PDB-5h9l: Crystal Structure of LTBP1 in complex with cleaved Leukotriene C4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h9l

タイトル

Crystal Structure of LTBP1 in complex with cleaved Leukotriene C4

要素

Lipocalin AI-4

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lipocalin / leukotriene / Rhodnius / salivary

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated perturbation of host defenses / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodnius prolixus (カメムシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Andersen, J.F.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure and Ligand-Binding Mechanism of a Cysteinyl Leukotriene-Binding Protein from a Blood-Feeding Disease Vector.
著者: Jablonka, W. / Pham, V. / Nardone, G. / Gittis, A. / Silva-Cardoso, L. / Atella, G.C. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2015年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月27日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h9l.cif.gz	77.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h9l.ent.gz	60.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h9l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5h9l_validation.pdf.gz	864.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5h9l_full_validation.pdf.gz	865.4 KB	表示
XML形式データ	5h9l_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	5h9l_validation.cif.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/5h9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/5h9l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5h9kC 5h9nC 5ha0C 5haeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uwm-1 2cm9-d 5i3m-4 3odl-10 1w8l-d 3odl-9 3odi-4 4ipz-d 3odl-5 1zs0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipocalin AI-4

ヘテロ分子

17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.274, 58.388, 36.294
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.690, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lipocalin AI-4 分子量: 16904.709 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-173 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The first two residues of the polypeptide are disordered in the crystal 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: pET17B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q7YT09
#2: 化合物	ChemComp-EAH / (5S,7E,9E,11Z,14Z)-5-hydroxyicosa-7,9,11,14-tetraenoic acid 分子量: 320.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8, 30 % PEG 6000 / PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.37→50 Å / Num. obs: 29238 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 10.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.105 / Χ²: 1.339 / Net I/av σ(I): 18.509 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 135841

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.37-1.39	3.9	0.515	1463	0.747	0.292	0.595	0.73	99.9
1.39-1.42	4.2	0.484	1452	0.766	0.27	0.558	0.771	99.9
1.42-1.45	4.4	0.431	1436	0.832	0.233	0.493	0.819	100
1.45-1.48	4.6	0.392	1465	0.865	0.21	0.447	0.863	99.9
1.48-1.51	4.7	0.341	1479	0.896	0.178	0.386	0.992	100
1.51-1.54	4.8	0.292	1450	0.918	0.15	0.33	1.076	100
1.54-1.58	4.8	0.265	1470	0.932	0.135	0.298	1.223	99.9
1.58-1.62	4.8	0.235	1442	0.948	0.12	0.264	1.284	99.9
1.62-1.67	4.8	0.212	1446	0.954	0.108	0.239	1.38	99.9
1.67-1.73	4.8	0.188	1481	0.961	0.097	0.213	1.561	100
1.73-1.79	4.8	0.165	1452	0.964	0.085	0.187	1.548	99.9
1.79-1.86	4.8	0.141	1446	0.975	0.073	0.159	1.72	100
1.86-1.94	4.8	0.121	1466	0.981	0.062	0.136	1.73	99.8
1.94-2.05	4.8	0.103	1452	0.986	0.053	0.116	1.81	99.7
2.05-2.17	4.8	0.096	1468	0.988	0.049	0.108	1.861	99.7
2.17-2.34	4.7	0.088	1454	0.99	0.045	0.099	1.86	99.8
2.34-2.58	4.7	0.081	1477	0.991	0.042	0.091	1.497	99.7
2.58-2.95	4.7	0.071	1455	0.993	0.037	0.08	1.418	99.6
2.95-3.72	4.7	0.059	1485	0.995	0.031	0.067	1.212	99.9
3.72-50	4.4	0.057	1499	0.995	0.03	0.065	1.087	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.37→33.3 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 19.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1914	1478	5.06 %
R_work	0.1636	27738	-
obs	0.1651	29216	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.7 Å² / B_iso mean: 18.5485 Å² / B_iso min: 4.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.37→33.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1170	0	43	194	1407
B_iso mean	-	-	23.12	28.95	-
残基数	-	-	-	-	154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1256
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.082	1691
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	184
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	220
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.926	458

