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- PDB-5zjm: Crystal structure of N-acetylneuraminate lyase from Fusobacterium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zjm
タイトルCrystal structure of N-acetylneuraminate lyase from Fusobacterium nucleatum
要素N-acetylneuraminate lyase
キーワードLYASE / N-acetylneuraminate lyase / Sialic acid catabolism / TIM-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-acetylneuraminate lyase / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...N-acetylneuraminate lyase / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetylneuraminate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.323 Å
データ登録者Kumar, J.P. / Rao, H. / Nayak, V. / Subramanian, R.
資金援助 インド, 4件
組織認可番号国
BT/IN/SWEDEN/41/SR/2013 インド
BT/PR5081/INF/156/2012 インド
BT/PR12422/MED/31/287/214 インド
BT/INF/22/SP22660/2017 インド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structures and kinetics of N-acetylneuraminate lyase from Fusobacterium nucleatum
著者: Kumar, J.P. / Rao, H. / Nayak, V. / Ramaswamy, S.
履歴
登録2018年3月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylneuraminate lyase
B: N-acetylneuraminate lyase
C: N-acetylneuraminate lyase
D: N-acetylneuraminate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,9187
ポリマ－131,7324
非ポリマー1863
水25214
1
A: N-acetylneuraminate lyase
B: N-acetylneuraminate lyase
ヘテロ分子

A: N-acetylneuraminate lyase
B: N-acetylneuraminate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,9818
ポリマ－131,7324
非ポリマー2484
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area9900 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area42540 Å2
手法PISA
2
C: N-acetylneuraminate lyase
D: N-acetylneuraminate lyase
ヘテロ分子

C: N-acetylneuraminate lyase
D: N-acetylneuraminate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,8566
ポリマ－131,7324
非ポリマー1242
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area9300 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area43250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.165, 108.977, 141.137
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 0 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 0 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 0 and (name N or name...
41(chain D and (resid 0 or (resid 1 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEPHEPHE(chain A and ((resid 0 and (name N or name...AA02
12PHEPHELYSLYS(chain A and ((resid 0 and (name N or name...AA0 - 2892 - 291
13PHEPHELYSLYS(chain A and ((resid 0 and (name N or name...AA0 - 2892 - 291
14PHEPHELYSLYS(chain A and ((resid 0 and (name N or name...AA0 - 2892 - 291
15PHEPHELYSLYS(chain A and ((resid 0 and (name N or name...AA0 - 2892 - 291
21PHEPHEPHEPHE(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BB02
22GLYGLYLYSLYS(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BB-1 - 2891 - 291
23GLYGLYLYSLYS(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BB-1 - 2891 - 291
24GLYGLYLYSLYS(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BB-1 - 2891 - 291
25GLYGLYLYSLYS(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BB-1 - 2891 - 291
31PHEPHEPHEPHE(chain C and ((resid 0 and (name N or name...CC02
32PHEPHELYSLYS(chain C and ((resid 0 and (name N or name...CC0 - 2892 - 291
33PHEPHELYSLYS(chain C and ((resid 0 and (name N or name...CC0 - 2892 - 291
34PHEPHELYSLYS(chain C and ((resid 0 and (name N or name...CC0 - 2892 - 291
35PHEPHELYSLYS(chain C and ((resid 0 and (name N or name...CC0 - 2892 - 291
41PHEPHEPHEPHE(chain D and (resid 0 or (resid 1 and (name...DD02
42METMETMETMET(chain D and (resid 0 or (resid 1 and (name...DD13
43GLYGLYLYSLYS(chain D and (resid 0 or (resid 1 and (name...DD-1 - 2891 - 291
44GLYGLYLYSLYS(chain D and (resid 0 or (resid 1 and (name...DD-1 - 2891 - 291
45GLYGLYLYSLYS(chain D and (resid 0 or (resid 1 and (name...DD-1 - 2891 - 291
46GLYGLYLYSLYS(chain D and (resid 0 or (resid 1 and (name...DD-1 - 2891 - 291
47GLYGLYLYSLYS(chain D and (resid 0 or (resid 1 and (name...DD-1 - 2891 - 291
48GLYGLYLYSLYS(chain D and (resid 0 or (resid 1 and (name...DD-1 - 2891 - 291

-
要素

#1: タンパク質
N-acetylneuraminate lyase / Neu5Ac lyase / N-acetylneuraminate pyruvate-lyase / N-acetylneuraminic acid aldolase / Sialate ...Neu5Ac lyase / N-acetylneuraminate pyruvate-lyase / N-acetylneuraminic acid aldolase / Sialate lyase / Sialic acid aldolase / Sialic acid lyase


分子量: 32933.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 (バクテリア)
株: ATCC 25586 / 遺伝子: nanA / プラスミド: pMK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RDN6, N-acetylneuraminate lyase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1M CHES, pH 9.5 , 10%(w/v) PEG 3000 and 5mM ATP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.978875 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→49.24 Å / Num. obs: 64567 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 94.3

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
2.32-2.382.30.46643040.8760.3710.6
10.9-49.242.40.0256500.9980.0190.031

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimless0.6.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IMC

