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- PDB-5gw1: Crystal structure of SNX16 PX-Coiled coil in space group P212121 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gw1
タイトルCrystal structure of SNX16 PX-Coiled coil in space group P212121
要素Sorting nexin-16
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Sortin nexin / PX domain / Endosome sorting
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of endosome membrane / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / endosome to lysosome transport / phosphatidylinositol binding / late endosome / late endosome membrane / early endosome membrane / early endosome / lysosome ...extrinsic component of endosome membrane / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / endosome to lysosome transport / phosphatidylinositol binding / late endosome / late endosome membrane / early endosome membrane / early endosome / lysosome / intracellular membrane-bounded organelle / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
SNX16, PX domain / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Xu, J. / Liu, J.
引用ジャーナル: Structure / : 2017
タイトル: SNX16 Regulates the Recycling of E-Cadherin through a Unique Mechanism of Coordinated Membrane and Cargo Binding.
著者: Xu, J. / Zhang, L. / Ye, Y. / Shan, Y. / Wan, C. / Wang, J. / Pei, D. / Shu, X. / Liu, J.
履歴
登録2016年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-16
B: Sorting nexin-16
C: Sorting nexin-16
D: Sorting nexin-16
E: Sorting nexin-16
F: Sorting nexin-16
G: Sorting nexin-16
H: Sorting nexin-16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,6098
ポリマ-171,6098
非ポリマー00
00
1
A: Sorting nexin-16
B: Sorting nexin-16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9022
ポリマ-42,9022
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area22120 Å2
手法PISA
2
C: Sorting nexin-16
D: Sorting nexin-16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9022
ポリマ-42,9022
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area22430 Å2
手法PISA
3
E: Sorting nexin-16
F: Sorting nexin-16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9022
ポリマ-42,9022
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area23350 Å2
手法PISA
4
G: Sorting nexin-16
H: Sorting nexin-16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9022
ポリマ-42,9022
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area22790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.670, 133.060, 215.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Sorting nexin-16


分子量: 21451.066 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP RESIDUES 100-278 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P57768

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.32 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 31mM Citric, 69mM Bis-tris Propanol, 18% PEG 5000, 70mM NaF, 2mM TCEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→61.91 Å / Num. obs: 32016 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 106.23 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 139054 / Scaling rejects: 25
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.35-3.534.50.7042058546050.6830.3710.7992.599.9
10.59-61.9140.057427010810.9860.0320.06643.396.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.12データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Aimlessデータ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 3.35→19.995 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.86 / 位相誤差: 31.23
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2863 2960 4.95 %
Rwork0.2572 --
obs0.2586 31948 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 248.02 Å2 / Biso mean: 87.54 Å2 / Biso min: 9.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.35→19.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11563 0 0 0 11563
残基数----1381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811801
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.46815890
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811724
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062051
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8964618
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3501-3.40470.44051330.346927792912100
3.4047-3.46310.36961450.355327072852100
3.4631-3.52580.35291530.3326582811100
3.5258-3.59320.31241750.31522707288299
3.5932-3.66610.32581310.294427142845100
3.6661-3.74530.3191580.303726902848100
3.7453-3.83190.37711310.29872723285499
3.8319-3.9270.30071590.300527082867100
3.927-4.03230.30361240.27827332857100
4.0323-4.14990.32581280.2782712284099
4.1499-4.28260.28281240.269527072831100
4.2826-4.43410.27611450.26422700284599
