PDB-5hfi: Cytosolic disulfide reductase DsbM from Pseudomonas aeruginosa wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hfi

タイトル

Cytosolic disulfide reductase DsbM from Pseudomonas aeruginosa with GSH

要素

Uncharacterized protein, cytosolic disulfide reductase DsbM

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dsb / DsbM / disulfide reductase / thioredoxin superfamlily

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Jo, I. / Ha, N.-C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of the disulfide reductase DsbM from Pseudomonas aeruginosa
著者: Jo, I. / Park, N. / Chung, I.Y. / Cho, Y.H. / Ha, N.-C.

履歴

登録	2016年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hfi.cif.gz	95.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hfi.ent.gz	72.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hfi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hfi_validation.pdf.gz	719.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hfi_full_validation.pdf.gz	719.8 KB	表示
XML形式データ	5hfi_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	5hfi_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/5hfi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/5hfi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hfgSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5a1h-3 2w0p-d 3f2k-2 5jcd-3 7k9s-4 4r4k-4 5a1h-1 5jsj-1 2lef-d 4bqj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein, cytosolic disulfide reductase DsbM

ヘテロ分子

25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.199, 39.199, 236.819
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-495- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein, cytosolic disulfide reductase DsbM 分子量: 25229.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: PA0058 / プラスミド: pProEx Hta / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9I774
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.78 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis Tris-HCl (pH 6.5), 1% (vol/vol) Tacsimate (Hampton), 2mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine, 20% (wt/vol) PEG 3350, 5mM GSSG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 18406 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.1 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 37
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HFG

5hfg

解像度: 1.801→19.735 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 19.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2436	1816	10 %
R_work	0.1929	-	-
obs	0.1978	18165	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.801→19.735 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1542	0	20	138	1700

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1598
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.695	2160
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.229	937
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	234
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	287

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8011-1.8497	0.2884	131	0.2408	1181	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8497-1.9041	0.3024	135	0.228	1211	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9041-1.9655	0.298	137	0.2093	1236	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9655-2.0357	0.2588	135	0.195	1217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0357-2.1171	0.2247	136	0.1863	1220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1171-2.2134	0.2179	140	0.1796	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2134-2.3299	0.2456	137	0.1731	1239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3299-2.4756	0.2264	139	0.1895	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4756-2.6663	0.2542	139	0.1959	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6663-2.9339	0.2564	141	0.1966	1275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9339-3.3566	0.2359	142	0.1955	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3566-4.2221	0.2231	147	0.1672	1316	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2221-19.7361	0.2389	157	0.2056	1421	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6361	-1.3825	-0.4496	3.0153	-0.0807	2.9569	-0.0023	-0.0542	-0.0557	0.1279	0.0593	-0.2184	0.0527	0.2781	-0.0289	0.1909	-0.0309	-0.0535	0.0222	0.0131	0.1145	-4.4888	10.0159	18.0894
2	6.3163	-2.9754	-1.827	2.9649	-1.7626	4.6541	0.9899	0.3338	0.1588	-0.4768	-0.1637	1.7573	0.4483	-0.9592	-0.1172	0.3743	-0.0946	0.019	0.6066	-0.0728	0.9318	-24.3228	14.3794	8.8844
3	4.5693	-1.4485	0.7561	5.1348	-1.0395	4.5868	-0.0034	-0.3413	-0.8228	0.7252	0.5068	2.0554	0.4197	-0.9816	-0.0778	0.1733	-0.1247	-0.0166	0.2562	0.0863	0.2939	-21.804	15.0187	23.6357
4	5.3714	-0.7113	-1.492	2.3056	0.4797	3.4183	0.0822	-0.612	-0.0051	-0.3983	-0.0681	0.1625	0.0073	-0.5432	-0.0469	0.0683	-0.0092	-0.1055	0.1661	-0.0012	0.1018	-14.053	21.3129	9.5044
5	7.5866	-1.7178	-1.6243	2.53	-0.148	1.9965	0.0729	-0.336	0.0137	-0.0407	-0.0179	-0.0705	0.1103	-0.0371	-0.0871	0.1089	-0.029	-0.0278	0.0674	-0.0023	0.0715	-9.2464	20.6437	17.0174
6	3.6594	2.6089	-3.2895	3.2012	-1.3172	3.9148	0.0945	0.1515	0.3685	0.0746	0.1023	0.1203	-0.3942	-0.4772	-0.0454	0.1109	0.0042	-0.0276	0.0629	0.0046	0.1368	-12.7013	28.1352	11.7545
7	1.4902	-1.3657	-0.2462	3.2923	2.4634	8.0176	0.1315	0.1724	0.2625	-0.2741	0.6954	-1.0905	-0.2518	0.8037	-0.2188	0.2129	-0.0471	-0.0212	0.0769	0.048	0.2012	-1.9007	27.1568	5.5717
8	3.4227	0.4719	-1.1701	2.2023	-1.3277	1.3449	0.3686	0.558	-0.3304	-0.9916	-0.476	-0.3837	0.1976	-0.3466	0.0703	0.2653	-0.0343	-0.0345	0.0471	-0.0104	0.1454	-5.095	7.0169	1.9984
9	4.5169	0.6901	-1.467	3.3701	2.4968	4.2724	-0.1567	-0.4846	-0.3173	0.0361	0.1167	-0.041	0.5455	0.307	-0.0866	0.2456	-0.02	-0.0724	0.051	0.0036	0.1809	-3.899	-0.5187	15.5657
10	6.6731	-1.3984	-0.1437	3.5943	0.4963	4.5993	0.1613	-0.2584	-0.1299	0.1572	0.0407	-0.1107	0.2693	0.4034	-0.1177	0.275	-0.0221	-0.0502	0.0972	0.0251	0.1446	-2.5599	2.8116	28.3926

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 60 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 61 through 79 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 80 through 106 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 107 through 121 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 122 through 139 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 140 through 155 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 156 through 171 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 172 through 192 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 193 through 213 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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