PDB-5hfg: Cytosolic disulfide reductase DsbM from Pseudomonas aeruginosa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hfg

タイトル

Cytosolic disulfide reductase DsbM from Pseudomonas aeruginosa

要素

Uncharacterized protein, cytosolic disulfide reductase DsbM

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dsb / DsbM / disulfide reductase / thioredoxin superfamlily

機能・相同性

DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / oxidoreductase activity / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DSBA-like thioredoxin domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.823 Å

データ登録者

Jo, I. / Ha, N.-C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of the disulfide reductase DsbM from Pseudomonas aeruginosa
著者: Jo, I. / Park, N. / Chung, I.Y. / Cho, Y.H. / Ha, N.-C.

履歴

登録	2016年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hfg.cif.gz	95.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hfg.ent.gz	72.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hfg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/5hfg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/5hfg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hfiC 2in3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bue-1 4bfp-1 3kr8-1 4bu9-2 5fpf-2 6tkm-1 3uh2-1 6iet-d 4hl5-d 5v6j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein, cytosolic disulfide reductase DsbM

25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.808, 38.808, 233.482
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-383- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein, cytosolic disulfide reductase DsbM 分子量: 25286.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: PA0058 / プラスミド: pProEx Hta / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9I774
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.24 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis Tris-HCl (pH 6.5), 1% (vol/vol) Tacsimate (Hampton), 2mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine, 20% (wt/vol) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 17164 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 16.8 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 32.8
反射シェル	解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 8.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IN3

2in3

解像度: 1.823→19.992 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 17.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2246	840	4.98 %
R_work	0.1835	-	-
obs	0.1855	16872	98.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.823→19.992 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1569	0	0	96	1665

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1622
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.874	2202
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.628	962
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	238
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	293

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8227-1.9368	0.2813	146	0.2273	2509	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9368-2.0862	0.2512	127	0.2037	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0862-2.2958	0.2515	144	0.1874	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2958-2.6274	0.2504	117	0.1846	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6274-3.3078	0.2202	155	0.1829	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3078-19.9933	0.1907	151	0.1669	2875	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0735	-0.2989	-0.4066	1.8296	0.842	1.4699	-0.1358	-0.033	-0.1044	0.0106	0.0227	0.0866	0.1397	-0.0569	0.1367	0.2147	-0.0249	0.0106	0.062	-0.0173	0.1024	-9.2918	8.6297	15.6896
2	1.7193	-1.0653	0.3338	1.9333	-1.6325	1.873	-0.0816	-0.0511	0.1707	0.0167	-0.0335	-0.3278	-0.1793	0.3428	0.0464	0.1743	-0.0623	-0.0202	0.0756	-0.0079	0.1565	-0.1528	9.5903	19.982
3	3.6814	-2.4959	-2.2856	4.1646	0.7927	4.4297	0.3525	0.3209	-0.0817	0.024	-0.3147	0.9886	-0.1119	-1.362	-0.0642	0.3016	0.0585	0.0168	0.4581	-0.0635	0.5545	-21.0373	13.1032	5.8722
4	8.6062	-2.4287	5.539	1.289	-0.9401	4.216	0.2334	0.4504	-0.1348	-0.6229	0.205	1.353	0.7547	-0.5701	-0.4764	0.4018	-0.1684	-0.1437	0.3847	0.1168	0.5114	-24.4964	10.2236	20.2101
5	5.5097	-2.273	3.3424	3.861	-2.0074	5.8731	-0.0104	0.2364	0.1422	-0.0982	0.109	0.543	-0.1093	-0.7727	-0.032	0.112	0.0142	0.0151	0.2655	0.0118	0.2518	-24.237	21.1768	17.7417
6	2.017	1.5855	1.1099	4.2073	0.0719	4.2368	0.07	0.0231	-0.308	-0.2694	0.0887	-0.0818	0.2285	-0.0092	-0.1183	0.1685	0.0075	-0.0064	0.0506	0.0017	0.068	-6.9613	18.8373	7.4906
7	2.0363	-0.9383	-0.9785	2.1416	0.2726	1.0682	0.1066	-0.1803	-0.0329	-0.1463	-0.0616	0.0217	0.0881	-0.0459	-0.0067	0.1629	-0.0242	-0.0117	0.0839	0.002	0.0897	-9.2389	19.5958	16.631
8	2.3029	2.3131	-1.281	2.3524	-1.3216	3.2671	0.1382	0.1293	0.5519	-0.1689	-0.0124	0.2606	-0.2731	-0.3713	-0.0577	0.185	0.0509	0.0102	0.0666	0.0038	0.1747	-12.7326	27.0294	11.4629
9	0.2757	-0.6049	-0.5389	1.471	0.6138	3.1963	0.2171	0.0476	0.1783	-0.407	0.0445	-0.3385	-0.1935	0.1808	0.0342	0.3295	-0.0257	0.0957	0.0659	0.0132	0.1682	-1.9823	26.1033	5.2313
10	0.6697	0.2259	0.1465	3.6507	0.052	0.6549	0.0989	0.0764	-0.1085	-0.476	0.0702	-0.1082	0.1946	0.0641	0.2898	0.3611	0.0091	-0.0005	0.0207	-0.0929	0.1363	-5.3605	6.1889	1.7373
11	2.9241	0.8224	0.7624	4.7044	-0.2452	5.3544	0.1545	0.1446	-0.5618	-0.0284	-0.2455	-0.2948	0.4607	0.519	-0.127	0.2906	0.0215	0.0457	0.0092	-0.0494	0.1823	-2.365	-1.7073	14.4212
12	1.9265	-0.7493	0.639	3.4179	1.3465	1.0254	0.0696	-0.1769	-0.2978	0.325	0.0743	0.2904	0.3234	-0.1544	-0.0388	0.2491	-0.0283	0.0596	0.0573	0.0226	0.2275	-9.4559	0.9638	25.763
13	3.8742	-3.923	-1.4975	4.0141	1.1142	5.0918	0.0167	-0.0914	0.21	0.2167	0.0336	-0.487	0.2336	0.4925	-0.0033	0.1832	-0.0226	-0.0073	0.1372	0.0103	0.1566	1.3408	1.7151	28.3935

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 39 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 40 through 55 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 56 through 70 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 71 through 88 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 89 through 106 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 107 through 121 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 122 through 139 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 140 through 155 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 156 through 171 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 172 through 190 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 191 through 199 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 200 through 214 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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