4.4341-4.60960.30611570.25282700285799
4.6096-4.81660.30111310.24752704283599
4.8166-5.06660.27891580.24312709286799
5.0666-5.37820.30871580.26542672283099
5.3782-5.78410.31021400.28262652279298
5.7841-6.34920.34381280.28782677280598
6.3492-7.22970.27581350.261927012836100
7.2297-8.96970.24321130.227127572870100
8.9697-19.9950.19151340.17672686282099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.47730.03250.01661.8122-0.57011.2577-0.00540.02290.0474-0.70170.2372-0.4677-0.05730.5025-0.53390.61260.04950.1420.6499-0.56790.2594-21.27348.216749.3881
21.49540.14490.42480.77920.30480.76120.49860.3285-0.4009-0.33770.0382-0.10490.43530.24550.49160.32750.00390.14920.0449-0.7505-0.4771-24.19743.390344.0865
31.05190.40450.16461.3675-1.04373.64240.29850.19870.5624-0.28790.6408-0.4066-0.670.26497.09360.3455-0.07420.1980.1664-0.904-0.2032-23.83256.222544.6861
40.7290.48880.81590.43420.52530.7446-0.15891.0106-0.1015-0.4103-0.0318-0.29250.03640.6009-0.06861.1261-0.0597-0.12060.8983-0.2830.8581-34.07492.3128.4223
50.4401-0.2545-0.20670.3171-0.17570.59490.29530.11920.2238-0.3576-0.17190.619-1.7792-0.36820.00562.1643-0.51960.33331.3325-0.35841.2893-8.222334.118620.9456
62.9611-0.11020.05490.00610.00420.0047-0.49180.6970.804-0.74370.1614-0.0968-1.1145-0.0476-0.06212.4315-0.35780.27150.68050.04010.8482-9.865538.226819.5017
70.6888-0.00190.02220.1178-0.12960.61510.1930.3738-0.0475-0.3533-0.16260.4058-0.7772-0.40651.06921.84950.10120.19680.6603-0.14910.8726-20.63126.63112.789
81.75840.55-1.2950.7687-0.31810.98320.4297-0.59620.2327-0.4783-0.3406-0.0484-1.9740.440.00851.9741-0.36840.06440.7342-0.1310.9561-12.718330.511515.7299
90.53360.27530.15210.18470.22750.21340.254-0.3170.37910.4354-0.38060.43990.5465-1.0416-0.0020.9965-0.1173-0.09750.8343-0.00860.6291-38.15653.27814.4392
107.07680.55611.41540.05-0.00942.86240.47970.29272.0150.42720.12270.5257-2.116-0.5977-0.48691.44350.19510.28541.38950.47030.9637-43.105989.778743.3803
112.466-0.70270.30421.6242-1.00292.88810.36320.5501-0.2424-0.19180.1811-0.60310.7615-0.32630.06670.3196-0.0502-0.09010.18230.2454-0.0329-44.393771.855536.9312
124.35952.1261-1.09391.0366-0.53380.2739-0.2541-0.9329-1.60530.053-0.9966-0.56970.9035-0.0285-0.37061.90990.3229-0.24540.838-0.05821.0482-35.878955.748334.6648
132.390.788-1.41811.4731-0.02733.01170.32050.3451-0.2666-0.30910.16610.14190.5987-0.48620.2170.2962-0.01120.0830.59320.27040.1353-45.520874.97937.4275
140.17630.0068-0.14410.1448-0.25030.3793-0.50810.7827-1.4472-0.4086-0.2719-0.01510.5966-0.7901-0.01051.1777-0.31210.10581.2163-0.02160.8007-34.24566.1890.8735
152.37940.97290.340.4379-0.03370.7511-0.23150.1414-0.0962-0.0519-0.5043-0.11350.6525-0.3922-4.84392.388-1.36340.1781.83920.01320.9304-61.615833.704816.3124
161.9484-0.93351.31910.5067-0.60411.1110.685-0.7803-0.0541-0.0579-0.73520.05580.58590.73330.4322.5399-0.54790.33171.53180.0070.781-59.853640.540924.3468
171.52731.0727-1.62721.2999-2.62156.9754-0.5594-0.0483-0.93140.425-0.3087-0.35751.42660.4485-0.40051.7805-0.6647-0.02451.0126-0.08030.991-51.175341.649515.2269
181.1529-0.70731.24341.38610.09652.12151.33860.39120.2323-0.8280.206-0.03181.35370.13690.25781.3602-0.111-0.05860.68320.00670.9819-53.005543.76843.8474
190.0123-0.0110.00130.04010.03450.03680.71340.11010.01240.16210.2141.3311-0.39-0.56080.00022.6661-0.1294-0.2911.8384-0.06491.8331-62.823856.138815.6085
202.4211-0.884-1.05880.69980.38810.46920.516-0.42170.1714-0.0979-0.74130.1462-0.0937-0.82780.38321.9468-0.3592-0.42421.2838-0.17510.6979-62.11140.853310.5681
210.25240.24610.13250.23380.12890.06660.9676-0.5131-0.76890.9908-1.1760.47431.1928-0.5658-0.00582.2602-0.1806-0.23451.1878-0.21571.3994-49.507431.242818.9441
220.73480.0676-0.09090.04360.15410.461-0.02790.1063-0.86130.69460.1971-0.61230.037-0.24720.00661.4961-0.15580.33151.1297-0.0840.7613-34.314361.319411.9081
230.0727-0.0164-0.02520.00610.01490.0527-0.73350.0870.2569-0.1833-0.3922-0.0479-0.2517-0.2885-0.00361.077-0.04790.01520.9114-0.32680.8102-15.146284.7469-14.3338
240.04430.46070.05734.27070.64090.08110.55311.1606-0.2704-1.54830.1098-0.03310.88152.28590.40261.22690.8110.15932.4235-0.00671.0661-58.076393.60912.5514
250.0663-0.3564-0.15032.00431.01710.89930.35371.1947-0.07371.45060.0035-0.72811.81621.17330.01561.62420.7276-0.05331.9867-0.16221.5901-58.90982.395920.0417
264.99372.54152.15662.60631.55731.4149-0.64522.0690.3042-1.1874-0.7114-1.0643-0.64440.9828-0.54141.51850.8210.09312.14630.22411.199-65.00289.15576.5957
27-0.00420.1274-0.03590.1908-0.06960.01360.6835-0.4706-0.19320.6375-0.2180.76371.212-0.2747-0.00022.3949-0.0652-0.04551.30680.22391.691-84.733362.291131.5867
