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- PDB-5gw7: Crystal structure of the glycosynthase mutant E727A of Escherichi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gw7
タイトルCrystal structure of the glycosynthase mutant E727A of Escherichia coli GH63 glycosidase in complex with glucose and lactose
要素Glucosidase YgjK
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / GH63 ALPHA / ALPHA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosidase complex / alpha,alpha-trehalase activity / trehalose catabolic process / glucosidase activity / oligosaccharide catabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / DNA damage response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L30p/L7e / : / Glucosidase YgjK, N-terminal / putative glycoside hydrolase family protein from bacillus halodurans / Helix Hairpins - #100 / Glycoside hydrolase, family 37 / Mannosylglycerate hydrolase MGH1-like glycoside hydrolase domain / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Glycosyltransferase - #10 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 ...Ribosomal protein L30p/L7e / : / Glucosidase YgjK, N-terminal / putative glycoside hydrolase family protein from bacillus halodurans / Helix Hairpins - #100 / Glycoside hydrolase, family 37 / Mannosylglycerate hydrolase MGH1-like glycoside hydrolase domain / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Glycosyltransferase - #10 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Distorted Sandwich / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-lactose / beta-D-glucopyranose / Glucosidase YgjK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Miyazaki, T. / Tonozuka, T.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the enzyme-product complex reveals sugar ring distortion during catalysis by family 63 inverting alpha-glycosidase
著者: Miyazaki, T. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T.
履歴
登録2016年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2016年10月12日ID: 5CA4
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / diffrn_source
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucosidase YgjK
B: Glucosidase YgjK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,06710
ポリマ－171,8942
非ポリマー1,1748
水12,394688
1
A: Glucosidase YgjK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5345
ポリマ－85,9471
非ポリマー5874
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area27080 Å2
手法PISA
2
B: Glucosidase YgjK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5345
ポリマ－85,9471
非ポリマー5874
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area27640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.740, 137.069, 81.599
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glucosidase YgjK


分子量: 85946.781 Da / 分子数: 2 / 変異: E727A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: ygjK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P42592, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 692分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 12% PEG 8000, 0.4 M magnesium chloride, 100 mM Tris-HCl buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 60457 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W7T

3w7t


解像度: 2.2→47.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 6.217 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.526 / ESU R Free: 0.224 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20847 3005 5 %RANDOM
Rwork0.15423 ---
obs0.15693 57424 97.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.506 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å20.03 Å2
2---0.03 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12127 0 74 688 12889
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212589
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3041.93917128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.756326470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.43451530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.2524.322634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.776152011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6151575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21795
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02114507
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023072
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5473.1176093
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5443.1166092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4024.677620
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4024.6717621
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9383.3356496
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9383.3356497
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1534.9049505
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.57525.37315780
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.50325.29815601
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 198 -
Rwork0.196 3829 -
obs--87.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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