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- PDB-3qkw: Structure of Streptococcus parasangunini Gtf3 glycosyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qkw
タイトルStructure of Streptococcus parasangunini Gtf3 glycosyltransferase
要素Nucleotide sugar synthetase-like protein
キーワードTRANSFERASE / GT-B fold / glycosyltransferase / NUCLEOTIDE SUGAR SYNTHETASE-LIKE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / protein glycosylation / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glucosyltransferase 3 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glucosyltransferase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus parasanguinis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.287 Å
データ登録者Zhu, F. / Erlandsen, H. / Huang, Y. / Ding, L. / Zhou, M. / Liang, X. / Ma, J.-B. / Wu, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Functional Analysis of a New Subfamily of Glycosyltransferases Required for Glycosylation of Serine-rich Streptococcal Adhesins.
著者: Zhu, F. / Erlandsen, H. / Ding, L. / Li, J. / Huang, Y. / Zhou, M. / Liang, X. / Ma, J. / Wu, H.
履歴
登録2011年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleotide sugar synthetase-like protein
B: Nucleotide sugar synthetase-like protein
C: Nucleotide sugar synthetase-like protein
D: Nucleotide sugar synthetase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,6888
ポリマ－153,0724
非ポリマー1,6174
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12880 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area47860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.217, 99.244, 188.185
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Nucleotide sugar synthetase-like protein


分子量: 38267.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus parasanguinis (バクテリア)
遺伝子: nss / プラスミド: pET-SUMO-Gtf3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: B5A7L9
#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1 ul of protein solution (15 mg/ml protein and 10mM UDP-Glucose) was mixed with 1 ul of reservoir (0.1M Succinic Acid, 11% Polyethylene glycol 3,350, 10% glycerol), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 1 ul of protein solution (15 mg/ml protein and 10mM UDP-Glucose) was mixed with 1 ul of reservoir (0.1M Succinic Acid, 11% Polyethylene glycol 3,350, 10% glycerol), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月5日
放射モノクロメーター: Double crystal - liquid nitrogen cooled
プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.512 Å / Num. obs: 63229 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 10.8 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_351)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A SAD dataset was collected using Se-Met crystal. Initial structure determined in spacegroup C2221 with Gtf3 dimer.

解像度: 2.287→42.512 Å / SU ML: 0.37 / Isotropic thermal model: Anisotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2498 3217 5.09 %
Rwork0.187 --
obs0.1901 63229 95.69 %
all-63229 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.737 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.6213 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.2667 Å20 Å2
3----7.3547 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.287→42.512 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10583 0 100 188 10871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810987
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14514894
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.214090
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771637
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051888
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.287-2.36920.3472720.25945227X-RAY DIFFRACTION85
2.3692-2.46410.33493020.23855590X-RAY DIFFRACTION90
2.4641-2.57620.33243260.23455850X-RAY DIFFRACTION94
2.5762-2.7120.30973290.2275922X-RAY DIFFRACTION96
2.712-2.88190.29423140.22025981X-RAY DIFFRACTION96
2.8819-3.10440.30643070.22276127X-RAY DIFFRACTION97
3.1044-3.41660.2723170.20286184X-RAY DIFFRACTION99
3.4166-3.91070.22733540.16626253X-RAY DIFFRACTION99
3.9107-4.9260.19913290.14176321X-RAY DIFFRACTION100
4.926-42.51880.19463670.15846557X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3872-0.1982-0.12840.6585-0.04110.4673-0.00720.0158-0.02480.00210.09870.16650.0122-0.05710.25560.1849-0.00580.00990.25440.03190.2555-20.197811.8655-35.7629
20.6955-0.32210.39910.4889-0.1320.37390.01780.075-0.02360.05440.0426-0.0429-0.01270.09240.14860.18370.0078-0.03060.192-0.01780.178118.1814-10.7748-32.9353
30.4396-0.23620.18530.5331-0.10790.2641-0.0982-0.16520.14350.4330.0529-0.1419-0.18780.00910.00010.44250.0058-0.09670.2146-0.06680.22729.744719.1676-10.6127
40.4544-0.40270.06450.6507-0.17320.3218-0.089-0.1686-0.19880.29910.1460.24680.0671-0.1099-00.3524-0.02390.10180.28590.07720.3139-14.9586-18.1143-12.3641
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 0:329)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B AND RESID -1:329)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN C AND RESID 0:330)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN D AND RESID -1:329)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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