PDB-5h20: X-ray structure of PadR-like Transcription factor from bacteroid ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h20

タイトル

X-ray structure of PadR-like Transcription factor from bacteroid fragilis

要素

Putative PadR-family transcriptional regulatory protein

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / bacteroid fragilis / transcription factor / PadR

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides fragilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Lee, C. / Hong, M.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional analysis of BF2549, a PadR-like transcription factor from Bacteroides fragilis.
著者: Lee, C. / Kim, M.I. / Hong, M.

履歴

登録	2016年10月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h20.cif.gz	60.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h20.ent.gz	43.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h20.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/5h20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/5h20	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ejoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fno-2 6jsb-2 5tjc-d 2ccl-1 4a5m-2 2qst-2 6mcf-d 4i7c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative PadR-family transcriptional regulatory protein

ヘテロ分子

13.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative PadR-family transcriptional regulatory protein

ヘテロ分子

A: Putative PadR-family transcriptional regulatory protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.890, 72.890, 84.141
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質

Putative PadR-family transcriptional regulatory protein

分子量: 12862.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides fragilis (バクテリア)
株: ATCC 25285 / DSM 2151 / JCM 11019 / NCTC 9343 / 遺伝子: BF9343_2549 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5LC36

#2: 化合物

ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

#3: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#4: 化合物

ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル

分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.02 Å³/Da
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Ammonium sulfate, 4 % Isopropanol

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00002 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00002 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 10398 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/av σ(I): 19.121 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.44	3.9	0.392	0.925	1	99.8
2.44-2.49	3.9	0.332	0.96	1	100
2.49-2.53	3.9	0.302	0.939	1	100
2.53-2.59	4	0.224	0.977	1	100
2.59-2.64	3.9	0.219	0.976	1	100
2.64-2.7	4	0.195	0.977	1	99.8
2.7-2.77	3.9	0.17	0.97	1	100
2.77-2.85	4	0.139	0.976	1	100
2.85-2.93	3.9	0.13	0.986	1	100
2.93-3.02	3.9	0.112	0.984	1	100
3.02-3.13	3.9	0.102	0.979	1	99.8
3.13-3.26	3.9	0.095	0.982	1	100
3.26-3.41	3.9	0.081	0.991	1	99.8
3.41-3.58	3.9	0.075	0.988	1	100
3.58-3.81	3.8	0.059	0.994	1	99.6
3.81-4.1	3.8	0.052	0.995	1	99.5
4.1-4.52	3.8	0.047	0.995	1	99.4
4.52-5.17	3.8	0.045	0.993	1	98.7
5.17-6.51	3.7	0.043	0.993	1	98.2
2.5-2.55	3.9	0.063	0.977	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0103	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
DENZO		データ削減
PHASER	2.5.6	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ejo

4ejo

解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 8.933 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.226 / 詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2749	472	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2643	-	-	-
obs	0.2648	8721	98.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 221.01 Å² / B_iso mean: 76 Å² / B_iso min: 45.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.65 Å²	0.32 Å²	0 Å²
2-	-	0.65 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	833	0	35	20	888
B_iso mean	-	-	76.88	66.59	-
残基数	-	-	-	-	103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	895
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.483	2.027	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.04	5	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.304	24.474	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.444	15	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.993	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.81	2.08	415
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.49	3.111	518
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.773	2.422	479

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	45	-
R_work	0.253	630	-
all	-	675	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.7109	-14.8012	-5.7289	17.4988	9.6304	37.0207	-0.7069	-0.5983	-0.1433	0.8957	0.6742	0.1668	0.9733	-0.6989	0.0327	0.4173	-0.0457	0.0088	0.426	0.0409	0.0567	31.674	-3.357	18.271
2	1.9104	-3.0874	-3.2331	10.8576	4.4161	11.7249	-0.2213	-0.1301	0.4372	-0.0523	0.4308	-1.3254	0.6327	0.8955	-0.2095	0.5014	-0.0054	0.0635	0.6557	-0.1313	0.3641	40.255	-12.285	3.665
3	9.2929	-1.4727	0.3375	3.983	-3.9594	12.882	-0.2462	-0.2054	-1.0222	0.3746	0.3498	0.5759	0.1579	0.114	-0.1036	0.647	-0.0475	0.0031	0.5249	-0.0587	0.2597	33.96	-13.377	7.939
4	6.6906	8.0831	5.53	26.3052	10.4689	5.4429	0.009	0.1867	0.004	-0.7812	-0.0152	0.0178	-0.149	0.1277	0.0062	0.584	-0.1416	0.1088	0.5026	-0.0308	0.0558	31.974	-17.385	-5.034
5	10.9308	7.9435	2.7834	12.0518	10.603	13.209	-0.366	-0.2201	-0.1873	-0.5765	0.5461	-0.394	-0.7606	1.0719	-0.1801	0.6285	-0.1234	0.0731	0.6197	-0.0165	0.2916	41.666	2.878	4.681
6	41.5628	7.8161	38.8651	1.4831	7.3039	36.3876	-0.9973	-0.9563	1.7854	-0.1528	-0.4727	0.41	-0.4676	-0.7811	1.4699	2.7582	0.3588	-0.2223	2.0853	-0.7323	1.1892	49.145	9.731	20.017

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	36 - 60
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	61 - 81
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	82 - 97
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	98 - 106

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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