PDB-5ha0: Crystal structure of the LTBP1 leukotriene d4 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ha0

タイトル

Crystal structure of the LTBP1 leukotriene d4 complex

要素

Lipocalin AI-4

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lipocalin / leukotriene / Rhodnius / salivary

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated perturbation of host defenses / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodnius prolixus (カメムシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.441 Å

データ登録者

Andersen, J.F.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure and Ligand-Binding Mechanism of a Cysteinyl Leukotriene-Binding Protein from a Blood-Feeding Disease Vector.
著者: Jablonka, W. / Pham, V. / Nardone, G. / Gittis, A. / Silva-Cardoso, L. / Atella, G.C. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2015年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月27日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ha0.cif.gz	87.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ha0.ent.gz	63 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ha0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ha0_validation.pdf.gz	659 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ha0_full_validation.pdf.gz	659 KB	表示
XML形式データ	5ha0_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	5ha0_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/5ha0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/5ha0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5h9kC 5h9lSC 5h9nC 5haeC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6izk-2 5hae-d 2x2t-d 1cwc-d 6qja-4 4bme-2 4zhu-1 1cwo-d 1cwa-d 1t2p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipocalin AI-4

ヘテロ分子

17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.402, 58.299, 36.039
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.140, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lipocalin AI-4 分子量: 16904.709 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-173 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q7YT09
#2: 化合物	ChemComp-LTD / (5~{S},6~{R},7~{E},9~{E},11~{Z},14~{Z})-6-[(2~{R})-2-azanyl-3-(2-hydroxy-2-oxoethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]sulfanyl-5-oxidanyl-icosa-7,9,11,14-tetraenoic acid / ロイコトリエンD₄ 分子量: 496.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₀N₂O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8, 30 % PEG 6000 / PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.44→50 Å / Num. obs: 24723 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 10.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.077 / Χ²: 1.226 / Net I/av σ(I): 28.122 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 111921

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.44-1.46	3.5	0.247	1171	0.932	0.148	0.29	0.695	96.2
1.46-1.49	4.2	0.257	1255	0.949	0.141	0.294	0.678	98.7
1.49-1.52	4.4	0.223	1184	0.949	0.12	0.254	0.757	98.4
1.52-1.55	4.5	0.211	1251	0.959	0.112	0.24	0.79	99.5
1.55-1.58	4.6	0.192	1221	0.97	0.101	0.217	0.772	98.5
1.58-1.62	4.6	0.183	1240	0.954	0.097	0.209	0.889	99.7
1.62-1.66	4.6	0.17	1223	0.961	0.09	0.193	0.883	98.8
1.66-1.71	4.6	0.146	1260	0.974	0.078	0.166	0.897	99.4
1.71-1.76	4.6	0.138	1209	0.966	0.074	0.157	0.899	99.3
1.76-1.81	4.6	0.123	1266	0.973	0.066	0.14	1.07	99
1.81-1.88	4.6	0.106	1221	0.979	0.057	0.12	1.155	99.3
1.88-1.95	4.6	0.094	1231	0.986	0.05	0.107	1.297	99.6
1.95-2.04	4.6	0.086	1246	0.984	0.047	0.099	1.396	99.1
2.04-2.15	4.6	0.074	1248	0.99	0.04	0.084	1.442	99.3
2.15-2.29	4.6	0.068	1237	0.993	0.036	0.077	1.44	99.4
2.29-2.46	4.6	0.069	1228	0.987	0.037	0.079	1.626	99.2
2.46-2.71	4.7	0.065	1250	0.993	0.034	0.073	1.814	99.4
2.71-3.1	4.7	0.055	1258	0.995	0.03	0.063	1.864	99.2
3.1-3.91	4.6	0.046	1250	0.996	0.024	0.052	1.923	99.1
3.91-50	4.5	0.042	1274	0.996	0.023	0.048	1.886	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5H9L

5h9l

解像度: 1.441→33.36 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 18.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1882	1190	4.82 %
R_work	0.1598	23506	-
obs	0.1612	24696	98.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 56.54 Å² / B_iso mean: 16.8489 Å² / B_iso min: 4.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.441→33.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1184	0	34	228	1446
B_iso mean	-	-	20.32	28.28	-
残基数	-	-	-	-	156

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1253
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.08	1686
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	184
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	223
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.074	453

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4407-1.4984	0.1843	115	0.1794	2546	2661	96
1.4984-1.5666	0.2061	144	0.1663	2575	2719	99
1.5666-1.6492	0.2213	135	0.1681	2599	2734	99
1.6492-1.7525	0.1912	137	0.1667	2600	2737	99
1.7525-1.8878	0.205	140	0.164	2620	2760	99
1.8878-2.0778	0.193	133	0.1568	2615	2748	99
2.0778-2.3783	0.1967	126	0.1585	2629	2755	99
2.3783-2.9962	0.1821	129	0.1732	2651	2780	99
2.9962-33.3688	0.1695	131	0.1454	2671	2802	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -6.2796 Å / Origin y: 5.9056 Å / Origin z: -10.0547 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0594 Å²	0.0027 Å²	-0.0072 Å²	-	0.0606 Å²	-0.0102 Å²	-	-	0.0617 Å²
L	0.8893 °²	0.1577 °²	-0.3351 °²	-	1.2438 °²	-0.1686 °²	-	-	2.3673 °²
S	-0.0437 Å °	-0.028 Å °	-0.0182 Å °	0.0537 Å °	0.0198 Å °	-0.0282 Å °	0.0797 Å °	-0.0348 Å °	0.0206 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 156
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 269

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)