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万見
- PDB-5hp5: Srtucture of human peptidylarginine deiminase type I (PAD1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hp5
タイトルSrtucture of human peptidylarginine deiminase type I (PAD1)
要素Protein-arginine deiminase type-1
キーワードHYDROLASE / peptidylarginine deiminase / PAD1 / isozyme / monomer
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-arginine deiminase / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / histone H4R3 arginine deiminase activity / histone H1R54 arginine deiminase activity / histone H2AR3 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase activity / Chromatin modifying enzymes ...protein-arginine deiminase / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / histone H4R3 arginine deiminase activity / histone H1R54 arginine deiminase activity / histone H2AR3 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase activity / Chromatin modifying enzymes / calcium ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-arginine deiminase, central domain / Protein-arginine deiminase, N-terminal domain / Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain ...Protein-arginine deiminase, central domain / Protein-arginine deiminase, N-terminal domain / Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein-arginine deiminase type-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.198 Å
データ登録者Unno, M. / Nagai, A. / Saijo, S. / Shimizu, N. / Kinjo, S. / Mashimo, R. / Kizawa, K. / Takahara, H.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
MEXT23121504 日本
MEXT25121704 日本
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Monomeric Form of Peptidylarginine Deiminase Type I Revealed by X-ray Crystallography and Small-Angle X-ray Scattering
著者: Saijo, S. / Nagai, A. / Kinjo, S. / Mashimo, R. / Akimoto, M. / Kizawa, K. / Yabe-Wada, T. / Shimizu, N. / Takahara, H. / Unno, M.
履歴
登録2016年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-arginine deiminase type-1
B: Protein-arginine deiminase type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,90110
ポリマ－154,5802
非ポリマー3218
水30617
1
A: Protein-arginine deiminase type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4505
ポリマ－77,2901
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area29650 Å2
手法PISA
2
B: Protein-arginine deiminase type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4505
ポリマ－77,2901
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area29620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.815, 90.815, 373.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Protein-arginine deiminase type-1 / Peptidylarginine deiminase I / Protein-arginine deiminase type I


分子量: 77290.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI1, PAD1, PDI1 / 発現宿主: unidentified plasmid (未定義) / 参照: UniProt: Q9ULC6, protein-arginine deiminase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 50 mM citric acid, 0.2 M CaCl2, 15%(w/v) PEG3350, 14%(v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 28698 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.6 % / Net I/σ(I): 20.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WDA

1wda


解像度: 3.198→29.726 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 31.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2782 1441 5.05 %
Rwork0.213 --
obs0.2163 28555 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.198→29.726 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10556 0 8 17 10581
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610824
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36314684
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6444030
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061926
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1981-3.31220.35641470.27812692X-RAY DIFFRACTION99
3.3122-3.44470.29461450.26652715X-RAY DIFFRACTION100
3.4447-3.60120.31161300.2452728X-RAY DIFFRACTION100
3.6012-3.79070.31531300.24082746X-RAY DIFFRACTION100
3.7907-4.02770.29841440.23472684X-RAY DIFFRACTION100
4.0277-4.33780.28921510.21032712X-RAY DIFFRACTION100
4.3378-4.77270.24721310.18592746X-RAY DIFFRACTION100
4.7727-5.45960.27971530.19192675X-RAY DIFFRACTION100
5.4596-6.86450.24611540.22092713X-RAY DIFFRACTION100
6.8645-29.72750.26261560.18592703X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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