PDB-5hcb: Globular Domain of the Entamoeba histolytica calreticulin in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hcb

タイトル

Globular Domain of the Entamoeba histolytica calreticulin in complex with glucose

要素

Calreticulin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / chaperone / legume lectin domain / fusion protein

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host complement activation / complement component C1q complex binding / uropod / host cell surface binding / phagocytosis, engulfment / phagocytic cup / ERAD pathway / positive regulation of phagocytosis / protein export from nucleus / unfolded protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Moreau, C.P. / Cioci, G. / Ianello, M. / Laffly, E. / Chouquet, A. / Ferreira, A. / Thielens, N.M. / Gaboriaud, C.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: IUCrJ / 年: 2016
タイトル: Structures of parasite calreticulins provide insights into their flexibility and dual carbohydrate/peptide-binding properties.
著者: Moreau, C. / Cioci, G. / Iannello, M. / Laffly, E. / Chouquet, A. / Ferreira, A. / Thielens, N.M. / Gaboriaud, C.

履歴

登録	2016年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.2	2016年12月21日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月30日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hcb.cif.gz	234.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hcb.ent.gz	193 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hcb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hcb_validation.pdf.gz	472.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hcb_full_validation.pdf.gz	490.3 KB	表示
XML形式データ	5hcb_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	5hcb_validation.cif.gz	31.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/5hcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/5hcb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hcaC 5hcfC 5lk5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bt2-d 5xmd-1 3adr-d 5lul-d 1qds-1 6elx-d 5dro-d 2qy6-1 4jym-d 3gk0-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Calreticulin

B: Calreticulin

ヘテロ分子

63.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.320, 149.320, 117.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-507- HOH
2	1	A-508- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Calreticulin 分子量: 31471.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ) プラスミド: pJexpress411 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F2VN92

-
非ポリマー , 5種, 26分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 2.7 M ammonium sulfate, 0.1 M Tri-Sodium citrate pH 5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→47.2 Å / Num. obs: 29847 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.82 % / R_sym value: 0.103 / Net I/σ(I): 16.08
反射シェル	解像度: 2.9→3.07 Å / 冗長度: 9.08 % / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→47.2 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2196	1492	5 %
R_work	0.189	-	-
obs	0.1906	29835	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4270	0	30	17	4317

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	4403
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.813	5933
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.416	2662
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.159	614
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	772

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9001-2.9937	0.3427	131	0.3007	2489	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9937-3.1006	0.3718	133	0.3023	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1006-3.2247	0.3326	134	0.276	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2247-3.3715	0.2724	134	0.2332	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3715-3.5492	0.2506	134	0.2138	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5492-3.7714	0.2609	135	0.1936	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7714-4.0625	0.2273	135	0.1769	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0625-4.471	0.1725	135	0.1557	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
4.471-5.1173	0.177	137	0.1453	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1173-6.4447	0.2027	138	0.1702	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4447-47.2254	0.1873	146	0.1887	2768	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5864	0.6868	0.7372	4.8643	0.474	4.477	0.0093	-0.8877	-0.1613	0.2496	-0.3173	0.2682	-0.3041	0.2324	0.2581	0.4022	-0.1038	-0.0635	0.883	0.2045	0.7876	-175.9021	-23.1539	136.5335
2	9.3628	-3.1336	-0.6301	1.9556	1.0323	0.7651	0.3274	-0.9879	0.7838	0.0337	-0.1915	-0.4989	0.2135	0.5504	-0.2228	0.7221	-0.0261	-0.1627	1.1563	0.1169	0.857	-156.0793	-17.6703	138.1513
3	3.7422	-0.7719	-0.9437	3.9631	-0.0033	3.2405	-0.0323	-1.4759	-0.3353	0.7448	-0.1464	0.6532	0.1022	-0.1028	0.2837	0.5447	-0.1002	-0.0523	1.2417	0.2285	0.7803	-181.9883	-29.9969	143.6996
4	5.2965	0.8332	0.9931	5.0536	2.7679	4.8203	-0.0872	-0.7454	-0.5424	-0.155	0.2605	-0.533	0.2594	1.0166	-0.205	0.4366	0.0803	0.1463	0.9069	0.2261	0.5221	-128.8087	-29.2829	127.7702
5	4.6265	0.7397	1.2123	5.9564	3.1722	7.208	-0.144	-0.5321	-0.465	0.0293	0.0017	0.1319	0.2629	0.0868	0.1499	0.3456	0.0261	0.0728	0.665	0.263	0.5437	-140.5341	-32.1618	125.2737
6	2.2885	-0.5116	0.6465	3.5832	-0.0403	3.8364	-0.1391	-1.1114	-0.6748	0.3046	0.2376	0.5082	0.3203	-0.2224	-0.0408	0.5476	0.0075	0.0676	1.1033	0.5163	0.784	-147.7448	-35.553	134.0657
7	4.0096	-1.2948	1.0107	1.1639	0.5212	1.0989	0.1371	-1.0935	-1.0283	0.1343	0.1854	0.708	0.349	-0.1739	-0.2521	0.6627	-0.1272	0.0196	1.0128	0.5235	1.0737	-160.8837	-34.2781	128.8881
8	4.2812	-0.881	0.8381	2.9521	-0.0924	2.6815	0.018	-1.2825	-1.0771	0.4288	0.2812	-0.0122	0.4964	0.0898	-0.2762	0.6023	0.0356	0.1153	0.9938	0.4282	0.7292	-136.4111	-36.8531	133.8437

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 182 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 183 through 307 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 308 through 359 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 14 through 72 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 73 through 134 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 135 through 182 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 183 through 294 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 295 through 359 )

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