[日本語] English
万見
- PDB-5hfm: Gp41-targeting HIV-1 fusion inhibitors with hook-like Ile-Asp-Leu tail -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hfm
タイトルGp41-targeting HIV-1 fusion inhibitors with hook-like Ile-Asp-Leu tail
要素Envelope glycoprotein gp160,gp41 CHR region
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 fusion inhibitor / Ile-Asp-Leu tail / hook-like tail
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #210 / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.298 Å
データ登録者Zhu, Y. / Ye, S. / Zhang, R.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Rational improvement of gp41-targeting HIV-1 fusion inhibitors: an innovatively designed Ile-Asp-Leu tail with alternative conformations
著者: Zhu, Y. / Su, S. / Qin, L. / Wang, Q. / Shi, L. / Ma, Z. / Tang, J. / Jiang, S. / Lu, L. / Ye, S. / Zhang, R.
履歴
登録2016年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein gp160,gp41 CHR region
B: Envelope glycoprotein gp160,gp41 CHR region
C: Envelope glycoprotein gp160,gp41 CHR region
D: Envelope glycoprotein gp160,gp41 CHR region
E: Envelope glycoprotein gp160,gp41 CHR region
F: Envelope glycoprotein gp160,gp41 CHR region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0088
ポリマ－56,6816
非ポリマー3262
水2,558142
1
A: Envelope glycoprotein gp160,gp41 CHR region
B: Envelope glycoprotein gp160,gp41 CHR region
C: Envelope glycoprotein gp160,gp41 CHR region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5044
ポリマ－28,3413
非ポリマー1631
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7520 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area12740 Å2
手法PISA
2
D: Envelope glycoprotein gp160,gp41 CHR region
E: Envelope glycoprotein gp160,gp41 CHR region
F: Envelope glycoprotein gp160,gp41 CHR region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5044
ポリマ－28,3413
非ポリマー1631
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7500 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area12710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.112, 39.076, 90.602
Angle α, β, γ (deg.)90.03, 89.98, 120.06
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Envelope glycoprotein gp160,gp41 CHR region / Env polyprotein


分子量: 9446.845 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 539-581 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate LW123 / 遺伝子: env / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70626, UniProt: P04578*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細residue 622-627 is fusion linker, and residue 654-656 is artificial tail.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.83 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2 / 詳細: 1.4 M Sodium Potassium Phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.298→33.9 Å / Num. obs: 18969 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 1.6 % / Net I/σ(I): 16.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.298→33.85 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 969 5.11 %
Rwork0.2003 --
obs0.2029 18969 92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.298→33.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3776 0 22 142 3940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033832
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4975134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1751496
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001656
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2979-2.4190.38021110.27282351X-RAY DIFFRACTION84
2.419-2.57050.34381350.2582569X-RAY DIFFRACTION92
2.5705-2.76890.36311370.25392649X-RAY DIFFRACTION94
2.7689-3.04730.27091510.23372657X-RAY DIFFRACTION95
3.0473-3.48790.24971470.21112683X-RAY DIFFRACTION96
3.4879-4.39290.22281550.16352630X-RAY DIFFRACTION95
4.3929-33.85410.19371330.17542461X-RAY DIFFRACTION88

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る