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- PDB-5gnm: Cytochrome P450 Vdh (CYP107BR1) L348M mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gnm
タイトルCytochrome P450 Vdh (CYP107BR1) L348M mutant
要素Vitamin D(3) 25-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome P450
機能・相同性
機能・相同性情報


cholestanetriol 26-monooxygenase / cholestanetetraol 26-dehydrogenase activity / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Vitamin D(3) 25-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudonocardia autotrophica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Yasutake, Y. / Tamura, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
NEDO 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the mechanism of the drastic changes in enzymatic activity of the cytochrome P450 vitamin D3 hydroxylase (CYP107BR1) caused by a mutation distant from the active site
著者: Yasutake, Y. / Kameda, T. / Tamura, T.
履歴
登録2016年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D(3) 25-hydroxylase
B: Vitamin D(3) 25-hydroxylase
C: Vitamin D(3) 25-hydroxylase
D: Vitamin D(3) 25-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,4898
ポリマ－182,0234
非ポリマー2,4664
水2,378132
1
A: Vitamin D(3) 25-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1222
ポリマ－45,5061
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17470 Å2
手法PISA
2
B: Vitamin D(3) 25-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1222
ポリマ－45,5061
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17110 Å2
手法PISA
3
C: Vitamin D(3) 25-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1222
ポリマ－45,5061
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17410 Å2
手法PISA
4
D: Vitamin D(3) 25-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1222
ポリマ－45,5061
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.220, 107.650, 88.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Vitamin D(3) 25-hydroxylase / Cytochrome P450 / CYP107BR1


分子量: 45505.645 Da / 分子数: 4 / 変異: L348M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudonocardia autotrophica (バクテリア)
遺伝子: vdh / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: C4B644, cholestanetriol 26-monooxygenase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Bis-tris, 100 mM NaCl, 50 mM CaCl2, 22-24% PEG2000MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.641
11-h,-k,l20.359
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 41314 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A4G

3a4g


解像度: 2.7→45.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.843 / SU B: 28.679 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.091 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27494 2091 5.1 %RANDOM
Rwork0.22298 ---
obs0.22563 39203 97.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.475 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.88 Å20 Å27.43 Å2
2--1.47 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→45.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12386 0 172 132 12690
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01912850
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3272.00417542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.76951596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84123.217572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.795152082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.89715128
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1080.6966396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.2011.0437988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.070.7186454
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.4725.97919171
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.692→2.762 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.526 134 -
Rwork0.435 2541 -
obs--86.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.44270.0315-0.92240.81240.01331.6261-0.00710.1525-0.0513-0.10850.03070.08440.1019-0.1161-0.02360.1442-0.0043-0.13020.2723-0.01610.12199.7809-0.64816.5925
20.91570.26330.3661.25420.01511.33240.0268-0.12020.03560.1103-0.0370.0347-0.0479-0.0050.01020.09420.0035-0.07320.253-0.00740.073150.18170.87637.7629
30.78-0.12340.14861.3160.17731.42440.02270.05330.0084-0.136-0.0345-0.0806-0.03640.03990.01180.1132-0.0034-0.08220.24980.01330.087846.68980.7406-6.4725
40.92840.1058-0.48590.8006-0.0171.71460.026-0.1096-0.06050.0918-0.0202-0.08070.03780.0477-0.00580.18330.0068-0.16080.31340.00670.14286.1867-0.3126-27.4496
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 401
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 401
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 403
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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