PDB-6maz: Crystal structure of N-myristoyl transferase (NMT) G386E mutant f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6maz

タイトル

Crystal structure of N-myristoyl transferase (NMT) G386E mutant from Plasmodium vivax in complex with inhibitor IMP-0366

要素

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / N-myristoyltransferase / NMT / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Structure-Guided Identification of Resistance Breaking Antimalarial N‐Myristoyltransferase Inhibitors.
著者: Schlott, A.C. / Mayclin, S. / Reers, A.R. / Coburn-Flynn, O. / Bell, A.S. / Green, J. / Knuepfer, E. / Charter, D. / Bonnert, R. / Campo, B. / Burrows, J. / Lyons-Abbott, S. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2018年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6maz.cif.gz	535.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6maz.ent.gz	435.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6maz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/6maz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/6maz	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	6nxg-2 6mb1-2 5v0w-1 4b13-1 3iu1-2 4b10-1 6may-3 6nxg-1 2ynd-1 2yne-2 2ynd-2 5o48-1 6skj-1 4b14-2 5v0x-1 6z51-d 6mb0-1 4bbh-1 4ufx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

147 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.500, 121.250, 177.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 分子量: 47323.008 Da / 分子数: 3 / 変異: G386E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア病原虫) 遺伝子: PVC01_130042700, PVP01_1336100 / プラスミド: PlviB.18219.a.FR21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A1G4HIY1, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

#1: タンパク質

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

分子量: 47323.008 Da / 分子数: 3 / 変異: G386E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)
遺伝子: PVC01_130042700, PVP01_1336100 / プラスミド: PlviB.18219.a.FR21 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A1G4HIY1, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 1914分子

#2: 化合物	ChemComp-YNC / TETRADEC-13-YNOIC ACID - COA THIOESTER 分子量: 973.858 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₅₈N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-646 / 2,6-dichloro-4-(2-piperazin-1-ylpyridin-4-yl)-N-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)benzenesulfonamide / DDD-85646 分子量: 495.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄Cl₂N₆O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1899 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 27% PEG 3350, 200 mM Ammonium Sulfate, 100 mM BisTris pH 6.0, 0.5mM IMP-0366, 0.5mM myristoyl CoA: PlviB.18219.a.FR21.PS38348 conc 12.2mg/mL: 20eg: puck id zzu5-6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月15日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 180669 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.18 % / B_iso Wilson estimate: 20.47 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_rim(I) all: 0.073 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 18.81

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59	6.15	0.537	3.4	13216	0.887	0.586	100
1.59-1.63	6.165	0.445	4.13	12917	0.92	0.486	100
1.63-1.68	6.171	0.37	4.94	12533	0.945	0.404	100
1.68-1.73	6.182	0.313	5.86	12225	0.954	0.341	100
1.73-1.79	6.191	0.252	7.22	11816	0.971	0.276	100
1.79-1.85	6.197	0.199	9.13	11462	0.981	0.218	100
1.85-1.92	6.207	0.159	11.31	11080	0.987	0.173	100
1.92-2	6.213	0.131	13.49	10640	0.991	0.143	100
2-2.09	6.213	0.103	17	10231	0.994	0.112	100
2.09-2.19	6.228	0.086	19.97	9764	0.996	0.093	100
2.19-2.31	6.223	0.073	22.74	9373	0.997	0.079	100
2.31-2.45	6.225	0.065	25.58	8796	0.997	0.071	100
2.45-2.62	6.229	0.059	27.62	8372	0.998	0.064	100
2.62-2.83	6.216	0.05	31.77	7732	0.998	0.054	100
2.83-3.1	6.202	0.04	36.92	7176	0.999	0.044	100
3.1-3.47	6.184	0.032	44.41	6524	0.999	0.034	100
3.47-4	6.147	0.027	49.94	5780	0.999	0.03	100
4-4.9	6.107	0.024	54.39	4919	0.999	0.026	100
4.9-6.93	5.99	0.026	49.52	3879	0.999	0.029	99.9
6.93-50	5.547	0.024	53.8	2234	0.999	0.026	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(1.14_3228: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.55→50 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.94

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1664	2028	1.12 %
R_work	0.1448	-	-
obs	0.145	180664	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.11 Å² / B_iso mean: 17.8017 Å² / B_iso min: 5.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9397	0	314	1920	11631
B_iso mean	-	-	19.58	30.3	-
残基数	-	-	-	-	1143

