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- PDB-5hcg: CRYSTAL STRUCTURE OF FREE-CODV. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hcg
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FREE-CODV.
要素
  • CODV heavy-chain
  • CODV light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / cross-over dual variable immunoglobin / multifunctional biotherapeutic format / bispecific property / CODV
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Vallee, F. / Dupuy, A. / Rak, A.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2016
タイトル: CODV-Ig, a universal bispecific tetravalent and multifunctional immunoglobulin format for medical applications.
著者: Steinmetz, A. / Vallee, F. / Beil, C. / Lange, C. / Baurin, N. / Beninga, J. / Capdevila, C. / Corvey, C. / Dupuy, A. / Ferrari, P. / Rak, A. / Wonerow, P. / Kruip, J. / Mikol, V. / Rao, E.
履歴
登録2016年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22016年6月15日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: CODV heavy-chain
L: CODV light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4482
ポリマ－73,4482
非ポリマー00
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area30300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.920, 70.920, 272.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: 抗体 CODV heavy-chain


分子量: 37281.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 CODV light chain


分子量: 36166.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES 0,1M, PEG 2000 MME 17.5% / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→49.3 Å / Num. obs: 20335 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 74.32 Å2 / Net I/σ(I): 32.7
反射 シェル解像度: 2.68→2.83 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CODV part of 5FHX

5fhx


解像度: 2.68→49.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9205 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8646 / SU R Cruickshank DPI: 3.507 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.398 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.395
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2965 1006 4.89 %RANDOM
Rwork0.2285 ---
obs0.2317 20563 99.96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 71.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8033 Å20 Å20 Å2
2--3.8033 Å20 Å2
3----7.6067 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.412 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→49.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5015 0 0 87 5102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015137HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.256992HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1690SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes112HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes749HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5137HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.59
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion684SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5581SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.83 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3766 140 4.8 %
Rwork0.2708 2777 -
all0.2758 2917 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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