PDB-5h5b: Citrate ion bound crystal structure of thymidylate kinase (aq_969...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h5b

タイトル

Citrate ion bound crystal structure of thymidylate kinase (aq_969) from Aquifex Aeolicus VF5

要素

Thymidylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / Rossmann Fold / Product-bound

機能・相同性

機能・相同性情報

dTMP kinase / dTMP kinase activity / dUDP biosynthetic process / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Biswas, A. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Structural studies of a hyperthermophilic thymidylate kinase enzyme reveal conformational substates along the reaction coordinate
著者: Biswas, A. / Shukla, A. / Chaudhary, S.K. / Santhosh, R. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K.

履歴

登録	2016年11月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h5b.cif.gz	89.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h5b.ent.gz	68 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h5b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/5h5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/5h5b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4s2eC 4s35C 5h56C 5h5kC 5xaiC 5xb2C 5xb3C 5xb5C 5xbhC 2pbrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4s2e-d 5xai-d 4gsy-d 5h5k-d 4qgf-d 3hjn-d 5xb2-d 4s35-d 3uxm-6 4hej-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Thymidylate kinase

A: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

45.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.760, 51.530, 53.250
Angle α, β, γ (deg.)	92.85, 92.49, 112.63
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	1 - 195
2	1	1	4	B	1 - 195

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.99998, 0.000127, -0.006274), (-0.006161, -0.210083, 0.977664), (-0.001194, 0.977684, 0.210079)	-44.61343, -22.51073, 29.4277

#1: タンパク質	Thymidylate kinase / dTMP kinase 分子量: 22402.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア) 株: VF5 / 遺伝子: tmk, aq_969 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67099, dTMP kinase
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 0.2M Ammonium citrate tribasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→53.06 Å / Num. obs: 24537 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 2.03→2.09 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1170 / CC_1/2: 0.92 / % possible all: 60.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PBR

2pbr

解像度: 2.05→53.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 7.656 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27135	1251	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21015	-	-	-
obs	0.21331	23283	93.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.369 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.99 Å²	0.26 Å²	2.29 Å²
2-	-	0.72 Å²	4.7 Å²
3-	-	-	0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.05→53.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3030	0	26	97	3153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	3092
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3067
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.285	2.01	4162
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.922	3	7043
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.922	5	385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.666	24.351	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.042	15	587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.848	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	639
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.702	3.611	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.696	3.608	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.69	5.409	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.692	5.411	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.87	3.831	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.87	3.833	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.995	5.664	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.482	42.582	3372
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.484	42.601	3373
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2981 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.26	0.5
B	medium thermal	3.76	2

LS精密化シェル

解像度: 2.047→2.1 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	101	-
R_work	0.321	1531	-
obs	-	-	85.18 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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