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- PDB-5h1s: Structure of the large subunit of the chloro-ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h1s
タイトルStructure of the large subunit of the chloro-ribosome
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • Spinach chloroplast 4.5S rRNA
キーワードRIBOSOME / Cryo-EM / chloro-ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid translation / chloroplast envelope / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding ...plastid translation / chloroplast envelope / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L24e; Chain: T; ...Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L24e; Chain: T; / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Outer Surface Protein A; domain 3 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Rubrerythrin, domain 2 / RRM (RNA recognition motif) domain / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / : / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / L28p-like / : / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL31c ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein uL4c / Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy / Large ribosomal subunit protein uL22c / Large ribosomal subunit protein uL14c / Large ribosomal subunit protein bL36c / Large ribosomal subunit protein uL13c / Large ribosomal subunit protein uL16c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein bL35c / Large ribosomal subunit protein bL21c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein cL37 alpha / Large ribosomal subunit protein bL20c / Large ribosomal subunit protein bL32c / Large ribosomal subunit protein bL33c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL5c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL34c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Large ribosomal subunit protein cL38 / Large ribosomal subunit protein bL19c / Large ribosomal subunit protein uL23c
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ahmed, T. / Yin, Z. / Bhushan, S.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
MOEAcRF Tier 1, 2014-T1-001-019 (RG32/14) シンガポール
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Cryo-EM structure of the large subunit of the spinach chloroplast ribosome.
著者: Tofayel Ahmed / Zhan Yin / Shashi Bhushan /
要旨: Protein synthesis in the chloroplast is mediated by the chloroplast ribosome (chloro-ribosome). Overall architecture of the chloro-ribosome is considerably similar to the Escherichia coli (E. coli) ...Protein synthesis in the chloroplast is mediated by the chloroplast ribosome (chloro-ribosome). Overall architecture of the chloro-ribosome is considerably similar to the Escherichia coli (E. coli) ribosome but certain differences are evident. The chloro-ribosome proteins are generally larger because of the presence of chloroplast-specific extensions in their N- and C-termini. The chloro-ribosome harbours six plastid-specific ribosomal proteins (PSRPs); four in the small subunit and two in the large subunit. Deletions and insertions occur throughout the rRNA sequence of the chloro-ribosome (except for the conserved peptidyl transferase center region) but the overall length of the rRNAs do not change significantly, compared to the E. coli. Although, recent advancements in cryo-electron microscopy (cryo-EM) have provided detailed high-resolution structures of ribosomes from many different sources, a high-resolution structure of the chloro-ribosome is still lacking. Here, we present a cryo-EM structure of the large subunit of the chloro-ribosome from spinach (Spinacia oleracea) at an average resolution of 3.5 Å. High-resolution map enabled us to localize and model chloro-ribosome proteins, chloroplast-specific protein extensions, two PSRPs (PSRP5 and 6) and three rRNA molecules present in the chloro-ribosome. Although comparable to E. coli, the polypeptide tunnel and the tunnel exit site show chloroplast-specific features.
履歴
登録2016年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年2月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年2月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年2月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年2月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年2月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年2月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年2月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Refinement description
改定 1.22018年6月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / em_image_scans / em_software
Item: _cell.length_a / _cell.length_b ..._cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _em_image_scans.dimension_height / _em_image_scans.dimension_width / _em_software.name
改定 1.32025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update
改定 1.12025年4月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: database_2 / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update
改定 1.42025年7月2日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.22025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9572
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S rRNA
C: Spinach chloroplast 4.5S rRNA
B: 5S rRNA
L: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic
M: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic
N: 50S ribosomal protein L15
O: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic
P: 50S ribosomal protein L17
Q: 50S ribosomal protein L18
R: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic
S: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic
T: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic
U: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
V: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic
W: 50S ribosomal protein L24, chloroplastic
X: 50S ribosomal protein L27
Y: 50S ribosomal protein L28
Z: 50S ribosomal protein L29
E: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic
b: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic
c: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic
d: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic
e: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic
f: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic
F: 50S ribosomal protein L3
G: 50S ribosomal protein L4, chloroplastic
H: 50S ribosomal protein L5, chloroplastic
I: 50S ribosomal protein L6
J: 50S ribosomal protein L9
g: 50S ribosomal protein 5 alpha, chloroplastic
a: 50S ribosomal protein L31
h: 50S ribosomal protein 6, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,445,31132
ポリマ－1,445,31132
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area168100 Å2
ΔGint-1481 kcal/mol
Surface area502590 Å2

