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万見
- PDB-1qjt: SOLUTION STRUCTURE OF THE APO EH1 DOMAIN OF MOUSE EPIDERMAL GROWT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qjt
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE APO EH1 DOMAIN OF MOUSE EPIDERMAL GROWTH FACTOR RECEPTOR SUBSTRATE 15, EPS15
要素EPIDERMAL GROWTH FACTOR RECEPTOR SUBSTRATE SUBSTRATE 15, EPS15
キーワードGROWTH FACTOR / EH DOMAIN / EPS15 / EF-HAND / SOLUTION STRUCTURE / S100 PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Negative regulation of MET activity / EGFR downregulation / ubiquitin-dependent endocytosis / Golgi to endosome transport / clathrin coat of coated pit / AP-2 adaptor complex / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin-coated vesicle / ciliary membrane ...Negative regulation of MET activity / EGFR downregulation / ubiquitin-dependent endocytosis / Golgi to endosome transport / clathrin coat of coated pit / AP-2 adaptor complex / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin-coated vesicle / ciliary membrane / polyubiquitin modification-dependent protein binding / clathrin-coated pit / ubiquitin binding / SH3 domain binding / regulation of protein localization / early endosome membrane / calcium ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif ...EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Epidermal growth factor receptor substrate 15
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / TAD
データ登録者Whitehead, B. / Tessari, M. / Carotenuto, A. / van Bergen en Henegouwen, P.M. / Vuister, G.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: The Eh1 Domain of Eps15 is Structurally Classified as a Member of the S100 Subclass of EF-Hand Containing Proteins
著者: Whitehead, B. / Tessari, M. / Carotenuto, A. / van Bergen en Henegouwen, P.M. / Vuister, G.W.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1998
タイトル: Sequence-Specific 1H, 13C and 15N Assignment of the Eh1 Domain of Mouse Eps15
著者: Whitehead, B. / Tessari, M. / Versteeg, H.H. / van Delft, S. / van Bergen en Henegouwen, P.M. / Vuister, G.W.
履歴
登録1999年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _audit_author.name / _citation.page_last ..._audit_author.name / _citation.page_last / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42020年1月15日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EPIDERMAL GROWTH FACTOR RECEPTOR SUBSTRATE SUBSTRATE 15, EPS15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6721
ポリマ－10,6721
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100LOWEST OVERALL TARGET FUNCTION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 EPIDERMAL GROWTH FACTOR RECEPTOR SUBSTRATE SUBSTRATE 15, EPS15 / EH1


分子量: 10672.210 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL EH1 DOMAIN RESIDUES 1-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: STRUCTURED PART SELECTED FROM LARGER FRAGMENT / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K10 / 参照: UniProt: P42567

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111SEE J.BIOMOL.NMR 12
121465-466 (1998)
NMR実験の詳細Text: STRUCTURE DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE HETERONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY

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試料調製

詳細内容: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl M / pH: 5.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Varian INOVAVarianINOVA7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5P.GUNTERT, C.MUMENTHALER, K.WUTHRICH精密化
NMRPipe構造決定
XEASY構造決定
DYANA1.5構造決定
精密化手法: TAD / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE CALCULATION DETAILS CAN BE FOUND IN JRNL CITATION
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST OVERALL TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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