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万見
- PDB-5gsm: Glycoside hydrolase B with product -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gsm
タイトルGlycoside hydrolase B with product
要素Exo-beta-D-glucosaminidase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase TIM-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-galactosidase complex / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / vacuole / beta-galactosidase activity / chitin catabolic process / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 42, N-terminal / Beta-galactosidase / Glycoside hydrolase, family 35 / Class I glutamine amidotransferase-like / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PROPANOIC ACID / Exo-beta-D-glucosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Watanabe, M. / Kamachi, S. / Mine, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
The Japan Society for the Promotion of Sciences25450143 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Glycoside hydrolase B with product
著者: Watanabe, M. / Kamachi, S. / Mine, S.
履歴
登録2016年8月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / diffrn_source
Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exo-beta-D-glucosaminidase
B: Exo-beta-D-glucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,25226
ポリマ－180,6712
非ポリマー2,58124
水23,0951282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11430 Å2
ΔGint71 kcal/mol
Surface area50540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.585, 119.991, 85.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Exo-beta-D-glucosaminidase / Glycoside hydrolase B


分子量: 90335.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: Tk-Glm, TK1754 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q76HN4
#2: 糖 ChemComp-GCS / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / beta-D-glucosamine / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-glucose / D-GLUCOSAMINE / β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 179.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13NO5
識別子タイププログラム
DGlcpNbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1304分子

#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸


分子量: 74.079 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O2
#5: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM PCB buffer pH7.0, 25% (w/v) PEG 1500, 50mM GlcN

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.27→50 Å / Num. obs: 370867 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 20.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.27→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.003 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17543 18716 5 %RANDOM
Rwork0.13026 ---
obs0.13251 352051 92.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.298 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å2-0.56 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.27→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12794 0 172 1282 14248
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.01913454
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4441.96918262
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2163.00129115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.91251600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09723.189646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.248152179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8731595
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1690.21912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.02114998
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023171
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0441.086331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0341.086330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4771.6347924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4821.6347925
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6911.4977123
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6911.4977123
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2852.09210329
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.90610.62716517
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.90610.6316518
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.267326088
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.9475329
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.735526662
LS精密化 シェル解像度: 1.271→1.304 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 1221 -
Rwork0.289 22791 -
obs--81.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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