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万見
- PDB-5h0p: Crystal structure of EF-hand protein mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h0p
タイトルCrystal structure of EF-hand protein mutant
要素EF-hand domain-containing protein D2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-hand / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOD GTPase cycle / cadherin binding / membrane raft / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain-containing protein D1/2 / : / Allograft inflammatory factor 1 / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EF-hand domain-containing protein D1/2 / : / Allograft inflammatory factor 1 / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
EF-hand domain-containing protein D2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.862 Å
データ登録者Park, K.R. / An, J.Y. / Kang, J.Y. / Lee, J.G. / Youn, H.S. / Lee, Y. / Mun, S.A. / Jun, C.D. / Song, W.K. / Eom, S.H.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Structural mechanism underlying regulation of human EFhd2/Swiprosin-1 actin-bundling activity by Ser183 phosphorylation.
著者: Park, K.R. / An, J.Y. / Kang, J.Y. / Lee, J.G. / Lee, Y. / Mun, S.A. / Jun, C.D. / Song, W.K. / Eom, S.H.
履歴
登録2016年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EF-hand domain-containing protein D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8323
ポリマ－13,7521
非ポリマー802
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.675, 51.105, 53.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 EF-hand domain-containing protein D2 / Swiprosin-1


分子量: 13751.778 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 70-184 / 変異: S183E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EFHD2, SWS1 / プラスミド: modified pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96C19
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.71 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M trimethlyamine-N-oxide dihydrate, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 20% (w/v) PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9897 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9897 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 8596 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 13.2 % / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8_1069位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I2L

5i2l


解像度: 1.862→29.796 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2463 873 10.16 %
Rwork0.196 --
obs0.2009 8596 96.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.862→29.796 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数830 0 2 39 871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008842
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0131120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.984332
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078119
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004145
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8624-1.97910.31141450.2181270X-RAY DIFFRACTION98
1.9791-2.13180.27611460.19731296X-RAY DIFFRACTION99
2.1318-2.34630.26711400.19041294X-RAY DIFFRACTION99
2.3463-2.68560.26941510.18941318X-RAY DIFFRACTION100
2.6856-3.38280.26061520.20141318X-RAY DIFFRACTION99
3.3828-29.80010.21331390.19381227X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.27082.1146-3.7538.1594-2.71792.867-0.04570.1562-0.4393-0.1797-0.03770.26130.3855-0.50710.03430.276-0.0697-0.01760.2599-0.02680.3005-20.8945-7.47113.996
29.27860.0674-2.41932.9290.77736.13480.01990.75170.3366-0.52730.142-0.159-0.4211-0.1047-0.10090.3691-0.0430.00870.21360.04190.2019-12.51473.7644-3.6215
36.61461.72912.48167.98862.688.22460.1489-0.2017-0.71460.3712-0.0435-0.77610.13510.2737-0.18570.2204-0.0594-0.03510.20520.08290.2916-12.9423-4.92035.8227
47.9056-2.23453.11048.9856-2.0894.95070.2125-0.88860.08150.2912-0.06570.0372-0.2758-0.1318-0.14890.2803-0.01710.07190.2181-0.03240.1804-14.14585.48229.6663
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 82 through 113 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 114 through 149 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 150 through 161 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 162 through 182 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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