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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hkn
タイトルCrystal structure de novo designed fullerene organizing protein complex with fullerene
要素fullerene organizing protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / Fullerene protein complex / De novo protein design
機能・相同性(C_{60}-I_{h})[5,6]fullerene
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.761 Å
データ登録者Paul, J. / Acharya, R. / Kim, K.-H. / Kim, Y.H. / Kim, N.H. / Grigoryan, G. / DeGardo, W.F.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
DBT India インド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Protein-directed self-assembly of a fullerene crystal.
著者: Kim, K.H. / Ko, D.K. / Kim, Y.T. / Kim, N.H. / Paul, J. / Zhang, S.Q. / Murray, C.B. / Acharya, R. / DeGrado, W.F. / Kim, Y.H. / Grigoryan, G.
履歴
登録2016年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fullerene organizing protein
B: fullerene organizing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0983
ポリマ－6,3772
非ポリマー7211
水36020
1
A: fullerene organizing protein
B: fullerene organizing protein
ヘテロ分子

A: fullerene organizing protein
B: fullerene organizing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1966
ポリマ－12,7544
非ポリマー1,4412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area7070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.710, 41.710, 67.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質・ペプチド fullerene organizing protein


分子量: 3188.565 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-60C / (C_{60}-I_{h})[5,6]fullerene / buckminsterfullerene, buckyball


分子量: 720.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C60
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid, N-(Carbamoylmethyl)iminodiacetic acid (ADA) buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryo
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2015年1月14日
放射モノクロメーター: Ni / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 6255 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.76→1.86 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 69.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S0R

3s0r


解像度: 1.761→24.608 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 603 10.18 %
Rwork0.2027 --
obs0.2064 5916 91.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.761→24.608 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数446 0 60 20 526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.828778
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.975166
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00480
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7609-1.83140.326640.2815640X-RAY DIFFRACTION49
1.8314-1.91470.24631150.24071008X-RAY DIFFRACTION78
1.9147-2.01560.27721480.23311246X-RAY DIFFRACTION97
2.0156-2.14180.28091420.20171286X-RAY DIFFRACTION100
2.1418-2.30710.22921450.18351298X-RAY DIFFRACTION99
2.3071-2.53910.22791470.20841272X-RAY DIFFRACTION100
2.5391-2.9060.20151420.19391295X-RAY DIFFRACTION100
2.906-3.65930.23691480.20431296X-RAY DIFFRACTION100
3.6593-24.61040.2421540.19531286X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4948-0.2164-0.32240.3439-0.00250.28750.0933-0.07290.04520.1341-0.1163-0.0878-0.28030.0663-0.00310.192-0.02240.01570.17410.00640.182316.4414-19.68183.3308
20.33080.13460.01570.41150.0530.10760.03170.1590.04980.01090.0164-0.08710.02820.25740.00040.1662-0.0034-0.0230.1919-0.01910.17729.591-11.5142.671
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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