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万見
- PDB-5grr: Crystal structure of MCR-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5grr
タイトルCrystal structure of MCR-1
要素Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1
キーワードTRANSFERASE / antibiotic resistant / colistin / superbug / phosphoenthanolamine transferase / MCR-1
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphoethanolamine transferase, N-terminal / Phosphoethanolamine transferase EptA/EptB / Phosphoethanolamine transferase / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Ma, G. / Zhu, Y. / Yu, Z. / Zhang, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31670753 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: High resolution crystal structure of the catalytic domain of MCR-1
著者: Ma, G. / Zhu, Y. / Yu, Z. / Ahmad, A. / Zhang, H.
履歴
登録2016年8月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5616
ポリマ－36,1801
非ポリマー3805
水8,863492
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area13550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.314, 62.696, 104.831
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1 / Polymyxin resistance protein MCR-1


分子量: 36180.469 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 219-541 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mcr1, mcr-1 / プラスミド: pRHSUL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)plysS
参照: UniProt: A0A0R6L508, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.08 % / Mosaicity: 0.763 ° / Mosaicity esd: 0.009 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, 20% (v/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 55886 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.941 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 434239
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.45-1.57.90.80954900.8420.3050.8660.852100
1.5-1.567.90.58355160.9040.220.6240.86100
1.56-1.637.80.43655410.9390.1650.4670.875100
1.63-1.727.80.31555080.9650.120.3380.869100
1.72-1.837.80.21655430.9810.0820.2310.887100
1.83-1.977.80.14655460.990.0560.1571.029100
1.97-2.177.70.11455720.9910.0440.1221.241100
2.17-2.487.50.08256080.9950.0320.0881.112100
2.48-3.127.60.05656730.9970.0220.060.883100
3.12-507.90.04858890.9970.0180.0520.81499.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 4KAV

4kav


解像度: 1.45→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / WRfactor Rfree: 0.18 / WRfactor Rwork: 0.1513 / FOM work R set: 0.8856 / SU B: 2.065 / SU ML: 0.042 / SU R Cruickshank DPI: 0.0628 / SU Rfree: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1767 2715 5 %RANDOM
Rwork0.1515 ---
obs0.1527 52026 97.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.37 Å2 / Biso mean: 22.515 Å2 / Biso min: 11.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2530 0 15 492 3037
Biso mean--26.81 36.28 -
残基数----323
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192653
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4411.9433615
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9633.0015650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.4465.102344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.04624.961127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.12215436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0511511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02615
LS精密化 シェル解像度: 1.451→1.489 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 159 -
Rwork0.223 2837 -
all-2996 -
obs--72.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7694-0.9924-0.10186.0422-5.83376.51990.0543-0.18780.16970.4674-0.112-0.1015-0.43830.18530.05760.15090.00520.02420.139-0.0220.087828.41312.06424.185
21.4121-0.2523-0.54390.98610.11891.4033-0.0328-0.1420.0550.05290.0192-0.1054-0.04870.09230.01370.0349-0.0178-0.01710.03040.0090.034344.4993.98811.048
32.4931-0.0717-0.52414.3468-0.18544.5978-0.09970.1279-0.0425-0.2079-0.0153-0.4155-0.15630.42820.11490.16470.040.02830.15180.00540.229758.567-7.692-5.496
41.40060.0697-0.51611.0632-0.4451.7412-0.05690.0414-0.1212-0.06320.0147-0.01670.11870.00170.04230.0235-0.0078-0.0070.0054-0.00110.040543.29-1.9733.139
52.1363-0.2762-0.69870.72040.56363.0476-0.0981-0.0694-0.20910.10040.08640.16050.1475-0.30380.01180.0528-0.00390.01320.07820.03830.068828.2292.61912.352
67.1084-3.61571.09157.5521-0.37592.8767-0.0643-0.11210.2063-0.0808-0.05680.6133-0.2907-0.31530.12110.10230.0052-0.00850.1401-0.01820.120624.1395.4149.845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A219 - 236
2X-RAY DIFFRACTION2A237 - 404
3X-RAY DIFFRACTION3A405 - 423
4X-RAY DIFFRACTION4A424 - 499
5X-RAY DIFFRACTION5A500 - 532
6X-RAY DIFFRACTION6A533 - 541

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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