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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gtd | ||||||
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タイトル | o-Succinylbenzoate CoA Synthetase (MenE) from Bacillus Subtilis in Complex with the Acyl-adenylate Intermediate OSB-AMP | ||||||
要素 | 2-succinylbenzoate--CoA ligase | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / Adenylate-forming Enzyme / adenylate intermdiate / OSBAMP / in-line backside nucleophilic substitution / strained conformation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 O-スクシニル安息香酸CoAリガーゼ / o-succinylbenzoate-CoA ligase activity / CoA-ligase activity / menaquinone biosynthetic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Y. / Guo, Z. | ||||||
資金援助 | 香港, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016 タイトル: Mechanistic Insights from the Crystal Structure of Bacillus subtilis o-Succinylbenzoyl-CoA Synthetase Complexed with the Adenylate Intermediate 著者: Chen, Y. / Jiang, Y. / Guo, Z. #1: ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2015 タイトル: Structural Basis for the ATP-dependent Configuration of Adenylation Active Site in Bacillus subtilis o-Succinylbenzoyl-CoA Synthetase. 著者: Chen, Y. / Sun, Y. / Song, H. / Guo, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gtd.cif.gz | 349.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gtd.ent.gz | 282.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gtd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/5gtd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/5gtd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5burS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 55269.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: menE, BSU30790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P23971, O-スクシニル安息香酸CoAリガーゼ |
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-非ポリマー , 7種, 50分子
#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-PEG / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 化合物 | ChemComp-IMD / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.81 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 10% PEG 6000, 10.5% MPD, 0.094M HEPES pH7.3, 0.012M imidazole, 0.12M sodium acetate, 0.6% PEG8000, 0.48% ethylene glycol PH範囲: 7.0-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.69→31.96 Å / Num. obs: 39783 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 19.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.69→2.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.738 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / CC1/2: 0.868 / % possible all: 98.75 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5BUR 解像度: 2.69→31.96 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.46 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.69→31.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 51.9746 Å / Origin y: -143.5064 Å / Origin z: 0.978 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |