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- PDB-5hn3: Crystal structure of beta-decarboxylating dehydrogenase (TK0280) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hn3
タイトルCrystal structure of beta-decarboxylating dehydrogenase (TK0280) from Thermococcus kodakarensis (apo form)
要素Homoisocitrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / homoisocitrate dehydrogenase beta-decarboxylating dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate dehydrogenase (NAD+) activity / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / isocitrate metabolic process / L-leucine biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Homoisocitrate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Shimizu, T. / Tomita, T. / Nishiyama, M.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2017
タイトル: Structure and function of an ancestral-type beta-decarboxylating dehydrogenase from Thermococcus kodakarensis
著者: Shimizu, T. / Yin, L. / Yoshida, A. / Yokooji, Y. / Hachisuka, S.I. / Sato, T. / Tomita, T. / Nishida, H. / Atomi, H. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.
履歴
登録2016年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homoisocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7994
ポリマ－38,6381
非ポリマー1613
水3,963220
1
A: Homoisocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Homoisocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Homoisocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Homoisocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,19616
ポリマ－154,5524
非ポリマー64512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area10500 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area53860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.102, 91.447, 175.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Homoisocitrate dehydrogenase


分子量: 38637.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK0280 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codonplus (RIL) / 参照: UniProt: Q5JFV8
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium chloride, imidazole / PH範囲: 6.0-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→88 Å / Num. obs: 52021 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 31.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X0L

1x0l


解像度: 1.7→88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.16 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23848 2647 5.1 %RANDOM
Rwork0.19992 ---
obs0.20187 49108 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.628 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2544 0 11 220 2775
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192595
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.541.9773509
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87635808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.535331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.31922.605119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.13815431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2361530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022962
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02600
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1772.9371327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1772.9351326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1374.3991657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1374.4021658
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5983.3451268
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5973.3461269
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0494.8691853
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.85524.0363028
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.85424.0423029
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.699→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 183 -
Rwork0.284 3594 -
obs--99.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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