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.55-1.5887	0.2256	145	0.1849	12610	12755
1.5887-1.6317	0.2209	134	0.178	12627	12761
1.6317-1.6797	0.1964	136	0.1678	12655	12791
1.6797-1.7339	0.2103	142	0.1624	12651	12793
1.7339-1.7959	0.1963	138	0.1597	12696	12834
1.7959-1.8678	0.1674	140	0.1553	12629	12769
1.8678-1.9528	0.1997	152	0.1495	12678	12830
1.9528-2.0558	0.1673	178	0.147	12690	12868
2.0558-2.1846	0.1846	149	0.1454	12687	12836
2.1846-2.3532	0.1669	134	0.1423	12771	12905
2.3532-2.59	0.1796	150	0.1502	12780	12930
2.59-2.9648	0.1628	145	0.1469	12834	12979
2.9648-3.735	0.1226	140	0.1286	12960	13100
3.735-44.8829	0.1431	145	0.1293	13368	13513

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.454	1.6623	0.7467	2.7096	1.3837	1.7383	-0.1431	0.2313	-0.0834	-0.3532	0.2293	-0.0333	0.0156	0.0857	-0.0508	0.0897	0.0043	0.0195	0.1057	-0.0266	0.1028	44.2828	-33.1367	-26.6055
2	1.2357	-0.1753	-0.0094	0.5309	-0.0849	0.3102	0.0047	0.0154	0.1143	-0.0096	-0.0018	0.0018	-0.0527	0.0083	-0.0105	0.1093	-0.0109	-0.0095	0.0848	0.0001	0.0876	34.0985	-12.9022	-11.7105
3	0.64	-0.0288	0.0878	0.1664	-0.0334	0.285	-0.0033	0.0237	0.0278	-0.0207	0.0092	0.0029	-0.0167	0.0087	-0.0086	0.0832	-0.0102	-0.0058	0.0586	0.0038	0.0751	32.3094	-20.2039	-19.0626
4	0.728	0.1655	-0.1862	1.064	-0.2998	0.281	-0.0346	0.0576	0.1162	-0.0786	0.0453	0.1273	-0.017	-0.0787	-0.0297	0.0881	-0.0105	-0.0147	0.1027	0.0289	0.1057	1.346	-19.2151	-23.6361
5	1.3321	-0.0041	0.0973	0.829	0.0036	0.6736	-0.0238	-0.035	0.0261	0.0185	0.0145	0.0271	-0.0094	-0.0285	-0.0053	0.0711	-0.0093	-0.0108	0.0684	0.0095	0.0697	13.8852	-25.092	-17.1937
6	3.5486	-1.7007	-0.0359	1.3745	-0.1937	0.1083	0.0204	0.1675	0.0088	-0.0488	-0.0023	0.0326	0.0017	0.0038	-0.0258	0.095	-0.0173	-0.009	0.0828	0.0086	0.0626	22.1275	-25.7855	-27.9733
7	2.239	0.2895	1.7972	1.5665	0.8934	3.1767	-0.0695	-0.1363	0.168	0.167	-0.0768	-0.0023	-0.2412	-0.1162	0.1154	0.0687	0.0203	0.0219	0.1144	-0.0307	0.0906	-4.8115	-42.386	-40.6671
8	1.9896	0.1379	-0.3238	0.6004	-0.1836	0.7415	-0.0463	0.2275	0.0681	-0.0782	0.0237	-0.0039	-0.013	-0.0127	0.019	0.0948	0.0085	-0.0196	0.1178	-0.0103	0.0741	5.2634	-46.8607	-65.4217
9	1.3081	0.012	0.6406	0.8235	-0.13	1.689	0.0261	0.1542	-0.0798	-0.1278	0.0021	0.038	0.034	-0.0048	-0.0124	0.0824	0.0018	-0.008	0.11	-0.0155	0.0986	3.1981	-52.3254	-60.0918
10	0.73	0.0256	-0.14	0.5351	-0.0826	0.6909	-0.0018	0.067	0.0456	-0.0009	-0.0138	0.0314	-0.0053	0.0109	0.0039	0.0662	0	-0.0124	0.0802	-0.0085	0.0728	0.2199	-47.1885	-52.6978
11	0.704	0.2228	-0.1283	0.305	-0.0885	0.3302	-0.0005	0.0827	0.1583	-0.0157	0.011	-0.033	-0.0804	0.0222	-0.0227	0.1158	-0.0066	-0.0136	0.1156	0.0057	0.1119	27.9209	-33.2452	-54.8043
12	1.2497	-0.0818	-0.2238	0.9318	0.4674	1.1395	-0.0088	-0.0162	-0.1044	0.0404	0.0309	-0.0004	0.0697	0.0026	0.018	0.0779	0.0032	-0.0086	0.0907	0.0046	0.0903	21.5274	-54.5159	-46.3833
13	1.2962	0.4136	-0.0565	0.9126	-0.2776	1.014	-0.0364	0.0829	0.0369	-0.0165	0.0158	-0.0354	-0.0032	0.0613	0.0159	0.0643	-0.0044	-0.0064	0.0883	-0.0062	0.0812	28.8969	-43.7281	-53.6953
14	3.5327	0.8222	-1.5546	0.423	-0.6195	0.9793	0.0345	-0.0019	0.1457	0.0124	-0.0283	0.0135	-0.0516	0.025	-0.0105	0.0844	0.0018	-0.018	0.0622	-0.0084	0.077	17.5616	-37.7962	-46.6648
