PDB-5h8d: Crystal structure of an ASC binding nanobody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h8d

タイトル

Crystal structure of an ASC binding nanobody

要素

VHH nanobody

キーワード

IMMUNE SYSTEM / VHH nanobody / ASC-binding / antibody fragment / inflammasome

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Lu, A. / Schmidt, F.I. / Ruan, J. / Tang, C. / Wu, H. / Ploegh, H.L.

引用

ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2016
タイトル: A single domain antibody fragment that recognizes the adaptor ASC defines the role of ASC domains in inflammasome assembly.
著者: Schmidt, F.I. / Lu, A. / Chen, J.W. / Ruan, J. / Tang, C. / Wu, H. / Ploegh, H.L.

履歴

登録	2015年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月27日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月18日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h8d.cif.gz	58.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h8d.ent.gz	45.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h8d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5h8d_validation.pdf.gz	398.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5h8d_full_validation.pdf.gz	398.2 KB	表示
XML形式データ	5h8d_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	5h8d_validation.cif.gz	10.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/5h8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/5h8d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5h8oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5m2w-1 4jnj-1 5lmj-4 1jwe-d 3t0v-d 3r0m-2 5xqy-4 2wa9-5 5hdo-3 3vvv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VHH nanobody

12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.421, 97.421, 31.881
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-233- HOH
2	1	A-318- HOH

#1: 抗体	VHH nanobody 分子量: 12253.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.15 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1 M citric acid at pH 3.5 and 35% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→68.89 Å / Num. obs: 12777 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.7 % / Net I/σ(I): 8.77

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.89 Å	68.89 Å
Translation	1.89 Å	68.89 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→68.89 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 18.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	1274	10 %
R_work	0.1687	11461	-
obs	0.1721	12735	99.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.79 Å² / B_iso mean: 28.1668 Å² / B_iso min: 11.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.89→68.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	861	0	0	127	988
B_iso mean	-	-	-	37.42	-
残基数	-	-	-	-	114

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	880
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.967	1185
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	122
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	154
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.821	313

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.89-1.9651	0.2056	130	0.1682	1176	1306	94
1.9651-2.0546	0.1963	138	0.1628	1234	1372	99
2.0546-2.1629	0.2387	140	0.1698	1265	1405	100
2.1629-2.2984	0.2134	140	0.1654	1261	1401	100
2.2984-2.4759	0.2135	141	0.1829	1266	1407	100
2.4759-2.725	0.2564	140	0.1846	1262	1402	100
2.725-3.1194	0.2463	144	0.1931	1289	1433	100
3.1194-3.93	0.1765	146	0.1672	1313	1459	100
3.93-68.9328	0.1688	155	0.149	1395	1550	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -29.2134 Å / Origin y: 10.7299 Å / Origin z: 4.443 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1251 Å²	-0.0006 Å²	0.0191 Å²	-	0.1482 Å²	0.026 Å²	-	-	0.1205 Å²
L	2.0139 °²	-0.6631 °²	-0.1559 °²	-	4.4696 °²	1.2971 °²	-	-	1.7168 °²
S	0.1071 Å °	0.1668 Å °	0.0199 Å °	-0.0628 Å °	-0.1528 Å °	-0.0908 Å °	0.0238 Å °	-0.1324 Å °	0.0306 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	3 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 128

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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