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- PDB-5h20: X-ray structure of PadR-like Transcription factor from bacteroid ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h20
タイトルX-ray structure of PadR-like Transcription factor from bacteroid fragilis
要素Putative PadR-family transcriptional regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / bacteroid fragilis / transcription factor / PadR
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / ISOPROPYL ALCOHOL / PHOSPHATE ION / Putative PadR-family transcriptional regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lee, C. / Hong, M.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National research foundation of korea2015R1D1A1A01057574 韓国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional analysis of BF2549, a PadR-like transcription factor from Bacteroides fragilis.
著者: Lee, C. / Kim, M.I. / Hong, M.
履歴
登録2016年10月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative PadR-family transcriptional regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4487
ポリマ－12,8631
非ポリマー5856
水36020
1
A: Putative PadR-family transcriptional regulatory protein
ヘテロ分子

A: Putative PadR-family transcriptional regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,89614
ポリマ－25,7262
非ポリマー1,17112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area5540 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area11980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.890, 72.890, 84.141
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Putative PadR-family transcriptional regulatory protein


分子量: 12862.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
株: ATCC 25285 / DSM 2151 / JCM 11019 / NCTC 9343 / 遺伝子: BF9343_2549 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5LC36
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.02 Å3/Da
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Ammonium sulfate, 4 % Isopropanol

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 10398 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/av σ(I): 19.121 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.443.90.3920.925199.8
2.44-2.493.90.3320.961100
2.49-2.533.90.3020.9391100
2.53-2.5940.2240.9771100
2.59-2.643.90.2190.9761100
2.64-2.740.1950.977199.8
2.7-2.773.90.170.971100
2.77-2.8540.1390.9761100
2.85-2.933.90.130.9861100
2.93-3.023.90.1120.9841100
3.02-3.133.90.1020.979199.8
3.13-3.263.90.0950.9821100
3.26-3.413.90.0810.991199.8
3.41-3.583.90.0750.9881100
3.58-3.813.80.0590.994199.6
3.81-4.13.80.0520.995199.5
4.1-4.523.80.0470.995199.4
4.52-5.173.80.0450.993198.7
5.17-6.513.70.0430.993198.2
2.5-2.553.90.0630.977199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ejo

4ejo


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 8.933 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.226 / 詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2749 472 5.1 %RANDOM
Rwork0.2643 ---
obs0.2648 8721 98.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 221.01 Å2 / Biso mean: 76 Å2 / Biso min: 45.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20.32 Å20 Å2
2--0.65 Å2-0 Å2
3----2.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数833 0 35 20 888
Biso mean--76.88 66.59 -
残基数----103
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.019895
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4832.0271210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.045106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.30424.47438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.44415171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.993155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.812.08415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.493.111518
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7732.422479
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 45 -
Rwork0.253 630 -
all-675 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.7109-14.8012-5.728917.49889.630437.0207-0.7069-0.5983-0.14330.89570.67420.16680.9733-0.69890.03270.4173-0.04570.00880.4260.04090.056731.674-3.35718.271
21.9104-3.0874-3.233110.85764.416111.7249-0.2213-0.13010.4372-0.05230.4308-1.32540.63270.8955-0.20950.5014-0.00540.06350.6557-0.13130.364140.255-12.2853.665
39.2929-1.47270.33753.983-3.959412.882-0.2462-0.2054-1.02220.37460.34980.57590.15790.114-0.10360.647-0.04750.00310.5249-0.05870.259733.96-13.3777.939
46.69068.08315.5326.305210.46895.44290.0090.18670.004-0.7812-0.01520.0178-0.1490.12770.00620.584-0.14160.10880.5026-0.03080.055831.974-17.385-5.034
510.93087.94352.783412.051810.60313.209-0.366-0.2201-0.1873-0.57650.5461-0.394-0.76061.0719-0.18010.6285-0.12340.07310.6197-0.01650.291641.6662.8784.681
641.56287.816138.86511.48317.303936.3876-0.9973-0.95631.7854-0.1528-0.47270.41-0.4676-0.78111.46992.75820.3588-0.22232.0853-0.73231.189249.1459.73120.017
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2A15 - 35
3X-RAY DIFFRACTION3A36 - 60
4X-RAY DIFFRACTION4A61 - 81
5X-RAY DIFFRACTION5A82 - 97
6X-RAY DIFFRACTION6A98 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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