[日本語] English
万見
- PDB-5hkm: DISCOVERY OF NOVEL 7-AZAINDOLES AS PDK1 INHIBITORS -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hkm
タイトルDISCOVERY OF NOVEL 7-AZAINDOLES AS PDK1 INHIBITORS
要素3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / PDK1 inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular signaling cassette / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / type B pancreatic cell development / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / RSK activation / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / hyperosmotic response / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation ...intracellular signaling cassette / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / type B pancreatic cell development / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / RSK activation / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / hyperosmotic response / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / phospholipase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / phospholipase binding / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / GPVI-mediated activation cascade / RHO GTPases activate PKNs / T cell costimulation / extrinsic apoptotic signaling pathway / Integrin signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / cellular response to epidermal growth factor stimulus / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / VEGFR2 mediated cell proliferation / VEGFR2 mediated vascular permeability / cell projection / positive regulation of protein localization to plasma membrane / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / calcium-mediated signaling / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of angiogenesis / Regulation of TP53 Degradation / Downstream TCR signaling / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / insulin receptor signaling pathway / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / protein autophosphorylation / actin cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / protein phosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynaptic density / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PDK1-type, PH domain / PH domain / PDPK1 family / : / PH-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...PDK1-type, PH domain / PH domain / PDPK1 family / : / PH-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-61Y / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wucherer-Plietker, M. / Esdar, C. / Knoechel, T. / Hillertz, P. / Heinrich, T. / Buchstaller, H.P. / Greiner, H. / Dorsch, D. / Calderini, M. / Bruge, D. ...Wucherer-Plietker, M. / Esdar, C. / Knoechel, T. / Hillertz, P. / Heinrich, T. / Buchstaller, H.P. / Greiner, H. / Dorsch, D. / Calderini, M. / Bruge, D. / Mueller, T.J.J. / Graedler, U.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Discovery of novel 7-azaindoles as PDK1 inhibitors.
著者: Wucherer-Plietker, M. / Merkul, E. / Muller, T.J. / Esdar, C. / Knochel, T. / Heinrich, T. / Buchstaller, H.P. / Greiner, H. / Dorsch, D. / Finsinger, D. / Calderini, M. / Bruge, D. / Gradler, U.
履歴
登録2016年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9254
ポリマ－35,4281
非ポリマー4973
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area13380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.470, 124.470, 47.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1 / hPDK1


分子量: 35427.609 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 51-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDPK1, PDK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15530, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-61Y / 4-ethyl-6-[5-(1H-pyrazol-4-yl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl]pyrimidin-2-amine


分子量: 305.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: 100 mM TRIS-HCl, 1.8 M NH4-sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection数: 145555 / Rmerge(I) obs: 0.208 / Χ2: 1.23 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 23901 / % possible obs: 96.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
6.2450100810.044
4.446.24171610.075
3.634.44218610.095
3.153.63256610.232
2.823.15292310.538
2.572.82320710.806
2.382.57344210.874
2.232.38352610.813
2.12.23332710.812
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 23901 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 17.37 Å2 / Rmerge F obs: 0.293 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rrim(I) all: 0.227 / Χ2: 1.234 / Net I/av σ(I): 8.02 / Net I/σ(I): 8.02 / Num. measured all: 145555
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.1-2.231.0160.81.149090396333270.98284
2.23-2.380.810.8131.4914183371635260.93294.9
2.38-2.570.6220.8741.8921681345434420.95399.7
2.57-2.820.530.8062.4924090320832070.866100
2.82-3.150.3170.5384.3321966292329230.578100
3.15-3.630.1450.2329.6719076256725660.249100
3.63-4.440.0610.09521.3316158218821860.10299.9
4.44-6.240.0470.07527.0812486171817160.08199.9
6.24-500.030.04437.296825101110080.04799.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER2.11.6精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OKZ

1okz


解像度: 2.1→23.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.172 / SU Rfree Blow DPI: 0.188 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.191
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 10275 45.9 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.228 22386 90.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 124.41 Å2 / Biso mean: 34.68 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0567 Å20 Å20 Å2
2---1.0567 Å20 Å2
3---2.1134 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→23.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2237 0 33 76 2346
Biso mean--44.54 29.01 -
残基数----273
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d812SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes52HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes329HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2325HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion289SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2736SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2325HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3139HARMONIC21.16
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.97
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 783 42.86 %
Rwork0.285 1044 -
all-1827 -
obs--55.78 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.9905 Å / Origin y: -26.9657 Å / Origin z: -1.915 Å
111213212223313233
T-0.0393 Å2-0.0087 Å20.043 Å2--0.1166 Å20.015 Å2--0.0423 Å2
L1.3315 °2-0.0617 °20.3739 °2--0.0926 °20.2902 °2--1.7736 °2
S0.0548 Å °0.009 Å °0.1138 Å °-0.055 Å °-0.1285 Å °-0.1154 Å °0.0097 Å °0.0429 Å °0.0737 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る