284.5241-0.13181.23294.5353-0.62312.50180.04680.2260.11270.34270.1735-0.01230.41890.11060.0573-0.19630.06180.10580.1741-0.0380.0785-95.76295.493228.3441
29-0.08540.01-0.0141-0.0111-0.0459-0.05410.2239-0.5176-0.65370.2753-0.3412-2.11591.4926-0.29610.00942.1316-0.159-0.02040.890.38292.3697-77.49662.265535.3476
300.9941-0.1354-0.27550.6711-0.2491.16740.877-1.7683-1.13640.9354-0.1502-0.51150.0835-1.32790.00720.6971-0.1024-0.16560.94710.12691.0605-46.8344107.8641.7799
312.7644-0.3429-0.35523.27530.43392.03710.1016-0.6442-0.96230.2520.00760.46270.5527-0.5448-0.00770.2915-0.0545-0.20610.8977-0.07690.7679-46.6504115.102142.6498
32-0.0423-0.03260.04260.1297-0.26550.61620.1229-0.68831.3954-0.31230.48150.3771-1.33930.80960.38762.0155-0.51190.12961.2717-0.50462.4516-64.929147.120342.227
335.4157-1.054-0.34892.7115-0.07550.03970.37290.72490.6515-0.9553-0.02090.20560.05590.27630.09950.6926-0.26130.2880.4952-0.36860.7442-85.7695116.767825.4672
341.64390.6571-1.20521.7341-0.28162.04870.06640.84550.4467-0.1272-0.03470.2127-0.67940.09480.01260.38490.09410.00370.3476-0.02240.7395-80.7795123.491625.6317
351.15110.53980.69160.42610.23150.46871.3412-0.5878-0.51550.65790.7967-1.43210.38170.42140.04641.4739-0.1498-0.14981.1924-0.11571.1618-78.0098118.855743.7471
361.2633-0.17720.6030.69390.82191.5491-0.66980.06621.3229-0.4904-0.25480.0547-0.3821-0.2858-2.45260.78720.0694-0.12940.125-0.33260.7342-83.4299122.889223.0042
370.44470.51510.40630.48410.40260.32280.8193-0.27750.45710.85680.2985-1.1675-0.90690.5110.03641.6877-0.34590.37521.2615-0.30511.7961-58.8506143.600337.8098
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 104 through 122 )A104 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 123 through 168 )A123 - 168
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 169 through 232 )A169 - 232
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 233 through 278 )A233 - 278
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 105 through 122 )B105 - 122
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 123 through 145 )B123 - 145
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 146 through 158 )B146 - 158
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 159 through 232 )B159 - 232
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 233 through 277 )B233 - 277
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 103 through 110 )E103 - 110
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 111 through 168 )E111 - 168
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 169 through 177 )E169 - 177
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 178 through 232 )E178 - 232
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 233 through 278 )E233 - 278
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 105 through 117 )F105 - 117
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 118 through 138 )F118 - 138
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 139 through 158 )F139 - 158
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 159 through 168 )F159 - 168
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 169 through 180 )F169 - 180
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 181 through 197 )F181 - 197
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 198 through 224 )F198 - 224
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 225 through 272 )F225 - 272
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 273 through 278 )F273 - 278
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 109 through 140 )G109 - 140
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 141 through 206 )G141 - 206
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 207 through 232 )G207 - 232
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 233 through 277 )G233 - 277
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 106 through 232 )H106 - 232
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 233 through 278 )H233 - 278
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 103 through 131 )C103 - 131
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 132 through 232 )C132 - 232
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'C' and (resid 233 through 278 )C233 - 278
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 106 through 119 )D106 - 119
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 120 through 168 )D120 - 168
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 169 through 177 )D169 - 177
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 178 through 227 )D178 - 227
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 228 through 277 )D228 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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