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- PDB-5h7l: Complex of Elongation factor 2-50S ribosomal protein L12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h7l
タイトルComplex of Elongation factor 2-50S ribosomal protein L12
要素
  • 50S ribosomal protein L12
  • Elongation factor 2
キーワードTRANSLATION/RIBOSOMAL PROTEIN / Elongation factor / Protein biosynthesis / GTP-binding / TRANSLATION-RIBOSOMAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


translational elongation / translation elongation factor activity / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L12, archaea / Translation elongation factor EFG/EF2, archaeal / Ribosomal protein L12/P1/P2 family / Ribosomal protein P1/P2, N-terminal domain / 60s Acidic ribosomal protein / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV ...Ribosomal protein L12, archaea / Translation elongation factor EFG/EF2, archaeal / Ribosomal protein L12/P1/P2 family / Ribosomal protein P1/P2, N-terminal domain / 60s Acidic ribosomal protein / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / Large ribosomal subunit protein P1 / Elongation factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Tanzawa, T. / Kato, K. / Uchiumi, T. / Yao, M.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science26650013 日本
Japan Society for the Promoting of Science24370073 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: The C-terminal helix of ribosomal P stalk recognizes a hydrophobic groove of elongation factor 2 in a novel fashion
著者: Tanzawa, T. / Kato, K. / Girodat, D. / Ose, T. / Kumakura, Y. / Wieden, H.J. / Uchiumi, T. / Tanaka, I. / Yao, M.
履歴
登録2016年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor 2
B: Elongation factor 2
G: 50S ribosomal protein L12
E: 50S ribosomal protein L12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,0176
ポリマ－169,9754
非ポリマー1,0422
水00
1
A: Elongation factor 2
E: 50S ribosomal protein L12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5093
ポリマ－84,9872
非ポリマー5211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area32210 Å2
手法PISA
2
B: Elongation factor 2
G: 50S ribosomal protein L12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5093
ポリマ－84,9872
非ポリマー5211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area31230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.774, 121.902, 199.265
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Elongation factor 2 / EF-2


分子量: 83939.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
株: OT3 / 遺伝子: fusA / プラスミド: pET26M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O59521
#2: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L12 / 50S ribosomal protein P1


分子量: 1048.191 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 98-108 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌) / 参照: UniProt: O57705
#3: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6
詳細: 10% PEG10000, 0.1 M MES, 0.5 M Lithium acetate dehydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→50 Å / Num. obs: 36125 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.75 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.69
反射 シェル解像度: 3.09→3.27 Å / 冗長度: 5.72 % / Rmerge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 2.86 / CC1/2: 0.868 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→48.432 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2854 1796 5.01 %
Rwork0.2302 --
obs0.2329 35821 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.432 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11052 0 64 0 11116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01111323
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.64415322
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5974352
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671730
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091970
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1001-3.18390.37131320.31232611X-RAY DIFFRACTION100
3.1839-3.27750.31771310.2752562X-RAY DIFFRACTION100
3.2775-3.38330.30741330.2752614X-RAY DIFFRACTION100
3.3833-3.50420.38951380.26862578X-RAY DIFFRACTION100
3.5042-3.64440.29531450.25342594X-RAY DIFFRACTION100
3.6444-3.81020.33481300.25012594X-RAY DIFFRACTION100
3.8102-4.0110.29481440.24422589X-RAY DIFFRACTION100
4.011-4.26220.28791500.23342611X-RAY DIFFRACTION100
4.2622-4.5910.24741340.20732605X-RAY DIFFRACTION100
4.591-5.05260.27351330.20642616X-RAY DIFFRACTION99
5.0526-5.78270.29871510.22932634X-RAY DIFFRACTION99
5.7827-7.28160.3011370.24822656X-RAY DIFFRACTION99
7.2816-48.43820.24291380.20072761X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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