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- PDB-5gun: Crystal structure of d(GTGGAATGGAAC) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gun
タイトルCrystal structure of d(GTGGAATGGAAC)
要素DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*C)-3')
キーワードDNA / (GGA) motif / DNA expansion in SCA31 patient
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.588 Å
データ登録者Satange, R.B. / Kao, Y.F. / Hou, M.H.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Parity-dependent hairpin configurations of repetitive DNA sequence promote slippage associated with DNA expansion
著者: Huang, T.Y. / Chang, C.K. / Kao, Y.F. / Chin, C.H. / Ni, C.W. / Hsu, H.Y. / Hu, N.J. / Hsieh, L.C. / Chou, S.H. / Lee, I.R. / Hou, M.H.
履歴
登録2016年8月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年8月30日ID: 4RZN
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,98014
ポリマ－22,5096
非ポリマー4718
水25214
1
A: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6805
ポリマ－7,5032
非ポリマー1773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6214
ポリマ－7,5032
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6805
ポリマ－7,5032
非ポリマー1773
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.993, 61.993, 208.727
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*C)-3')


分子量: 3751.466 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50mM sodium cacodylate, 10mM magnesium chloride, 5mM cobalt(II) chloride, 1mM spermine, 8% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.8563, 0.9189, 0.9195
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月13日
放射モノクロメーター: LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.85631
20.91891
30.91951
反射解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 7937 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 33 % / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.58→2.67 Å / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.588→37.419 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2875 365 4.62 %
Rwork0.2429 --
obs0.2449 7894 97.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.588→37.419 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1500 8 14 1522
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5192610
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d33.131696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00272
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5878-2.96210.34041100.31032339X-RAY DIFFRACTION95
2.9621-3.73140.28661360.21532484X-RAY DIFFRACTION99
3.7314-37.4230.27221190.24382706X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6428-0.87760.83510.6922-0.35710.5190.03120.82470.5362-0.20790.28290.267-0.2093-0.1493-0.26070.43090.1473-0.11870.77740.15320.77120.8633-12.9574-0.1204
22.3185-0.77340.84640.2845-0.2970.4829-0.18990.76770.3025-0.32020.30890.8257-0.2727-0.2056-0.04350.18360.1276-0.42510.60030.14271.0201-0.6725-13.59440.4397
31.6020.17830.63290.08030.25751.00280.05820.0840.6141-0.345-0.3613-0.2699-0.29980.1783-0.33120.1873-0.12650.27330.90080.18070.815121.583-7.681810.8155
43.05350.9961-0.11570.81860.14410.09170.2276-0.18430.3548-0.1774-0.7291-0.555-0.2470.6108-0.06180.3356-0.19830.04610.85560.24440.577723.2246-8.408310.711
52.7144-0.31630.26050.2339-0.10830.085-0.32650.18790.09480.17330.1366-0.1804-0.40970.32450.08810.2949-0.0803-0.1041.10670.12820.9812-20.6216-21.799211.4351
62.5331-0.41650.36690.0348-0.05710.0534-0.1855-0.19540.3635-0.1498-0.24230.4248-0.2121-0.15550.04090.223-0.1015-0.22051.1264-0.12251.0714-18.9936-22.487910.4675
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 12 )A1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 13 through 24 )B13 - 24
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 25 through 36 )C25 - 36
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 37 through 48 )D37 - 48
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 49 through 60 )E49 - 60
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 61 through 72 )F61 - 72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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