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- PDB-5gjh: Gads SH2 domain/CD28-derived peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gjh
タイトルGads SH2 domain/CD28-derived peptide complex
要素
  • GRB2-related adapter protein 2
  • T-cell-specific surface glycoprotein CD28
キーワードSIGNALING PROTEIN / Antigens / Phosphopeptides
機能・相同性
機能・相同性情報


Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulatory T cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Co-stimulation by CD28 ...Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulatory T cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Co-stimulation by CD28 / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of interleukin-4 production / regulation of MAPK cascade / humoral immune response / positive regulation of interleukin-10 production / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of viral genome replication / coreceptor activity / T cell costimulation / positive regulation of T cell proliferation / phosphotyrosine residue binding / FLT3 Signaling / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of mitotic nuclear division / T cell activation / positive regulation of cytokine production / positive regulation of translation / FCERI mediated MAPK activation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / apoptotic signaling pathway / Signaling by SCF-KIT / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / DAP12 signaling / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / T cell receptor signaling pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Ras protein signal transduction / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endosome / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GRAP2, C-terminal SH3 domain / T cell antigen CD28 / ICOS V-set domain / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Grb2-like / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 domain / SH2 domain / Immunoglobulin V-Type ...GRAP2, C-terminal SH3 domain / T cell antigen CD28 / ICOS V-set domain / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Grb2-like / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 domain / SH2 domain / Immunoglobulin V-Type / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GRB2-related adapter protein 2 / T-cell-specific surface glycoprotein CD28
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Inaba, S. / Numoto, N. / Morii, H. / Ogawa, S. / Ikura, T. / Abe, R. / Ito, N. / Oda, M.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Crystal Structures and Thermodynamic Analysis Reveal Distinct Mechanisms of CD28 Phosphopeptide Binding to the Src Homology 2 (SH2) Domains of Three Adaptor Proteins
著者: Inaba, S. / Numoto, N. / Ogawa, S. / Morii, H. / Ikura, T. / Abe, R. / Ito, N. / Oda, M.
履歴
登録2016年6月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月1日Group: Database references
改定 1.22017年5月10日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GRB2-related adapter protein 2
B: T-cell-specific surface glycoprotein CD28
C: GRB2-related adapter protein 2
D: T-cell-specific surface glycoprotein CD28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8434
ポリマ－25,8434
非ポリマー00
水4,450247
1
A: GRB2-related adapter protein 2
B: T-cell-specific surface glycoprotein CD28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9212
ポリマ－12,9212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6200 Å2
手法PISA
2
C: GRB2-related adapter protein 2
D: T-cell-specific surface glycoprotein CD28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9212
ポリマ－12,9212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area6270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.602, 53.338, 108.302
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GRB2-related adapter protein 2 / Adapter protein GRID / GRB-2-like protein / GRB2L / GRBLG / GRBX / Grf40 adapter protein / Grf-40 / ...Adapter protein GRID / GRB-2-like protein / GRB2L / GRBLG / GRBX / Grf40 adapter protein / Grf-40 / Growth factor receptor-binding protein / Hematopoietic cell-associated adapter protein GrpL / P38 / Protein GADS / SH3-SH2-SH3 adapter Mona


分子量: 11883.263 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 58-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRAP2, GADS, GRB2L, GRID / プラスミド: pGEX-4T-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75791
#2: タンパク質・ペプチド T-cell-specific surface glycoprotein CD28 / TP44


分子量: 1038.047 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 189-196 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10747
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES-NaOH, 10% PEG 6000, 20% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.7 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 61484 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.2→1.27 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / CC1/2: 0.96 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSMarch 1, 2015データ削減
XDSMarch 1, 2015データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R1Q

1r1q


解像度: 1.2→47.85 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1695 3114 5.07 %
Rwork0.1484 --
obs0.1494 61433 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→47.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1766 0 0 247 2013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5912563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.102720
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.113254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1995-1.21830.22671440.18992532X-RAY DIFFRACTION97
1.2183-1.23830.20291590.17672622X-RAY DIFFRACTION100
1.2383-1.25960.19951390.16662619X-RAY DIFFRACTION100
1.2596-1.28250.18951300.14842624X-RAY DIFFRACTION100
1.2825-1.30720.16241330.13822640X-RAY DIFFRACTION100
1.3072-1.33390.17071480.1332646X-RAY DIFFRACTION100
1.3339-1.36290.20671430.13132622X-RAY DIFFRACTION100
1.3629-1.39460.16741310.13362626X-RAY DIFFRACTION100
1.3946-1.42950.17351200.12672658X-RAY DIFFRACTION99
1.4295-1.46810.16861380.12352619X-RAY DIFFRACTION99
1.4681-1.51130.15411490.12352559X-RAY DIFFRACTION98
1.5113-1.56010.16431550.11912621X-RAY DIFFRACTION100
1.5601-1.61590.14821420.11762670X-RAY DIFFRACTION100
1.6159-1.68060.16191380.11222673X-RAY DIFFRACTION100
1.6806-1.75710.1521340.1212635X-RAY DIFFRACTION99
1.7571-1.84970.15221600.12762665X-RAY DIFFRACTION100
1.8497-1.96560.17831440.13122672X-RAY DIFFRACTION100
1.9656-2.11740.14191500.13052635X-RAY DIFFRACTION98
2.1174-2.33040.18861370.14262666X-RAY DIFFRACTION99
2.3304-2.66760.191380.16572720X-RAY DIFFRACTION100
2.6676-3.36080.15541430.17012736X-RAY DIFFRACTION99
3.3608-47.88790.17351390.1742859X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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