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万見
- PDB-5v6j: Glycan binding protein Y3 from mushroom Coprinus comatus possesse... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v6j
タイトルGlycan binding protein Y3 from mushroom Coprinus comatus possesses anti-leukemic activity
要素TMV resistance protein Y3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Glycan binding protein / Lectin
機能・相同性: / Glycan binding domain Y3 / TMV resistance protein Y3
機能・相同性情報
生物種Coprinus comatus (ササクレヒトヨタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者Li, K. / Zhang, P. / Gang, Y. / Xia, C. / Polston, J.E. / Li, G. / Li, S. / Lin, Z. / Yang, L.-J. / Bruner, S.D. / Ding, Y.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Cytotoxic protein from the mushroom Coprinus comatus possesses a unique mode for glycan binding and specificity.
著者: Zhang, P. / Li, K. / Yang, G. / Xia, C. / Polston, J.E. / Li, G. / Li, S. / Lin, Z. / Yang, L.J. / Bruner, S.D. / Ding, Y.
履歴
登録2017年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TMV resistance protein Y3
B: TMV resistance protein Y3
C: TMV resistance protein Y3
D: TMV resistance protein Y3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7318
ポリマ－48,9024
非ポリマー8294
水12,917717
1
A: TMV resistance protein Y3
B: TMV resistance protein Y3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8664
ポリマ－24,4512
非ポリマー4152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: TMV resistance protein Y3
D: TMV resistance protein Y3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8664
ポリマ－24,4512
非ポリマー4152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.265, 56.098, 62.728
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
TMV resistance protein Y3 / Y3 protein


分子量: 12225.509 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coprinus comatus (ササクレヒトヨタケ)
遺伝子: y3 / プラスミド: PPICZAA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: G3BK00
#2: 化合物
ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 717 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 16% PEG4000, 10% V/V GLYCEROL, 0.1 M CHES, PH 9.5 / PH範囲: 9.5-10.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月14日
放射モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.179→41.795 Å / Num. obs: 113409 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.04129 / Rsym value: 0.04611 / Net I/σ(I): 22.98
反射 シェル解像度: 1.18→1.22 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.2976 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.18→41.795 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.182 5578 4.92 %
Rwork0.167 --
obs-113405 93.3 %
溶媒の処理VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.18→41.795 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3420 0 52 717 4189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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