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- PDB-5gvc: Human Topoisomerase IIIb topo domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gvc
タイトルHuman Topoisomerase IIIb topo domain
要素DNA topoisomerase 3-beta-1
キーワードISOMERASE / Topoisomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase III-beta-TDRD3 complex / DNA topoisomerase activity / DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / condensed chromosome / chromosome segregation / DNA recombination / DNA repair / DNA binding ...DNA topoisomerase III-beta-TDRD3 complex / DNA topoisomerase activity / DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / condensed chromosome / chromosome segregation / DNA recombination / DNA repair / DNA binding / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase 3-like, TOPRIM domain / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. ...DNA topoisomerase 3-like, TOPRIM domain / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / Topoisomerase (Topo) IA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNA topoisomerase / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 3-beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.436 Å
データ登録者Goto-Ito, S. / Yamagata, A. / Sato, Y. / Takahashi, T.S. / Fukai, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural basis of the interaction between Topoisomerase III beta and the TDRD3 auxiliary factor
著者: Goto-Ito, S. / Yamagata, A. / Takahashi, T.S. / Sato, Y. / Fukai, S.
履歴
登録2016年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 3-beta-1
B: DNA topoisomerase 3-beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,6854
ポリマ－138,6362
非ポリマー492
水7,404411
1
A: DNA topoisomerase 3-beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3422
ポリマ－69,3181
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area29000 Å2
手法PISA
2
B: DNA topoisomerase 3-beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3422
ポリマ－69,3181
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area28290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.088, 93.665, 91.608
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 3-beta-1 / DNA topoisomerase III beta-1


分子量: 69318.133 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-612 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOP3B, TOP3B1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O95985, EC: 5.99.1.2
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES-Na, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: CMOS / 日付: 2014年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 55090 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.44→2.48 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CGY

4cgy


解像度: 2.436→49.718 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 24.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2292 2793 5.07 %
Rwork0.182 --
obs0.1844 55088 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.436→49.718 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9591 0 2 411 10004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029800
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68513254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5943669
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0251467
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031714
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4357-2.47770.29681360.23912406X-RAY DIFFRACTION91
2.4777-2.52270.31891320.24342617X-RAY DIFFRACTION100
2.5227-2.57120.30221420.23332635X-RAY DIFFRACTION100
2.5712-2.62370.28711280.22522629X-RAY DIFFRACTION99
2.6237-2.68080.27081500.21782631X-RAY DIFFRACTION99
2.6808-2.74310.28251280.20992594X-RAY DIFFRACTION99
2.7431-2.81170.26881330.21792595X-RAY DIFFRACTION99
2.8117-2.88770.24991310.2172592X-RAY DIFFRACTION98
2.8877-2.97270.26431550.22052629X-RAY DIFFRACTION100
2.9727-3.06860.28621390.2252625X-RAY DIFFRACTION100
3.0686-3.17830.32171590.22752609X-RAY DIFFRACTION99
3.1783-3.30550.26031400.21662616X-RAY DIFFRACTION99
3.3055-3.45590.27011500.1982605X-RAY DIFFRACTION99
3.4559-3.63810.20491380.17952593X-RAY DIFFRACTION98
3.6381-3.86590.22191320.16822645X-RAY DIFFRACTION100
3.8659-4.16430.19911450.15452661X-RAY DIFFRACTION99
4.1643-4.58310.16711320.1362617X-RAY DIFFRACTION99
4.5831-5.24560.191550.14462629X-RAY DIFFRACTION99
5.2456-6.60650.20451400.15862660X-RAY DIFFRACTION99
6.6065-49.72820.14171280.13752707X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.4613 Å / Origin y: 17.4944 Å / Origin z: -15.61 Å
111213212223313233
T0.224 Å2-0.0133 Å2-0.0009 Å2-0.262 Å2-0.0028 Å2--0.2819 Å2
L0.0532 °2-0.1396 °20.0618 °2-0.3285 °2-0.1926 °2--0.2219 °2
S0.0207 Å °0.0168 Å °-0.015 Å °0.0001 Å °-0.0081 Å °0.0856 Å °0.0079 Å °-0.0227 Å °-0.0105 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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