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- PDB-6p4u: The structure of condensation and adenylation domains of teixobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p4u
タイトルThe structure of condensation and adenylation domains of teixobactin-producing nonribosomal peptide synthetase Txo1 serine module in complex with Mg and AMP
要素Txo1
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Nonribosomal peptide synthetase / Teixobactin / Condensation domain / Adenylation domain / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


2,3-dihydroxybenzoate-serine ligase activity / toxin biosynthetic process / enterobactin synthetase complex / enterobactin biosynthetic process / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / phosphopantetheine binding / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site ...Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / FORMIC ACID / Txo1
類似検索 - 構成要素
生物種Eleftheria terrae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tan, K. / Zhou, M. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structures of teixobactin-producing nonribosomal peptide synthetase condensation and adenylation domains.
著者: Tan, K. / Zhou, M. / Jedrzejczak, R.P. / Wu, R. / Higuera, R.A. / Borek, D. / Babnigg, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2019年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Txo1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,89525
ポリマ－96,5661
非ポリマー2,32924
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Txo1
ヘテロ分子

A: Txo1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,79050
ポリマ－193,1322
非ポリマー4,65948
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area14430 Å2
ΔGint-500 kcal/mol
Surface area70880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.232, 90.828, 98.463
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.100, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Txo1


分子量: 96565.836 Da / 分子数: 1
断片: Condensation and Adenylation domain, residues 2140-3009
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Eleftheria terrae (バクテリア) / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): pGro7-K / 参照: UniProt: A0A0B5GUD2

-
非ポリマー , 8種, 181分子

#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.41 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M Magnesium sulfate, 0.1 M MES:NaOH

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月1日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.1 Å / Num. obs: 73508 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 44.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.777 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 3126 / CC1/2: 0.717 / Rpim(I) all: 0.408 / Rrim(I) all: 0.773 / Χ2: 0.466 / % possible all: 82.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collect1.13_2998データ収集
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OYF

6oyf


解像度: 2.1→46.08 Å / SU ML: 0.2571 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.9862
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2373 3670 5 %random
Rwork0.2082 ---
obs0.2096 73415 96.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 83.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6392 0 129 157 6678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00166698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48459146
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03771000
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00311200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.68873944
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.130.31161190.31562275X-RAY DIFFRACTION81.73
2.13-2.160.35091390.30342318X-RAY DIFFRACTION85.02
2.16-2.190.30131360.30512431X-RAY DIFFRACTION87.05
2.19-2.220.34621430.29282478X-RAY DIFFRACTION90.6
2.22-2.250.31341210.28882520X-RAY DIFFRACTION91.1
2.25-2.290.30791340.27332567X-RAY DIFFRACTION91.9
2.29-2.330.27141310.27122725X-RAY DIFFRACTION97.74
2.33-2.370.28641390.26042745X-RAY DIFFRACTION99.04
2.37-2.420.23471350.25682790X-RAY DIFFRACTION99.19
2.42-2.470.28461450.24492752X-RAY DIFFRACTION99.45
2.47-2.520.27471450.23182758X-RAY DIFFRACTION99.28
2.52-2.580.2531490.23712751X-RAY DIFFRACTION99.15
2.58-2.650.26511530.22962735X-RAY DIFFRACTION98.97
2.65-2.720.27961420.23512729X-RAY DIFFRACTION99
2.72-2.80.30341380.23052750X-RAY DIFFRACTION97.01
2.8-2.890.27491490.25452731X-RAY DIFFRACTION99.28
2.89-2.990.26171610.23972741X-RAY DIFFRACTION99.32
2.99-3.110.26531430.22612764X-RAY DIFFRACTION99.45
3.11-3.250.2851370.2242772X-RAY DIFFRACTION99.42
3.25-3.420.24551550.20982766X-RAY DIFFRACTION99.29
3.42-3.640.2371500.19942743X-RAY DIFFRACTION98.03
3.64-3.920.21141450.18832758X-RAY DIFFRACTION98.98
3.92-4.310.18031230.17272796X-RAY DIFFRACTION98.88
4.31-4.940.20681430.16542761X-RAY DIFFRACTION98.34
4.94-6.220.21091500.19162746X-RAY DIFFRACTION97.97
6.22-46.10.20291450.18482843X-RAY DIFFRACTION98.35
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.454076360250.0011370960521-1.021031237081.250998233511.283544300452.07449918889-0.06333665664280.126800535248-0.4581424779180.126767941578-0.22113935405-0.3344958237971.706063663250.6968541282630.5106013944891.378882441220.3222494667130.254539090421.210829569120.1668249940050.968857426817-1.59061275112-78.516782943646.2659833082
20.573752247536-0.4786335814180.2116860637123.140851492251.549382918681.10123082919-0.6197511088380.348889985044-0.9935557499630.882569254505-0.206184179626-0.8762395272382.632665242460.810895121789-0.01908751951391.651719458581.224902230880.4620155012191.307907348750.5948563901981.190612009588.46285652375-81.043210282645.6645115275
31.53286834002-0.4612478891180.553507453990.940872505895-0.6310826582934.12120925552-0.0581746655342-0.823804306392-0.2472055008520.459453350366-0.130374962868-0.3228762074660.1058544632661.309370084530.3196582477650.5762673998590.0600538902678-0.09407224983431.349846530.2740508197760.826111631964.0080185691-58.249327385745.8240634881
42.16436837163-0.674307124905-0.4525885707251.44067836432-0.8910270457564.0686817281-0.0641996800293-0.821960447612-0.1232211206380.233891890161-0.416968585991-0.499761891496-0.1461043727451.400055727230.346454356930.478023465239-0.0293902189742-0.1442492179151.053299367230.2687522333510.7408792986516.28015293811-54.113724624432.0672303801
52.38240236734-0.06423793815370.4762575068974.03559048308-0.1011687335921.624538008480.06040566166430.309820810425-0.0583813951704-0.472492166948-0.03588239640340.3691743282170.108288028131-0.0679117160591-0.02842869893970.4297245128290.0318587658262-0.1515524477440.262531382721-0.04205948675760.46583087697-34.7160643783-30.2377334163-8.13890922488
63.57231964631-1.072001559980.4343342935485.39584347685-0.03408460073911.82164077051-0.0215412171842-0.01476374784020.1734350940430.184023651148-0.06204544826810.0683613255516-0.0520688628438-0.149577563310.07794438123430.4452254509220.0264378847169-0.1233235147990.2560196340420.02074955966180.546084361035-32.0495387555-19.2070281533-3.82478069997
72.06583381820.1647679245540.3165056149651.01227094884-0.5022772511480.9131366566580.077402572948-0.1505356616640.08188159807870.0337817983769-0.1073382328280.08070459436340.02797833594580.03454600290130.0274005872520.4469345483440.0136003974752-0.08595210706160.271300868149-0.07672510756230.498611554206-25.890570849-40.64608606538.61657613739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2139 through 2237 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 2238 through 2291 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 2292 through 2367 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 2368 through 2589 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 2590 through 2684 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 2685 through 2760 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 2761 through 3002 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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