15	2.1511	-1.4059	0.2961	3.6279	0.184	1.1482	-0.0907	-0.0161	0.2823	0.0184	0.0512	-0.0555	-0.2822	0.0119	0.0474	0.0828	-0.0395	-0.007	0.0858	0.0044	0.1841	23.3846	-60.4236	-12.8078
16	2.0691	0.1035	-0.4835	0.6719	-0.2388	0.6439	-0.0515	-0.0972	-0.0732	0.0531	0.043	-0.0006	0.0179	-0.0051	-0.0019	0.0984	0.0038	-0.0088	0.086	-0.0073	0.0816	12.9088	-83.8971	-4.7454
17	0.9149	0.0763	0.0758	0.6888	-0.1166	0.7693	-0.0197	-0.0049	-0.0064	-0.0188	0.0232	0.0015	0.0051	-0.0107	-0.0021	0.061	0.0021	0.0016	0.0726	-0.008	0.0791	16.9373	-76.7078	-11.5358
18	1.8485	0.3038	0.2738	0.3957	0.0041	0.0613	-0.1217	-0.3614	0.0735	0.0583	0.0516	0.0289	0.0266	-0.0579	0.0569	0.14	0.0371	0.0081	0.1817	-0.0295	0.1305	-4.4825	-67.3477	3.1
19	2.3749	0.3533	-0.413	1.1677	0.0335	0.9996	-0.0337	0.1879	-0.0089	-0.0822	0.0032	0.0426	-0.0117	-0.0698	0.0257	0.0799	0.0048	-0.0366	0.1065	0.0042	0.0807	-12.0823	-70.3786	-20.2596
20	1.6887	0.3632	0.0082	2.2565	-0.1932	1.3315	-0.0746	0.1017	-0.0025	-0.1563	0.0699	-0.039	0.0197	-0.0489	0.003	0.0521	0.0076	-0.0093	0.0882	-0.0015	0.0666	-0.9117	-73.3221	-18.9866
21	1.6609	0.0738	0.0414	1.0613	-0.101	1.17	-0.0429	-0.1603	0.0825	0.0592	0.0025	0.0615	-0.0175	-0.0655	0.039	0.0569	0.0098	0.0048	0.093	-0.0149	0.0871	-9.3696	-69.8677	-5.9899
22	3.5613	-0.1784	-0.8576	0.6727	0.3125	1.4573	-0.0302	-0.0543	0.2197	-0.0055	0.0422	-0.0213	-0.0258	-0.0264	-0.008	0.0816	-0.0006	-0.0222	0.0617	-0.0105	0.1035	9.6482	-61.9183	-11.1431

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 59 )	A	26 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 116 )	A	60 - 116
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 117 through 234 )	A	117 - 234
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 235 through 257 )	A	235 - 257
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 258 through 359 )	A	258 - 359
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 360 through 410 )	A	360 - 410
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 26 through 59 )	B	26 - 59
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 60 through 116 )	B	60 - 116
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 117 through 150 )	B	117 - 150
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 151 through 198 )	B	151 - 198
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 199 through 257 )	B	199 - 257
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 258 through 296 )	B	258 - 296
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 297 through 358 )	B	297 - 358
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 359 through 410 )	B	359 - 410
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 26 through 59 )	C	26 - 59
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 60 through 116 )	C	60 - 116
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 117 through 198 )	C	117 - 198
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 199 through 246 )	C	199 - 246
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 247 through 274 )	C	247 - 274
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 275 through 296 )	C	275 - 296
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 297 through 386 )	C	297 - 386
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 387 through 410 )	C	387 - 410

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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