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- PDB-5gtd: o-Succinylbenzoate CoA Synthetase (MenE) from Bacillus Subtilis i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gtd
タイトルo-Succinylbenzoate CoA Synthetase (MenE) from Bacillus Subtilis in Complex with the Acyl-adenylate Intermediate OSB-AMP
要素2-succinylbenzoate--CoA ligase
キーワードLIGASE / Adenylate-forming Enzyme / adenylate intermdiate / OSBAMP / in-line backside nucleophilic substitution / strained conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


o-succinylbenzoate-CoA ligase / o-succinylbenzoate-CoA ligase activity / CoA-ligase activity / menaquinone biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
2-succinylbenzoate--CoA ligase / : / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase ...2-succinylbenzoate--CoA ligase / : / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / IMIDAZOLE / 2-SUCCINYLBENZOATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 2-succinylbenzoate--CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Chen, Y. / Guo, Z.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
the University Grants Council of the Government of the Hong Kong Special Administrative RegionSBI14SC05 香港
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Mechanistic Insights from the Crystal Structure of Bacillus subtilis o-Succinylbenzoyl-CoA Synthetase Complexed with the Adenylate Intermediate
著者: Chen, Y. / Jiang, Y. / Guo, Z.
#1: ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for the ATP-dependent Configuration of Adenylation Active Site in Bacillus subtilis o-Succinylbenzoyl-CoA Synthetase.
著者: Chen, Y. / Sun, Y. / Song, H. / Guo, Z.
履歴
登録2016年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 2.02024年5月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
B: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,01813
ポリマ－110,5382
非ポリマー1,48011
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area32970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.814, 121.814, 98.563
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 2-succinylbenzoate--CoA ligase / o-succinylbenzoyl-CoA synthetase / OSB-CoA synthetase


分子量: 55269.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: menE, BSU30790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23971, o-succinylbenzoate-CoA ligase

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非ポリマー , 7種, 50分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-OSB / 2-SUCCINYLBENZOATE / O-SUCCINYLBENZOATE / 2-(3-カルボキシプロピオニル)安息香酸


分子量: 222.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10O5
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 10% PEG 6000, 10.5% MPD, 0.094M HEPES pH7.3, 0.012M imidazole, 0.12M sodium acetate, 0.6% PEG8000, 0.48% ethylene glycol
PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→31.96 Å / Num. obs: 39783 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.69→2.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.738 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / CC1/2: 0.868 / % possible all: 98.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BUR

5bur


解像度: 2.69→31.96 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2367 1996 5.02 %
Rwork0.1997 --
obs0.2015 39781 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→31.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6355 0 93 39 6487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036582
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7198966
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6432255
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0251039
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021153
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6904-2.75770.33541400.28372699X-RAY DIFFRACTION98
2.7577-2.83220.31561440.27072693X-RAY DIFFRACTION100
2.8322-2.91550.33641440.25522661X-RAY DIFFRACTION100
2.9155-3.00950.30931440.2592735X-RAY DIFFRACTION100
3.0095-3.1170.31291410.252682X-RAY DIFFRACTION100
3.117-3.24170.29881410.22952687X-RAY DIFFRACTION100
3.2417-3.3890.241420.23522712X-RAY DIFFRACTION99
3.389-3.56750.28391420.24362686X-RAY DIFFRACTION99
3.5675-3.79070.26081430.23152661X-RAY DIFFRACTION97
3.7907-4.08280.24221410.18532684X-RAY DIFFRACTION99
4.0828-4.49270.20931430.16942723X-RAY DIFFRACTION100
4.4927-5.14050.20221440.17082718X-RAY DIFFRACTION100
5.1405-6.46760.23621420.19582754X-RAY DIFFRACTION100
6.4676-31.96190.19281450.16822690X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 51.9746 Å / Origin y: -143.5064 Å / Origin z: 0.978 Å
111213212223313233
T0.6499 Å20.0075 Å2-0.1465 Å2-0.4271 Å20.0044 Å2--0.5558 Å2
L1.0617 °2-0.2095 °2-0.4138 °2-3.8223 °21.3217 °2--1.9991 °2
S-0.0374 Å °-0.0891 Å °-0.1177 Å °-0.0813 Å °-0.4086 Å °0.3582 Å °-0.3654 Å °-0.1474 Å °0.3548 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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