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- PDB-5h1m: Crystal structure of WD40 repeat domains of Gemin5 in complex with M7G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h1m
タイトルCrystal structure of WD40 repeat domains of Gemin5 in complex with M7G
要素Gem-associated protein 5
キーワードSPLICING / WD repeat / Gemin5 / SMN
機能・相同性
機能・相同性情報


SMN-Gemin2 complex / Gemini of coiled bodies / SMN complex / U4atac snRNA binding / snRNA binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / U4 snRNA binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding ...SMN-Gemin2 complex / Gemini of coiled bodies / SMN complex / U4atac snRNA binding / snRNA binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / U4 snRNA binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / mRNA 3'-UTR binding / mRNA splicing, via spliceosome / ribosome binding / regulation of translation / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / protein-containing complex assembly / nuclear body / translation / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / MIOS, WD40 repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site ...: / MIOS, WD40 repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Gem-associated protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.492 Å
データ登録者Jin, W. / Wang, Y. / Liu, C.P. / Yang, N. / Jin, M. / Cong, Y. / Wang, M. / Xu, R.M.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570747 中国
National Natural Science Foundation of China31622020 中国
National Natural Science Foundation of China31430018 中国
National Natural Science Foundation of China31521002 中国
Beijing Natural Science Foundation5164038 中国
Strategic Priority Research Program of Chinese Academy of SciencesXDB08010100 中国
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for snRNA recognition by the double-WD40 repeat domain of Gemin5
著者: Jin, W. / Wang, Y. / Liu, C.P. / Yang, N. / Jin, M. / Cong, Y. / Wang, M. / Xu, R.M.
履歴
登録2016年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年10月9日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gem-associated protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8862
ポリマ－81,4281
非ポリマー4581
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area26860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.534, 120.907, 61.257
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Gem-associated protein 5 / Gemin5


分子量: 81428.109 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-726 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GEMIN5 / プラスミド: pFastBac-HTC / Cell (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8TEQ6
#2: 化合物 ChemComp-M7G / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / m7GDP


分子量: 458.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O11P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 14% PEG 8000, 25mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月11日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 26965 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 64.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 1.035 / Net I/av σ(I): 15.937 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 89686
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.593.30.60926800.6880.3870.7230.9499.6
2.59-2.693.30.49226800.8050.3170.5871.12299.3
2.69-2.823.30.33527240.8810.2140.3981.04399.6
2.82-2.963.30.22226840.9410.1410.2631.05199.3
2.96-3.153.30.15427020.9670.0980.1831.03599.4
3.15-3.393.30.10527190.9820.0670.1251.02799.4
3.39-3.733.30.08626770.9860.0560.1021.03999
3.73-4.273.30.0726950.990.0450.0841.02799.3
4.27-5.383.30.05827110.9920.0380.0690.97699.2
5.38-503.40.0426930.9960.0260.0471.08896.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H1J

5h1j


解像度: 2.492→29.341 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2335 1401 5.2 %Random selection
Rwork0.1822 25535 --
obs0.1849 26936 98.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 143.91 Å2 / Biso mean: 70.8732 Å2 / Biso min: 35.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.492→29.341 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5309 0 29 33 5371
Biso mean--86.51 58.48 -
残基数----674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6697513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026821
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003948
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6631961
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4918-2.58080.29481400.23912387252793
2.5808-2.68410.3051620.25982555271799
2.6841-2.80610.32571270.248525922719100
2.8061-2.95390.30541240.24842585270999
2.9539-3.13880.31421370.22752558269599
3.1388-3.38090.30451310.21152611274299
3.3809-3.72050.23851490.19362541269099
3.7205-4.25740.20621450.17212564270999
4.2574-5.35860.16591580.13682558271699
5.3586-29.34330.23891280.16332584271297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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