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.369-1.4131	0.227	128	0.227	2484	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4131-1.4637	0.2535	133	0.2015	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4637-1.5223	0.2239	139	0.1876	2510	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5223-1.5915	0.2184	132	0.1675	2500	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5915-1.6754	0.1739	130	0.169	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6754-1.7804	0.1998	134	0.1673	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7804-1.9179	0.1871	133	0.1682	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9179-2.1108	0.1796	137	0.1596	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1108-2.4162	0.193	142	0.1603	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4162-3.0438	0.2056	127	0.1755	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0438-33.3	0.1707	143	0.1386	2556	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6825	-2.4925	-0.5638	8.1477	-0.4448	4.4554	0.0913	-0.102	0.0844	0.19	-0.1176	-0.1953	-0.2456	0.1378	0.0252	0.1061	0.0032	-0.0046	0.1425	-0.021	0.0564	-5.1396	10.2853	3.139
2	4.4338	-1.2865	-0.7039	6.7114	2.3461	6.608	-0.07	-0.2909	-0.0667	0.192	-0.0275	0.4548	0.0865	-0.5941	0.1191	0.0748	-0.0233	0.0127	0.1854	0.0189	0.0904	-17.8556	5.1689	-8.3609
3	1.7646	0.585	-1.7584	3.0931	0.8344	3.087	0.0034	0.0301	-0.0755	0.0852	0.055	-0.1809	0.1089	0.2255	-0.065	0.0642	0.0074	-0.0152	0.0669	0.0134	0.0681	-1.0082	7.7876	-17.7425
4	7.2011	1.3161	-2.7881	4.589	-0.7053	6.3187	-0.1216	-0.1703	-0.0691	0.0293	-0.0038	-0.2283	0.3028	0.1404	0.1115	0.1143	0.0111	0.0119	0.0233	-0.0118	0.0772	-5.5827	-4.0676	-14.6361
5	6.2855	-0.945	-3.4131	4.9991	2.0096	6.2296	-0.182	0.1377	-0.1579	0.1039	-0.1562	0.0934	0.4392	-0.3045	0.3298	0.0863	-0.0047	-0.0217	0.0446	0.0254	0.0294	-7.8585	-1.3261	-3.5847
6	0.8852	0.4658	-0.2233	0.8351	0.3461	2.4377	-0.0745	0.0336	-0.0591	0.0571	0.0218	-0.0653	0.1697	0.0352	0.0601	0.0592	0.001	0.0046	0.0452	-0.0067	0.0594	-6.4061	2.9449	-8.1202
7	3.6712	-0.874	2.07	2.2847	-1.3242	3.1974	-0.0459	-0.1505	0.0475	0.271	0.0249	-0.2692	-0.1008	0.3795	0.0456	0.0736	0.0087	-0.0247	0.1142	-0.004	0.0813	0.5186	7.9158	-5.9664
8	1.3437	-1.5153	-1.5639	6.6221	3.7595	4.1812	0.0251	0.1762	0.1257	-0.7313	0.1859	-0.1055	-0.387	-0.1577	-0.1631	0.0959	0.0182	-0.0286	0.1188	0.0032	0.0496	-10.6606	11.0765	-22.9385
9	5.9112	-4.0492	-2.6799	3.8785	2.2479	3.1489	-0.0738	-0.2094	0.3569	0.1687	0.1802	-0.1264	-0.2674	0.0609	-0.1388	0.1613	-0.0054	0.0014	0.0657	0.0118	0.1181	-7.129	19.3898	-13.6033

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 15 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 29 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 30 through 46 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 47 through 62 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 63 through 78 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 79 through 112 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 113 through 127 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 128 through 135 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 136 through 155 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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