4imc


解像度: 2.323→47.108 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2451 3195 4.96 %
Rwork0.2023 --
obs0.2044 64385 94.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 153.91 Å2 / Biso mean: 68.7699 Å2 / Biso min: 36.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.323→47.108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8881 0 12 14 8907
Biso mean--85.64 60.66 -
残基数----1162
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3216X-RAY DIFFRACTION4.026TORSIONAL
12B3216X-RAY DIFFRACTION4.026TORSIONAL
13C3216X-RAY DIFFRACTION4.026TORSIONAL
14D3216X-RAY DIFFRACTION4.026TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3231-2.35780.45731410.43832602274393
2.3578-2.39470.45471370.40262632276995
2.3947-2.43390.43471570.37252634279194
2.4339-2.47590.3731550.35822610276594
2.4759-2.52090.42311140.36632624273892
2.5209-2.56940.35991180.33672602272093
2.5694-2.62180.35681390.31682629276893
2.6218-2.67880.36491200.30512642276294
2.6788-2.74110.31541450.28692642278795
2.7411-2.80970.29691440.24952728287295
2.8097-2.88560.26821580.25162647280596
2.8856-2.97050.31471180.23732737285597
2.9705-3.06640.32051200.22912774289498
3.0664-3.1760.26591480.21832720286896
3.176-3.30310.27641520.22182702285496
3.3031-3.45340.26091470.21732688283596
3.4534-3.63540.25281400.19912659279995
3.6354-3.86310.21821350.18142631276694
3.8631-4.16120.23031370.16812662279994
4.1612-4.57960.17441360.14522661279794
4.5796-5.24160.18731460.14682633277993
5.2416-6.60090.19821520.19162622277493
6.6009-47.11740.20211360.15772709284593
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.50290.1630.15995.2776-1.19391.60510.0083-0.069-0.033-0.15430.16690.78630.1604-0.3154-0.14930.4536-0.06380.04790.72160.01920.573-29.0662-3.430217.2148
22.87150.26880.523.4157-0.81291.7342-0.09080.24180.2194-0.157-0.0260.008-0.09690.04170.04420.5085-0.04830.00220.6519-0.03930.5006-14.2189.264615.3577
32.6220.6255-0.24564.41640.7951.54550.1767-0.1725-0.21430.2340.0346-0.13540.0481-0.1434-0.04180.4537-0.0845-0.02810.65350.07720.4308-13.7305-16.004321.2347
42.79980.5208-0.39862.6282-0.31991.9187-0.0127-0.10640.2748-0.06120.1146-0.1881-0.26980.2566-0.12610.5529-0.1-0.14440.8116-0.01230.603826.91167.519718.5769
52.3367-0.06330.08093.92651.38521.49510.0937-0.2546-0.12750.29270.1041-0.67890.10770.7984-0.11560.4762-0.0279-0.08350.7294-0.06810.659432.2241-2.630314.7652
62.68280.2898-1.42051.48270.83051.8765-0.13010.3427-0.1484-0.22550.0547-0.23360.1029-0.07360.00160.5278-0.0693-0.0890.7110.02650.512515.3064-11.393713.6111
71.40910.5182-0.37342.2569-0.54231.19180.1524-0.10160.1160.0592-0.0181-0.06360.02340.1218-0.08530.4754-0.1053-0.06280.7055-0.03160.507913.1913.193821.671
82.8659-1.02060.64725.08340.56031.9011-0.02430.0547-0.2301-0.0710.218-0.4719-0.046-0.0017-0.17260.44550.07270.05490.5023-0.05280.47418.050935.089551.3839
93.5494-0.41020.52626.34321.36681.9473-0.07340.3341-0.13140.05520.1862-1.41920.13920.8672-0.13930.47910.01-0.01930.6265-0.05850.755123.795945.284354.8969
103.0949-0.17730.66553.99451.06162.0167-0.1155-0.31160.23140.1190.0105-0.0243-0.1816-0.13070.13230.4330.0621-0.01790.43610.00110.41975.862752.339854.9332
112.7214-0.28450.22854.9961-0.2181.76240.19730.3011-0.2455-0.1469-0.07690.0724-0.02360.2621-0.10120.38550.0794-0.01370.4373-0.07960.38145.347927.046748.7941
124.8211-3.7427-3.11344.89242.764.77980.2927-0.05920.0496-0.54520.08450.2955-0.6857-0.3147-0.21350.50920.1004-0.11790.45990.00640.4635-35.324850.634753.4344
132.3510.2691-0.36324.6536-1.60622.0134-0.05280.0558-0.12630.0850.09680.4585-0.0229-0.0617-0.16950.38230.0222-0.1430.46140.02470.4938-38.305445.023653.1443
142.46760.378-1.36372.2129-1.3131.6712-0.064-0.2787-0.29040.22310.0209-0.03750.13040.1640.02730.54270.048-0.12590.4492-0.01950.4854-22.851533.207954.9695
152.2954-0.4237-0.83942.48650.36311.69290.08440.18090.1853-0.065-0.1082-0.07360.0769-0.1252-0.04130.38270.0574-0.10050.41580.00740.411-22.386758.632648.8786
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 95 )A0 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 96 through 204 )A96 - 204
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 205 through 289 )A205 - 289
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -1 through 52 )B-1 - 52
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 53 through 95 )B53 - 95
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 96 through 186 )B96 - 186
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 187 through 289 )B187 - 289
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 0 through 52 )C0 - 52
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 53 through 95 )C53 - 95
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 96 through 204 )C96 - 204
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 205 through 289 )C205 - 289
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid -1 through 19 )D-1 - 19
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 20 through 95 )D20 - 95
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 96 through 204 )D96 - 204
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 205 through 289 )D205 - 289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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