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- PDB-3uvf: Expanding LAGALIDADG endonuclease scaffold diversity by rapidly s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uvf
タイトルExpanding LAGALIDADG endonuclease scaffold diversity by rapidly surveying evolutionary sequence space
要素
  • (synthetic oligo) x 2
  • Intron-encoded DNA endonuclease I-HjeMI
キーワードHYDROLASE/DNA / LAGLIDAGD endonuclease / Hydrolase / Divalent metal ions / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Roll / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Trichoderma reesei (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Jacoby, K. / Metzger, M. / Shen, B. / Jarjour, J. / Stoddard, B. / Scharenberg, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Expanding LAGLIDADG endonuclease scaffold diversity by rapidly surveying evolutionary sequence space.
著者: Jacoby, K. / Metzger, M. / Shen, B.W. / Certo, M.T. / Jarjour, J. / Stoddard, B.L. / Scharenberg, A.M.
履歴
登録2011年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Database references
改定 1.22012年7月18日Group: Structure summary
改定 1.32012年8月1日Group: Structure summary
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intron-encoded DNA endonuclease I-HjeMI
C: synthetic oligo
D: synthetic oligo
B: Intron-encoded DNA endonuclease I-HjeMI
E: synthetic oligo
F: synthetic oligo
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,45718
ポリマ－93,6736
非ポリマー78412
水3,135174
1
A: Intron-encoded DNA endonuclease I-HjeMI
C: synthetic oligo
D: synthetic oligo
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0637
ポリマ－46,8363
非ポリマー2264
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8450 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area18400 Å2
手法PISA
2
B: Intron-encoded DNA endonuclease I-HjeMI
E: synthetic oligo
F: synthetic oligo
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,39411
ポリマ－46,8363
非ポリマー5588
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8890 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area18760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.591, 73.592, 82.031
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-503-

PEG

詳細monomer

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Intron-encoded DNA endonuclease I-HjeMI / COB intron protein / mRNA maturase bI1 / Truncated non-functional cytochrome b / DNA ...COB intron protein / mRNA maturase bI1 / Truncated non-functional cytochrome b / DNA endonuclease/RNA maturase I-AniI


分子量: 29624.334 Da / 分子数: 2 / 断片: I-HjeMI / 変異: L232K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichoderma reesei (菌類) / 遺伝子: I-AniI / プラスミド: pET15b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL+ / 参照: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#2: DNA鎖 synthetic oligo


分子量: 8692.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligo
#3: DNA鎖 synthetic oligo


分子量: 8519.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligo

-
非ポリマー , 5種, 186分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
PH範囲: pH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月4日 / 詳細: Si(220), asymmetric curved crystal
放射モノクロメーター: Rh/Pt coated mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→48.71 Å / Num. all: 22753 / Num. obs: 22602 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.49-2.585.30.2515.45193.7
2.58-2.686.10.2167.36194.6
2.68-2.86.30.16610196.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3EH8

3eh8


解像度: 3→48.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.757 / SU B: 67.219 / SU ML: 0.568 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.646 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37811 1155 5.1 %RANDOM
Rwork0.27974 ---
obs0.28488 21446 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.954 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4182 2284 40 174 6680
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0226863
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0042.3949725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.965510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.67523.968189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.36215829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3051521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it01.52537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it024114
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it034326
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it04.55610
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.528 82 -
Rwork0.319 1542 -
obs--97.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.13950.5273-0.872.23080.06350.73580.0319-0.0884-0.068-0.1017-0.057-0.50430.04210.07020.02520.30250.00750.03910.42990.04750.7278-36.8817.856-43.568
24.38450.43561.11351.0950.40491.26870.04020.05260.1206-0.0448-0.0172-0.1394-0.0033-0.1039-0.0230.6713-0.02320.02790.7669-0.00830.99-21.96918.909-83.976
36.32920.2217-0.71461.6220.03071.02980.1071-0.6793-0.1460.1107-0.0381-0.43040.02710.1262-0.0690.3645-0.0048-0.00170.51280.0030.8129-37.21320.565-32.97
48.23430.078-0.97242.26250.15370.69740.0461-0.43050.39620.0944-0.0062-0.3148-0.0738-0.0285-0.03980.3583-0.0076-0.00190.52680.05440.6996-39.5820.875-33.307
58.7338-0.2744-0.19950.76390.02670.6178-0.2133-0.68760.32830.03430.0381-0.20280.0811-0.20120.17520.78150.00610.04760.8765-0.04250.9992-21.36116.197-73.588
68.4639-0.23470.08160.0892-0.15630.2957-0.0592-0.4637-0.4104-0.03710.0113-0.04670.04230.06510.04790.69520.03310.04510.9708-0.05641.2551-19.03315.886-74.033
70.3539-0.0041-0.26590.02080.04480.4186-0.02120.00420.06140.00020.0756-0.01540.09450.0003-0.05440.34390.03570.01390.48350.02520.6687-23.52919.081-61.882
88.0499-2.3141-10.606112.65130.459814.9546-0.0778-0.7693-0.1194-1.4733-0.2508-0.04310.16960.51650.32860.36220.2139-0.24221.14580.01850.41551.3714.902-80.06
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 256
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 303
3X-RAY DIFFRACTION2B2 - 256
4X-RAY DIFFRACTION2B301
5X-RAY DIFFRACTION2E501 - 502
6X-RAY DIFFRACTION3C401 - 428
7X-RAY DIFFRACTION4D501 - 528
8X-RAY DIFFRACTION5E401 - 428
9X-RAY DIFFRACTION6F501 - 528
10X-RAY DIFFRACTION7C501 - 526
11X-RAY DIFFRACTION7E601 - 626
12X-RAY DIFFRACTION7A401 - 443
13X-RAY DIFFRACTION7B401 - 444
14X-RAY DIFFRACTION7D601 - 609
15X-RAY DIFFRACTION7F701 - 726
16X-RAY DIFFRACTION8A304
17X-RAY DIFFRACTION8B302 - 304
18X-RAY DIFFRACTION8E503
19X-RAY DIFFRACTION8F601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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