3223	-0.4372	4.2478	-0.2783	0.2973	-0.2604	-0.4356	0.085	-0.0203	0.4008	0.3984	0.1576	0.3985	0.0529	0.1091	0.3479	-0.0076	0.3508	20.9024	-17.0256	43.3218
4	7.0867	1.3046	2.9855	4.2719	0.2999	7.9518	0.072	0.5942	0.1316	-0.5199	-0.3781	-1.2808	0.453	1.6536	0.1348	0.3548	0.1265	0.1379	0.6677	0.173	0.6567	36.9696	-13.8805	40.9629
5	2.8681	-4.3259	1.5777	6.6952	-1.9631	2.0696	0.3244	1.048	0.2914	-0.5191	-0.5831	-0.5413	-0.1094	0.4278	0.2735	0.5232	0.0398	0.112	0.5952	0.0877	0.3917	24.2257	-5.7383	34.8543
6	8.4832	1.5753	-4.8559	6.9926	-2.9173	3.8579	-0.0706	-0.3707	0.4128	0.0776	-0.2583	-0.7268	-0.5999	1.44	0.3538	0.352	-0.0372	-0.0328	0.432	0.0847	0.4856	31.1085	-5.731	48.186
7	1.4662	-1.2948	0.2139	4.6036	-2.6333	3.7915	0.0693	0.1754	0.0356	-0.1863	-0.1254	-0.0649	0.106	0.1131	0.062	0.2308	0.012	0.0034	0.3063	-0.0048	0.34	15.84	-11.0423	49.6116
8	4.2978	-3.9244	-1.4928	3.5721	0.9066	7.3579	-0.4556	-0.8502	-0.3496	0.8647	0.0139	-0.0413	0.1719	0.8366	0.3969	0.2714	0.0098	0.052	0.4483	0.0815	0.3865	17.3553	-18.0627	61.3132
9	0.649	1.3822	0.8605	5.5946	-1.2319	4.5905	-0.4231	0.5952	-0.1013	-0.5099	0.1716	-0.7051	0.1918	1.3184	0.2528	0.6835	-0.0433	0.1202	0.9434	-0.0535	0.4314	26.9255	-0.4079	6.6387
10	1.4889	0.1702	-0.3565	4.7728	1.4695	0.5615	0.0222	-0.0844	0.1172	0.4601	-0.1842	-0.238	-0.1365	0.2316	0.1154	0.6198	0.0382	-0.0308	0.8742	0.0485	0.3397	24.3628	-2.3273	16.4078
11	2.6499	1.0376	-0.2018	5.886	1.267	5.2575	0.0291	-0.3101	-0.1376	0.9085	-0.075	-0.1054	0.5099	0.5962	-0.0171	0.5751	0.0647	-0.0578	0.6962	0.0336	0.4098	23.7998	-12.6509	18.9876
12	8.5992	3.2837	2.5881	2.8956	1.1511	2.2645	-0.0893	-0.4708	-1.3336	0.7718	-0.2381	-1.5791	1.3972	0.7703	0.1662	1.2577	0.4104	-0.251	0.9004	0.1339	1.0666	27.5306	-28.6452	21.1202
13	5.2619	-1.4688	-1.0883	7.6966	-0.6143	0.4314	0.2094	-0.0475	-0.4382	0.2936	-0.2099	-0.2086	0.4707	0.043	0.0408	0.7365	0.0457	-0.1081	0.7125	0.0454	0.4031	15.4918	-20.4014	19.6545
14	1.0462	0.0084	1.1782	2.6475	-0.4355	2.3516	0.2787	0.2754	-0.214	-0.5175	-0.3993	-0.2776	0.5325	0.6594	0.1265	0.716	0.2139	0.0173	0.7573	-0.0099	0.3733	24.7506	-13.8221	7.9378
15	9.1044	-3.3138	-3.2086	3.2852	0.2588	1.5059	-0.1069	-0.6497	0.1782	0.4307	0.2356	-0.1817	0.0918	0.6339	-0.1318	0.6438	0.0477	0.0171	0.6615	-0.0402	0.2995	13.3415	-6.8229	12.5182
16	1.993	-0.9233	-1.7554	2.1058	0.8928	9.5396	-0.1057	1.0806	-0.3682	-0.8457	-0.4382	-0.6432	1.1667	0.5278	0.4806	0.7027	0.1846	0.0706	0.7208	0.0241	0.4602	23.4791	-8.9759	1.1796
17	7.1548	2.4255	-1.8168	4.6083	-2.1654	3.8616	-0.0033	-0.3267	-0.5796	0.2879	-0.09	-0.0041	0.1765	0.3398	0.088	0.3123	0.0402	-0.0027	0.3254	0.0773	0.3919	7.8215	-25.279	74.5335
18	3.963	0.9343	-0.8489	2.8	-0.4344	2.0523	-0.0166	-0.2791	-0.201	0.1419	-0.0478	-0.0418	0.1097	-0.0674	0.0477	0.2997	-0.0265	-0.0071	0.2776	0.0383	0.3783	-5.6206	-23.8212	77.732

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 96 through 113 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 114 through 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 170 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 171 through 181 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 182 through 193 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 194 through 207 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 208 through 255 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 256 through 271 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 96 through 113 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 114 through 143 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 144 through 170 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 171 through 181 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 182 through 193 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 194 through 207 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 208 through 255 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 256 through 271 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 96 through 138 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 139 through 271 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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