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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gw1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SNX16 PX-Coiled coil in space group P212121 | ||||||
![]() | Sorting nexin-16 | ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / Sortin nexin / PX domain / Endosome sorting | ||||||
機能・相同性 | ![]() extrinsic component of endosome membrane / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / endosome to lysosome transport / phosphatidylinositol binding / late endosome / late endosome membrane / early endosome membrane / early endosome / lysosome ...extrinsic component of endosome membrane / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / endosome to lysosome transport / phosphatidylinositol binding / late endosome / late endosome membrane / early endosome membrane / early endosome / lysosome / intracellular membrane-bounded organelle / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, J. / Liu, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: SNX16 Regulates the Recycling of E-Cadherin through a Unique Mechanism of Coordinated Membrane and Cargo Binding. 著者: Xu, J. / Zhang, L. / Ye, Y. / Shan, Y. / Wan, C. / Wang, J. / Pei, D. / Shu, X. / Liu, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 584.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 509.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 490.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 526.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 50 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 67.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21451.066 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP RESIDUES 100-278 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.32 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 31mM Citric, 69mM Bis-tris Propanol, 18% PEG 5000, 70mM NaF, 2mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.35→61.91 Å / Num. obs: 32016 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 106.23 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 139054 / Scaling rejects: 25 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.35→19.995 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.86 / 位相誤差: 31.23 詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 248.02 Å2 / Biso mean: 87.54 Å2 / Biso min: 9.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.35→19.995 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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