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要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 ACB

#1: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 911344.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: AJ400848
#2: RNA鎖 Spinach chloroplast 4.5S rRNA / 4.8S rRNA


分子量: 34334.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 175996
#3: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 39014.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 LMNOPQRSTUVWXYZEbcdefFGHIJgah

#4: タンパク質 50S ribosomal protein L13, chloroplastic / CL13


分子量: 22123.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12629
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L14, chloroplastic / Ribosomal protein CS-L29


分子量: 13484.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09596
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / L15


分子量: 20680.062 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 80-271 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QHT0, UniProt: P22798*PLUS
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L16, chloroplastic / Ribosomal protein CS-L24


分子量: 15328.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P17353
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / L17


分子量: 13466.902 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 11-126 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RLJ4, UniProt: P82194*PLUS
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / L18


分子量: 13801.939 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 44-166 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QQ60, UniProt: P82195*PLUS
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L19, chloroplastic / CL19


分子量: 17597.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82413
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L20, chloroplastic


分子量: 15594.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28803
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L21, chloroplastic / CL21 / CS-L7


分子量: 22793.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P24613
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L22, chloroplastic / Ribosomal protein CS-L13


分子量: 23292.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09594
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L23, chloroplastic / PRPL23


分子量: 13575.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9LWB5
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L24, chloroplastic / CL24


分子量: 16552.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P27683
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 15326.538 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 58-194 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R4I2, UniProt: P82190*PLUS
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L28 / L28


分子量: 9016.668 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 72-148 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RD02, UniProt: P82245*PLUS
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / L29


分子量: 12903.116 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 60-168 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R7W8, UniProt: P82248*PLUS
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L2, chloroplastic / Ribosomal protein CS-L4


分子量: 29722.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06509
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L32, chloroplastic


分子量: 6519.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28804
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L33, chloroplastic


分子量: 7536.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28805
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L34, chloroplastic / CL34


分子量: 6692.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82244
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L35, chloroplastic / CL35


分子量: 8459.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P23326
#24: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36, chloroplastic


分子量: 4414.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12230
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / L3


分子量: 24117.328 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 85-305 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QEC7, UniProt: P82191*PLUS
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L4, chloroplastic / R-protein L4


分子量: 27202.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: O49937
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L5, chloroplastic


分子量: 24248.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82192
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / L6


分子量: 20263.604 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 39-220 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R4N9, UniProt: P82193*PLUS
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 17669.951 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 42-196 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RQ91, UniProt: P82180*PLUS
#30: タンパク質 50S ribosomal protein 5 alpha, chloroplastic / 50S ribosomal protein L40 / CL40 / Plastid-specific 50S ribosomal protein 5 alpha / PSRP-5


分子量: 15351.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P27684
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 10801.521 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 37-130 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R0R6, UniProt: P82249*PLUS
#32: タンパク質 50S ribosomal protein 6, chloroplastic / CL25 / Plastid-specific 50S ribosomal protein 6 / PSRP-6


分子量: 12080.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82411

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chloro-ribosome 50S / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 1.7 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
緩衝液pH: 7.6
詳細: 20 mM Tris HCl, pH 7.6, 100 mM KCl, 10 mM MgOAc, 100 mM sucrose, 7 mM 2-mercaptoethanol, 1 unit/ml RNase inhibitor, 0.1% protease inhibitor
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 78000 X / 倍率（補正後）: 109375 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm / Calibrated defocus min: 200 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 26 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1590
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 1-7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2210: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMAN2粒子像選択
4CTFFIND3CTF補正
8PHENIXモデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 338305
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 174949 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 20 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01398895
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.234148525
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.89358950
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0618988
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0538212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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