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万見
- PDB-5gve: Human TOP3B-TDRD3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gve
タイトルHuman TOP3B-TDRD3 complex
要素
  • DNA topoisomerase 3-beta-1
  • Tudor domain-containing protein 3
キーワードISOMERASE/PROTEIN BINDING / Topoisomerase / scaffold / ISOMERASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase III-beta-TDRD3 complex / DNA topoisomerase activity / DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / condensed chromosome / methylated histone binding / chromosome segregation / chromatin organization / DNA recombination ...DNA topoisomerase III-beta-TDRD3 complex / DNA topoisomerase activity / DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / condensed chromosome / methylated histone binding / chromosome segregation / chromatin organization / DNA recombination / transcription coactivator activity / DNA repair / chromatin binding / Golgi apparatus / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Tudor domain-containing protein 3, UBA domain / DNA topoisomerase 3-like, TOPRIM domain / RecQ mediated genome instability protein 1, N-terminal / RecQ mediated genome instability protein, N-terminal OB-fold superfamily / RMI1, N-terminal OB-fold domain / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 ...: / Tudor domain-containing protein 3, UBA domain / DNA topoisomerase 3-like, TOPRIM domain / RecQ mediated genome instability protein 1, N-terminal / RecQ mediated genome instability protein, N-terminal OB-fold superfamily / RMI1, N-terminal OB-fold domain / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / Topoisomerase (Topo) IA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNA topoisomerase / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / Tudor domain / Tudor domain profile. / TOPRIM / UBA/TS-N domain / Tudor domain / Tudor domain / Ubiquitin associated domain / Toprim domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / UBA-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 3-beta-1 / Tudor domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.606 Å
データ登録者Goto-Ito, S. / Yamagata, A. / Sato, Y. / Takahashi, T.S. / Fukai, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural basis of the interaction between Topoisomerase III beta and the TDRD3 auxiliary factor
著者: Goto-Ito, S. / Yamagata, A. / Takahashi, T.S. / Sato, Y. / Fukai, S.
履歴
登録2016年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 3-beta-1
B: Tudor domain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9673
ポリマ－86,9422
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area37820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.563, 173.563, 111.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 3-beta-1 / DNA topoisomerase III beta-1


分子量: 69163.969 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-612 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOP3B, TOP3B1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O95985, DNA topoisomerase
#2: タンパク質 Tudor domain-containing protein 3


分子量: 17778.318 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-161 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDRD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H7E2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 50 mM Na-cacodylate, 10 mM MgSO4, 1.7 M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 22224 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9 % / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 3.6→3.66 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GVC, 5GVD

5gvc

5gvd


解像度: 3.606→46.997 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 24.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2452 1134 5.11 %
Rwork0.1981 --
obs0.2004 22208 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.606→46.997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6082 0 1 0 6083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046208
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1358399
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5162325
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079938
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041087
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6057-3.76980.33531350.27192625X-RAY DIFFRACTION100
3.7698-3.96840.28761430.24112608X-RAY DIFFRACTION100
3.9684-4.21690.25821480.21042620X-RAY DIFFRACTION100
4.2169-4.54230.20931370.17052609X-RAY DIFFRACTION100
4.5423-4.99890.22441420.1762639X-RAY DIFFRACTION100
4.9989-5.72120.29131520.19772624X-RAY DIFFRACTION100
5.7212-7.20390.28391450.222646X-RAY DIFFRACTION100
7.2039-47.00120.19821320.17872703X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.0221 Å / Origin y: -51.7221 Å / Origin z: 0.4102 Å
111213212223313233
T1.5584 Å2-0.5168 Å20.112 Å2-1.0689 Å2-0.003 Å2--1.1073 Å2
L0.777 °20.922 °21.2205 °2-1.4405 °21.6754 °2--1.6832 °2
S-0.1472 Å °0.3326 Å °-0.0442 Å °-0.2489 Å °0.278 Å °-0.0259 Å °0.3492 Å °-0.0163 Å °-0.1279 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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