PDB-5gzz: Crystal Structure of FIN219-SjGST complex with JA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gzz

タイトル

Crystal Structure of FIN219-SjGST complex with JA

要素

Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
Jasmonic acid-amido synthetase JAR1

キーワード

LIGASE/TRANSFERASE / Jasmonate-amido synthetase / Glutathione S-transferase / Ligase-Transferase complex

機能・相同性

機能・相同性情報

jasmonoyl-L-amino acid ligase / jasmonoyl-L-amino acid ligase activity / regulation of response to red or far red light / cellular response to auxin stimulus / induced systemic resistance, jasmonic acid mediated signaling pathway / response to mycotoxin / L-leucine binding / acid-amino acid ligase activity / protein adenylylation / response to UV-B ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.386 Å

データ登録者

Chen, C.Y. / Cheng, Y.S.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of jasmonate-amido synthetase FIN219 in complex with glutathione S-transferase FIP1 during the JA signal regulation
著者: Chen, C.Y. / Ho, S.S. / Kuo, T.Y. / Hsieh, H.L. / Cheng, Y.S.

履歴

登録	2016年10月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月8日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gzz.cif.gz	402 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gzz.ent.gz	327.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gzz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gzz_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gzz_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	5gzz_validation.xml.gz	98.9 KB	表示
CIF形式データ	5gzz_validation.cif.gz	134.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/5gzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/5gzz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5echC 5eciC 5eckC 5eclC 5ecmC 5ecnC 5ecoC 5ecpC 5ecqC 5ecrC 5ecsC 4eplS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ecn-2 5ecq-2 5eci-2 5eck-1 5eck-2 3k9v-3 6p4u-d 2r40-2 5ecq-1 6ozv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (11) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Jasmonic acid-amido synthetase JAR1

B: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme

C: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme

D: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme

E: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme

F: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme

G: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme

ヘテロ分子

220 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Jasmonic acid-amido synthetase JAR1

B: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme

C: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
116 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme

E: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

F: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme

G: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.274, 91.802, 91.728
Angle α, β, γ (deg.)	89.990, 89.990, 89.930
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

Chain D-G are the molecular packing in the protein crystal and not included in the unit of biological assembly

#1: タンパク質	Jasmonic acid-amido synthetase JAR1 / Jasmonate-amino acid synthetase JAR1 / Protein FAR-RED INSENSITIVE 219 / Protein JASMONATE RESISTANT 1 分子量: 64416.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: JAR1, FIN219, AtGH3.11 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9SKE2, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質	Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme / Glutathione S-transferase SjGST / GST 26 / Sj26 antigen / SjGST 分子量: 25534.723 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう) 遺伝子: SjGST / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08515, glutathione transferase
#3: 化合物	ChemComp-JAA / {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid / ジャスモン酸分子量: 210.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₈O₃ / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 961 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.03 % / Mosaicity: 1.227 ° / Mosaicity esd: 0.012 °
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris-HCl, 40%(w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97620-0.97622

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月30日

放射

プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9762	1
2	0.97622	1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 73703 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 13.22 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Χ²: 1.006 / Net I/av σ(I): 15.426 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 141298

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.4-2.49	1.9	0.439	7286	1.007	97.5
2.49-2.59	1.9	0.34	7236	1	97.2
2.59-2.7	1.9	0.254	7220	1.008	97.7
2.7-2.85	1.9	0.188	7318	0.996	97.8
2.85-3.02	1.9	0.133	7305	1.011	97.8
3.02-3.26	2	0.086	7230	1	97.9
3.26-3.58	2	0.055	7301	0.976	97.8
3.58-4.1	2	0.035	7248	0.986	97.4
4.1-5.17	2	0.025	7274	1.02	97.5
5.17-50	2	0.028	7141	1.057	96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000	v708	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX	1.9_1692+svn	モデル構築
Coot	0.8.2	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EPL

4epl

解像度: 2.386→26.209 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 19.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2336	7454	10.11 %
R_work	0.2037	66249	-
obs	0.2067	73703	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.11 Å² / B_iso mean: 15.9573 Å² / B_iso min: 2 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.386→26.209 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15147	0	135	961	16243
B_iso mean	-	-	8.49	13.31	-
残基数	-	-	-	-	1865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	15667
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.481	21166
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	2255
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2700
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.716	5888

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3855-2.4126	0.2031	212	0.176	1997	2209	87
2.4126-2.441	0.2496	259	0.1864	2193	2452	100
2.441-2.4707	0.223	263	0.1803	2230	2493	100
2.4707-2.502	0.2109	250	0.1763	2279	2529	100
2.502-2.5349	0.2245	254	0.184	2198	2452	100
2.5349-2.5696	0.1977	264	0.1731	2203	2467	100
2.5696-2.6062	0.1996	242	0.1745	2206	2448	100
2.6062-2.6451	0.1979	250	0.1735	2205	2455	100
2.6451-2.6864	0.2131	246	0.185	2238	2484	100
2.6864-2.7304	0.1823	260	0.183	2265	2525	100
2.7304-2.7774	0.2053	255	0.1733	2209	2464	100
2.7774-2.8279	0.2188	251	0.1876	2212	2463	100
2.8279-2.8822	0.2022	246	0.1786	2235	2481	100
2.8822-2.941	0.2039	249	0.1917	2227	2476	100
2.941-3.0048	0.191	243	0.1755	2288	2531	100
3.0048-3.0746	0.2367	239	0.1923	2175	2414	100
3.0746-3.1514	0.2088	276	0.1756	2255	2531	100
3.1514-3.2364	0.2235	236	0.2077	2145	2381	100
3.2364-3.3315	0.2231	245	0.1898	2241	2486	99
3.3315-3.4388	0.2135	253	0.1799	2189	2442	100
3.4388-3.5614	0.23	260	0.2018	2253	2513	99
3.5614-3.7036	0.2332	234	0.2029	2192	2426	99
3.7036-3.8717	0.2378	261	0.1975	2224	2485	99
3.8717-4.0751	0.2379	233	0.1973	2211	2444	99
4.0751-4.3294	0.2435	255	0.2047	2251	2506	99
4.3294-4.6619	0.2679	251	0.2266	2142	2393	99
4.6619-5.1279	0.2704	246	0.2443	2235	2481	99
5.1279-5.8627	0.2262	237	0.2327	2189	2426	99
5.8627-7.3591	0.2899	244	0.2555	2232	2476	100
7.3591-26.2106	0.3398	240	0.2937	2130	2370	95

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