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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gz2 | ||||||
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タイトル | luciferase complex with 7-cy-L | ||||||
要素 | Luciferin 4-monooxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Luciferae | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Photinus-luciferin 4-monooxygenase (ATP-hydrolyzing) activity / firefly luciferase / long-chain fatty acid-CoA ligase activity / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / bioluminescence / peroxisome / protein-folding chaperone binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Photinus pyralis (ホタル) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Su, J. / Wang, F. / Gu, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: luciferase complex with 7-cy-L 著者: Su, J. / Wang, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gz2.cif.gz | 100.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gz2.ent.gz | 75.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gz2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5gz2_validation.pdf.gz | 745.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5gz2_full_validation.pdf.gz | 752.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5gz2_validation.xml.gz | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5gz2_validation.cif.gz | 27.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/5gz2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/5gz2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48532.609 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-438 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Photinus pyralis (ホタル) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08659, firefly luciferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-7BV / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium malonate , PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 35023 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 51.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→40.18 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.95
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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